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分子杂交的DNA分子杂交探针分类

2023-06-29 07:14:13
TAG: DNA
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北境漫步

DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。

然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。

对于基因探针的克隆尚有更快捷的途径。这也是许多重要蛋白质的编码基因的克隆方法。该方法的第一步是分离纯化蛋白质,然后测定该蛋白的氨基或羟基末端的部分氨基酸序列,然后根据这一序列合成一套寡核苷酸探针。用此探针在DNA文库中筛选,阳性克隆即是目标蛋白的编码基因。值得一提的是真核细胞和原核细胞DNA组织有所不同。真核基因中含有非编码的内含子序列,而原核则没有。因此,真核基因组DNA探针用于检测基因表达时杂交效率要明显低于cDNA探针。DNA探针(包括cDNA探针)的主要优点有下面三点:①这类探针多克隆在质粒载体中,可以无限繁殖,取之不尽,制备方法简便。②DNA探针不易降解(相对RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。③DNA探针的标记方法较成熟,有多种方法可供选择,如缺口平移,随机引物法,PCR标记法等,能用于同位素和非同位素标记。 cDNA(complementary DNA)是指互补于mRNA的DNA分子。cDNA是由RNA经一种称为逆转录酶(reversetranscriptase)的DNA聚合酶催化产生的,这种逆录酶是Temin等在70年代初研究致癌RNA病毒时发现的。该酶以RNA为模板,根据碱基配对原则,按照RNA的核苷酸顺序合成DNA(其中U与A配对)。这一途径与一般遗传信息流的方向相反,故称反向转录或逆转录。携带逆转录酶的病毒侵入宿主细胞后,病毒RNA在逆转录酶的催化下转化成双链cDNA,并进而整合人宿主细胞染色体DNA分子,随宿主细胞DNA复制同时复制。这种整合的病毒基因组称为原病毒。在静止状态下,可被复制多代,但不被表达,故无毒性。一旦因某种因素刺激而被活化,则该病毒大量复制,如其带有癌基因,还可能诱发细胞癌变,后来发现逆转录酶不仅普遍存在于RNA病毒中,而且哺乳动物的胚胎细胞和正在分裂的淋巴细胞也含有逆转录酶。逆转录酶的作用是以dNTP为底物,RNA为模板,tRNA(主要是色氨酸tRNA)为引物,在Trna3"-OH末端上,5"-3"方向,合成与RNA互补的DNA单链,称为互补DNA(cDNA),单链cDNA与模板RNA形成RNA-DNA杂交体。随后在逆转录酶的RNaseH活性作用下,将RNA链水解成小片段。cDNA单链的3"末端回折形成一个小引物末端,逆转录酶又以第一条cDNA链为模板再合成第二第cDNA链,至此,完成逆转录全过程,合成双链cDNA。

逆转录已成为一项重要的分子生物学技术,广泛用于基因的克隆和表达。从逆转录病毒中提取的逆转录酶已商品化,最常用的有AMV逆转录酶。利用真核Mrna3"末端存在一段聚腺苷酸尾,可以合成一段寡聚胸苷酸(oligo(dT))用作引物,在逆转录酶催化下合成互补于mRNA的cRNA链,然后再用RNaseH将mRNA消化掉,再加入大肠杆菌的DNA聚合酶I催化合成另一条DNA链,即完成了从mRNA到双链DNA的逆转录过程。所得到的双链cDNA分子经S1核酸酶切平两端后接一个有限制酶切点的接头(linker),再经特定的限制酶消化产生粘性末端,即可与含互补末端的载体进行连接。常用的克隆载体是λ噬菌体DNA,如λgt,EMBL和Charon系列等。用这类载体可以得到包含104以上的转化子的文库,再经前面介绍的筛选方法筛选特定基因克隆。用这种技术获得的DNA探针不含有内含子序列。因此尤其适用于基因表达的检测。 RNA探针是一类很有前途的核酸探针,由于RNA是单链分子,所以它与靶序列的杂交反应效率极高。早期采用的RNA探针是细胞mRNA探针和病毒RNA探针,这些RNA是在细胞基因转录或病毒复制过程中得到标记的,标记效率往往不高,且受到多种因素的制约。这类RNA探针主要用于研究目的,而不是用于检测。例如,在筛选逆转录病毒人类免疫缺陷病毒(HIV)的基因组DNA克隆时,因无DNA探针可利用,就利用HIV的全套标记mRNA作为探针,成功地筛选到多株HIV基因组DNA克隆。又如进行中的转录分析(nuclearrunontranscrip-tionassay)时,在体外将细胞核分离出来,然后在α-32P-ATP的存在下进行转录,所合成mR-NA均掺入同位素而得到标记,此混合mRNA与固定于硝酸纤维素滤膜上的某一特定的基因的DNA进行杂交,便可反映出该基因的转录状态,这是一种反向探针实验技术。

近几年体外转录技术不断完善,已相继建立了单向和双向体外转录系统。该系统主要基于一类新型载体pSP和pGEM,这类载体在多克隆位点两侧分别带有SP6启动子和T7启动子,在SP6RNA聚合酶或T7RNA聚合酶作用下可以进行RNA转录,如果在多克隆位点接头中插入了外源DNA片段,则可以此DNA两条链中的一条为模板转录生成RNA。这种体外转录反应效率很高,在1h内可合成近10μg的RNA产生,只要在底物中加入适量的放射性或生物素标记的NTP,则所合成的RNA可得到高效标记。该方法能有效地控制探针的长度并可提高标记物的利用率。

值得一提的是,通过改变外源基因的插入方向或选用不同的RNA聚合酶,可以控制RNA的转录方向,即以哪条DNA链以模板转录RNA。这种可以得到同义RNA探针(与mRNA同序列)和反义RNA探针(与mRNA互补),反义RNA又称cRNA,除可用于反义核酸研究外,还可用于检测mRNA的表达水平。在这种情况下,因为探针和靶序列均为单链,所以杂交的效率要比DNA-DNA杂交高几个数量级。RNA探针除可用于检测DNA和mRNA外,还有一个重要用途,在研究基因表达时,常常需要观察该基因的转录状况。在原核表达系统中外源基因不仅进行正向转录,有时还存在反向转录(即生成反义RNA),这种现象往往是外源基因表达不高的重要原因。另外,在真核系统,某些基因也存在反向转录,产生反义RNA,参与自身表达的调控。在这些情况下,要准确测定正向和反向转录水平就不能用双链DNA探针,而只能用RNA探针或单链DNA探针。

综上所述,RNA探针和cRNA探针具有DNA探针所不能比拟的高杂交效率,但RNA探针也存在易于降解和标记方法复杂等缺点。 合成的寡核苷酸探针具有一些独特的优点:

一.由于链短,其序列复杂度低,分子量小,所以和等量靶位点完全杂交的时间比克隆探针短,如20nt的寡核苷酸探针在浓度为100ng/ml,靶序列为1~100pg、1kb片段或3×10-18~3×10-16mol/L时,达到最大程度的杂交只需10min,而用2kb的克隆探针在同样条件下达到完全杂交则需16h。

二.寡核苷酸探针可识别靶序列内1个碱基的变化,因为短探针中碱基的错配能大幅度地降低杂交体的Tm值。

三.一次可大量合成寡核苷酸探针(1~10mg),使得这种探针价格低廉,与克隆探针一样,寡核苷酸探针能够用酶学或化学方法修饰以进行非放射性标记物的标记。尽管克隆探针较特异,但通过细心筛选序列和/或选择相对长的序列(>30nt)亦可设计出非常特异的寡核苷酸探针。最常用的寡核苷酸探针有18~40个碱基,合成仪可有效地合成至少50个碱基的探针。 下面是筛选寡核苷酸针的一些原则。

一.长18~50nt,较长探针杂交时间较长,合成量低;较短探针特异性会差些。

二.碱基成分:G+C含量为40%~60%,超出此范围则会增加非特异杂交。

三.探针分子内不应存在互补区,否则会出现抑制探针杂交的“发夹”状结构。

四.避免单一碱基的重复出现(不能多于4个),如-CCCCC-。

五.一旦选定某一序更符合上述标准,最好将序列与核酸库中核酸序列比较,探针序列应与含靶序列的核酸杂交,而与非靶区域的同源性不能超过70%或有连续8个或更多的碱基的同源,否则,该探针不能用。

按上述原则选出的探针会增加成功的机会,选定后进行合成与标记,并摸索合适的杂交条件。方法是制备几张点有特异靶DNA和不相关DNA的膜,各膜分别在不同温度下与探针杂交,特异靶DNA杂交信号强而非特异DNA不产生任何杂交反应的就是最适杂交温度。在进行点突变检测杂交的反应时,洗膜条件和温度物选择往往更为重要。所选漂洗条件必需使野生型靶DNA与探针产生强的杂交信号而突变型靶DNA则不产生杂交信号,这可以通过逐渐提高洗膜温度来完成。

寡核苷酸探针还有一个重要用途。在用于检测单个碱基差异时尚可采用一种称为寡核苷酸限制(oligonucleotiderestriction)的技术。该技术只有在突变点位于某一限制性内切酶识别位点时才有效。例如,镰刀状红细胞贫血是因β珠蛋白基因的第6个寡码子由GAG变成GTG,从而导致所编码氨基酸由酪氨酸变成缬氨酸。突变的β-珠蛋白功能异常,称作S珠蛋白,而野生型称为A珠蛋白,其基因型分别为βS和βA。恰好突变点A→T位于DelI的识别序列CT-NAG之内,这就为设计寡核苷酸限制实验创造了条件。方法是合成一个长40个碱基的寡核苷酸探针,其5"末端距突变碱基有11个碱基,该探针与βA基因的非编码链互补。将此探针的5"末端标记上32P。杂交方法采用液相杂交法,即在液相中将靶DNA变性解链,然后与探针退火,产生杂交体。如靶DNA为βA型,则两条链完全互补,并产生DdeI的酶切位点;如待检DNA为βS型,则所形成的杂交体中两条链在突变碱基处不配对,从而不能被DelI所识别。用DelI消化杂交DNA,显然βA会被切开而βS不被切开。

βADNA杂交体被切开后,5"端探针序列因只有8个碱基,与杂交链结合不紧而解离,从而产生游离的5"端标记8核苷酸单链。不被切开的βS杂交体尚可被另一个限制酶HinfI消化,该酶的识别位点紧靠DelI识别位点上游。βS杂交DNA经HinfI消化后,将释出探针DNA的5"末端3核苷酸小片段。βADNA杂交体因已无HinfI识别序列,故而不能被HinfI消化。这样βA和βSDNA经此寡核苷酸探针杂交和DelI及HinfI消化后,分别产生游离的8核苷酸(8nt)和3核苷酸(3nt)片段,它们可以经电泳分离后进行放射自显影而获证实。藉此策略,可轻易将各种β珠蛋白突变型鉴别开,如纯合野生型AA结果为仅有8nt片段,纯合突变型SS则仅可检出3nt片段,而杂合子AS型则两种片段均存在。

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基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因,也可以仅仅是基基因探针因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。DNA探针根据其来源有3种:一种来自基因组中有关的基因本身,称为基因组探针(genomic probe);另一种是从相应的基因转录获得了mRNA,再通过逆转录得到的探针,称为cDNa 探针(cDNa probe)。与基因组探针不同的是,cDNA探针不含有内含子序列。此外,还可在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段,称为寡核苷酸探针。
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基因探针是DNA还是RNA,是单链还是双链

……作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,……基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(dna或rna)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因,也可以仅仅是基基因探针因的一部分;可以是dna本身,也可以是由之转录而来的rna。
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基因探针的制备

进行分子突变需要大量的探针拷贝,后者一般是通过分子克隆(molecular cloning)获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进,应先制备基因组文库,即把基因组DNA打断,或用限制性酶作不完全水解,得到许多大小不等的随机片段,将这些片段体外重组到运载体(噬菌体、质粒等)中去,再将后者转染适当的宿主细胞如大肠肝菌,这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑,通过原位杂交,从中可筛出含有目的基因片段的克隆,然后通过细胞扩增,制备出大量的探针。为了制备cDNA 探针,首先需分离纯化相应mRNA,这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到,如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后,在逆转录酶的作用下,就可以合成与之互补的DNA(即cDNA),cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序,但内含子已在加工过程中切除。寡核苷酸探针是人工合成的,与已知基因DNA互补的,长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量,也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列,并用化学方法合成。
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不一定。基因探针(probe)就是一段与目的基因或DNA互补的特异核苷酸序列,它可以包括整个基因,也可以仅仅是/基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。1.探针的来源DNA探针根据其来源有3种:一种来自基因组中有关的基因本身,称为基因组探针(genomicprobe);另一种是从相应的基因转录获得了mRNA,再通过逆转录得到的探针,称为cDNa探针(cDNaprobe)。与基因组探针不同的是,cDNA探针不含有内含子序列。此外,还可在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段,称为寡核苷酸探针。2.探针的制备进行分子突变需要大量的探针拷贝,后者一般是通过分子克隆(molecularcloning)获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进,应先制备基因组文库,即把基因组DNA打断,或用限制性酶作不完全水解,得到许多大小不等的随机片段,将这些片段体外重组到运载体(噬菌体、质粒等)中去,再将后者转染适当的宿主细胞如大肠肝菌,这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑,通过原位杂交,从中可筛出含有目的基因片段的克隆,然后通过细胞扩增,制备出大量的探针。为了制备cDNA探针,首先需分离纯化相应mRNA,这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到,如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后,在逆转录酶的作用下,就可以合成与之互补的DNA(即cDNA),cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序,但内含子已在加工过程中切除。寡核苷酸探针是人工合成的,与已知基因DNA互补的,长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量,也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列,并用化学方法合成。3.探针的标记为了确定探针是否与相应的基因组DNA杂交,有必要对探针加以标记,以便在结合部位获得可识别的信号,通常采用放射性同位素32P标记探针的某种核苷酸α磷酸基。但近年来已发展了一些用非同位素如生物素、地高辛配体等作为标记物的方法。但都不及同位素敏感。非同位素标记的优点是保存时间较长,而且避免了同位素的污染。最常用的探针标记法是缺口平移法(nicktranslation)。首先用适当浓度的DNA酶Ⅰ(DNAseⅠ)在探针DNA双链上造成缺口,然后再借助于DNA聚合酶Ⅰ(DNapolymerasⅠ)的5"→3"的外切酶活性,切去带有5"磷酸的核苷酸;同时又利用该酶的5"→3"聚酶活性,使32P标记的互补核苷酸补入缺口,DNA聚合酶Ⅰ的这两种活性的交替作用,使缺口不断向3"的方向移动,同时DNA链上的核苷酸不断为32P标记的核苷酸所取代。探针的标记也可以采用随机引物法,即向变性的探针溶液加入6个核苷酸的随机DNA小片段,作为引物,当后者与单链DNA互补结合后,按碱基互补原则不断在其3"OH端添加同位素标记的单核苷酸,这样也可以获得比放射性很高的DNA探针。
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2023-06-29 00:22:021

什么东西可以做基因探针

DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。
2023-06-29 00:22:121

高中生物里讲的探针到底是什么东西用于检测什么,原理

你好,很高兴回答你的问题。探针就是DNA弹针。用于检测特定的DNA片段。基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因,也可以仅仅是基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。进行分子突变需要大量的探针拷贝,后者一般是通过分子克隆(molecular cloning)获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进,应先制备基因组文库,即把基因组DNA打断,或用限制性酶作不完全水解,得到许多大小不等的随机片段,将这些片段体外重组到运载体(噬菌体、质粒等)中去,再将后者转染适当的宿主细胞如大肠肝菌,这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑,通过原位杂交,从中可筛出含有目的基因片段的克隆,然后通过细胞扩增,制备出大量的探针。为了制备cDNA 探针,首先需分离纯化相应mRNA,这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到,如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后,在逆转录酶的作用下,就可以合成与之互补的DNA(即cDNA),cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序,但内含子已在加工过程中切除。寡核苷酸探针是人工合成的,与已知基因DNA互补的,长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量,也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列,并用化学方法合成。
2023-06-29 00:22:211

DNA探针简介

目录 1 拼音 2 注解 1 拼音 DNA tàn zhēn 2 注解 DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百堿基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,目前分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。 对于基因探针的克隆尚有更快捷的途径。这也是许多重要蛋白质的编码基因的克隆方法。该方法的第一步是分离纯化蛋白质,然后测定该蛋白的氨基或羟基末端的部分氨基酸序列,然后根据这一序列合成一套寡核苷酸探针。用此探针在DNA文库中筛选,阳性克隆即是目标蛋白的编码基因。值得一提的是真核细胞和原核细胞DNA组织有所不同。真核基因中含有非编码的内含子序列,而原核则没有。因此,真核基因组DNA探针用于检测基因表达时杂交效率要明显低于cDNA探针。 DNA探针(包括cDNA探针)的主要优点有下面三点:①这类探针多克隆在质粒载体中,可以无限繁殖,取之不尽,制备方法简便。②DNA探针不易降解(相对RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。③DNA探针的标记方法较成熟,有多种方法可供选择,如缺口平移,随机引物法,PCR标记法等,能用于同位素和非同位素标记。
2023-06-29 00:22:281

基因探针的特性?

  基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。  基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。  根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因,也可以仅仅是基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。
2023-06-29 00:22:372

什么叫生物探针

定义1:分子生物学和生物化学实验中用于指示特定物质(如核酸、蛋白质、细胞结构等)的性质或物理状态的一类标记分子。 所属学科:生物化学与分子生物学定义2:在分子杂交中用来检测互补序列的带有标记的单链DNA或RNA片段。 所属学科:细胞生物学、遗传学探针是一小段单链DNA或者RNA片段(大约是20到500bp),用于检测与其互补的核酸序列。双链DNA加热变性成为单链,随后用放射性同位素(通常用磷-32)、萤光染料或者酶(如辣根过氧化物酶)标记成为探针。磷-32通常被掺入组成DNA的四种核苷酸之一的磷酸基团中,而荧光染料和酶与核酸序列以共价键相连。 当将探针与样品杂交时,探针和与其互补的核酸(DNA或RNA)序列通过氢键紧密相连,随后,未被杂交的多余探针被洗去。最后,根据探针的种类,可进行放射自显影、萤光显微镜、酶联放大等方法来判断样品中是否,或者何位置含有被测序列(即与探针互补的序列)。
2023-06-29 00:22:462

基因探针是 单链DNA吗基因探针是单链DNA么

基因探针是 单链DNA吗基因探针是单链DNA基因探针(probe)就是一段与目的基因或DNA互补的特异核苷酸序列,它可以包括整个基因,也可以仅仅是/基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。1.探针的来源 DNA探针根据其来源有3种:一种来自基因组中有关的基因本身,称为基因组探针(genomic probe);另一种是从相应的基因转录获得了mRNA,再通过逆转录得到的探针,称为cDNa 探针(cDNa probe)。与基因组探针不同的是,cDNA探针不含有内含子序列。此外,还可在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段,称为寡核苷酸探针。2.探针的制备 进行分子突变需要大量的探针拷贝,后者一般是通过分子克隆(molecular cloning)获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进,应先制备基因组文库,即把基因组 DNA打断,或用限制性酶作不完全水解,得到许多大小不等的随机片段,将这些片段体外重组到运载体(噬菌体、质粒等)中去,再将后者转染适当的宿主细胞如大肠肝菌,这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑,通过原位杂交,从中可筛出含有目的基因片段的克隆,然后通过细胞扩增,制备出大量的探针。为了制备cDNA 探针,首先需分离纯化相应mRNA,这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到,如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后,在逆转录酶的作用下,就可以合成与之互补的DNA(即cDNA),cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序,但内含子已在加工过程中切除。寡核苷酸探针是人工合成的,与已知基因DNA互补的,长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量,也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列,并用化学方法合成。3.探针的标记为了确定探针是否与相应的基因组DNA杂交,有必要对探针加以标记,以便在结合部位获得可识别的信号,通常采用放射性同位素32P标记探针的某种核苷酸α 磷酸基。但近年来已发展了一些用非同位素如生物素、地高辛配体等作为标记物的方法。但都不及同位素敏感。非同位素标记的优点是保存时间较长,而且避免了同位素的污染。最常用的探针标记法是缺口平移法(nick translation)。首先用适当浓度的DNA酶Ⅰ(DNAseⅠ)在探针DNA双链上造成缺口,然后再借助于DNA聚合酶Ⅰ(DNa poly merasⅠ)的5"→3"的外切酶活性,切去带有5"磷酸的核苷酸;同时又利用该酶的5"→3"聚酶活性,使32P标记的互补核苷酸补入缺口,DNA聚合酶Ⅰ的这两种活性的交替作用,使缺口不断向3"的方向移动,同时DNA链上的核苷酸不断为32P标记的核苷酸所取代。探针的标记也可以采用随机引物法,即向变性的探针溶液加入6个核苷酸的随机DNA小片段,作为引物,当后者与单链DNA互补结合后,按碱基互补原则不断在其3"OH端添加同位素标记的单核苷酸,这样也可以获得比放射性很高的DNA探针。
2023-06-29 00:22:541

用DNA探针法检测基因,具体怎么操作?越详细越好

DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,目前分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。DNA探针可以用来诊断寄生虫病,现场调查及虫种鉴定,可用于病毒性肝炎的诊断,遗传性疾病的诊断,可用于改造变异的基因,可用于检测饮用水病毒含量。具体方法:用一个特定的DNA片段制成探针,与被测的病毒DNA杂交,从而把病毒检测出来。与传统方法相比具有快速、灵敏的特点。传统的检测一次,需几天或几个星期的时间,精确度不高,而用DNA探针只需一天。据报道,能从1t水中检测出 10个病毒来,精确度大大提高
2023-06-29 00:23:041

基因探针的DNA探针

DNA探针是以病原微生物DNA或RNA的特异性片段为模板,人工合成的带有放射性或生物素标记的单链DNA片段,可用来快速检测病原体。DNA探针将一段已知序列的多聚核苷酸用同位素、生物素或荧光染料等标记后制成的探针。可与固定在硝酸纤维素膜的DNA或RNA进行互补结合,经放射自显影或其他检测手段就可以判定膜上是否有同源的核酸分子存在。DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,目前分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。对于基因探针的克隆尚有更快捷的途径。这也是许多重要蛋白质的编码基因的克隆方法。该方法的第一步是分离纯化蛋白质,然后测定该蛋白的氨基或羟基末端的部分氨基酸序列,然后根据这一序列合成一套寡核苷酸探针。用此探针在DNA文库中筛选,阳性克隆即是目标蛋白的编码基因。值得一提的是真核细胞和原核细胞DNA组织有所不同。真核基因中含有非编码的内含子序列,而原核则没有。因此,真核基因组DNA探针用于检测基因表达时杂交效率要明显低于cDNA探针。DNA探针(包括cDNA探针)的主要优点有下面三点:①这类探针多克隆在质粒载体中,可以无限繁殖,取之不尽,制备方法简便。②DNA探针不易降解(相对RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。③DNA探针的标记方法较成熟,有多种方法可供选择,如缺口平移,随机引物法,PCR标记法等,能用于同位素和非同位素标记。DNA探针可以用来诊断寄生虫病,现场调查及虫种鉴定,可用于病毒性肝炎的诊断,遗传性疾病的诊断,可用于检测饮用水病毒含量。具体方法:用一个特定的DNA片段制成探针,与被测的病毒DNA杂交,从而把病毒检测出来。与传统方法相比具有快速、灵敏的特点。传统的检测一次,需几天或几个星期的时间,精确度不高,而用DNA探针只需一天。据报道,能从1t水中检测出10个病毒来,精确度大大提高。
2023-06-29 00:23:121

基因探针的标记

为了确定探针是否与相应的基因组DNA杂交,有必要对探针加以标记,以便在结合部位获得可识别的信号,通常采用放射性同位素32P标记探针的某种核苷酸α磷酸基。但近年来已发展了一些用非同位素如生物素-亲合素系统、地高辛配体等作为标记物的方法。非同位素标记的优点是保存时间较长,而且避免了同位素的污染。最常用的探针标记法是缺口平移法(nick translation)。首先用适当浓度的DNA酶Ⅰ(DNAseⅠ)在探针DNA双链上造成缺口,然后再借助于DNA聚合酶Ⅰ(DNa poly merasⅠ)的5"→3"的外切酶活性,切去带有5"磷酸的核苷酸;同时又利用该酶的5"→3"聚酶活性,使32P标记的互补核苷酸补入缺口,DNA聚合酶Ⅰ的这两种活性的交替作用,使缺口不断向3"的方向移动,同时DNA链上的核苷酸不断为32P标记的核苷酸所取代。探针的标记也可以采用随机引物法,即向变性的探针溶液加入6个核苷酸的随机DNA小片段,作为引物,当后者与单链DNA互补结合后,按碱基互补原则不断在其3"OH端添加同位素标记的单核苷酸,这样也可以获得比放射性很高的DNA探针。
2023-06-29 00:23:271

基因探针的实质是什么

基因探针的实质是(单链的)DNA。
2023-06-29 00:24:021

高中生物DNA探针含义是什么?运行原理?

DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,目前分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。  对于基因探针的克隆尚有更快捷的途径。这也是许多重要蛋白质的编码基因的克隆方法。该方法的第一步是分离纯化蛋白质,然后测定该蛋白的氨基或羟基末端的部分氨基酸序列,然后根据这一序列合成一套寡核苷酸探针。用此探针在DNA文库中筛选,阳性克隆即是目标蛋白的编码基因。值得一提的是真核细胞和原核细胞DNA组织有所不同。真核基因中含有非编码的内含子序列,而原核则没有。因此,真核基因组DNA探针用于检测基因表达时杂交效率要明显低于cDNA探针。 DNA探针(包括cDNA探针)的主要优点有下面三点:①这类探针多克隆在质粒载体中,可以无限繁殖,取之不尽,制备方法简便。②DNA探针不易降解(相对RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。③DNA探针的标记方法较成熟,有多种方法可供选择,如缺口平移,随机引物法,PCR标记法等,能用于同位素和非同位素标记.   DNA探针可以用来诊断寄生虫病,现场调查及虫种鉴定,可用于病毒性肝炎的诊断,遗传性疾病的诊断,可用于改造变异的基因,可用于检测饮用水病毒含量。具体方法:用一个特定的DNA片段制成探针,与被测的病毒DNA杂交,从而把病毒检测出来。与传统方法相比具有快速、灵敏的特点。传统的检测一次,需几天或几个星期的时间,精确度不高,而用DNA探针只需一天。据报道,能从1t水中检测出 10个病毒来,精确度大大提高。   DNA探针是一个单链的RNA,通过这条特定的RNA,让RNA上的碱基和目标DNA的碱基配对(目标DNA已经解旋,并分成两条链),
2023-06-29 00:24:111

生物学的探针是什么概念?

基因探针(probe)就是一段与目的基因或DNA互补的特异核苷酸序列,它可以包括整个基因,也可以仅仅是/基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。1.探针的来源DNA探针根据其来源有3种:一种来自基因组中有关的基因本身,称为基因组探针(genomicprobe);另一种是从相应的基因转录获得了mRNA,再通过逆转录得到的探针,称为cDNa探针(cDNaprobe)。与基因组探针不同的是,cDNA探针不含有内含子序列。此外,还可在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段,称为寡核苷酸探针。2.探针的制备进行分子突变需要大量的探针拷贝,后者一般是通过分子克隆(molecularcloning)获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进,应先制备基因组文库,即把基因组DNA打断,或用限制性酶作不完全水解,得到许多大小不等的随机片段,将这些片段体外重组到运载体(噬菌体、质粒等)中去,再将后者转染适当的宿主细胞如大肠肝菌,这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑,通过原位杂交,从中可筛出含有目的基因片段的克隆,然后通过细胞扩增,制备出大量的探针。为了制备cDNA探针,首先需分离纯化相应mRNA,这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到,如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后,在逆转录酶的作用下,就可以合成与之互补的DNA(即cDNA),cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序,但内含子已在加工过程中切除。
2023-06-29 00:24:201

基因探针是医疗器械么

不是。是被同位素标记了的DNA分子
2023-06-29 00:24:271

3个基因的上下游关系怎么判断?

基因探针是指能与特定核苷酸序列发生特异互补杂交,杂交后又能被特殊方法检测的已知被标记的核苷酸链.探针根据来源与性质不同已分为基因组DNA探针、cDNA探针、RNA探针、cRNA探针和人工合成的寡核苷酸探针等5类.来源可以是pcr扩增而来,或反转录而来,或人工合成等等,再加上标记物,比如同位素、地高辛、生物素等,这就得到了基因探针.由于设计探针时需要目的基因的序列,这样才可以得到特异性较高的探针用于检测.如果未知该目的基因序列,恐怕需要先将该序列进行测序.
2023-06-29 00:24:342

DNA探针的工作原理是什么?

DNA探针原理  DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,目前分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。
2023-06-29 00:24:431

什么是基因检测 基因检测注意事项有哪些

基因检测是通过血液、其他体液或细胞对DNA进行检测的技术。   基因检测可以诊断疾病,也可以用于疾病风险的预测。疾病诊断是用基因检测技术检测引起遗传性疾病的突变基因。目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检测技术做出诊断。   近年来令人非常兴奋的是预测性基因检测的开展。利用基因检测技术在疾病发生前就发现疾病发生的风险,提早预防或采取有效的干预措施。目前已经有20多种疾病可以用基因检测的方法进行预测。   检测的时候,先把受检者的基因从血液或其他细胞中提取出来。然后用可以识别可能存在突变的基因的引物和PCR技术将这部分基因复制很多倍,用有特殊标记物的突变基因探针方法、酶切方法、基因序列检测方法等判断这部分基因是否存在突变或存在敏感基因型。   目前基因检测的方法主要有:荧光定量PCR、基因芯片、液态生物芯片与微流控技术等希望能帮到你。谢谢 还望采纳
2023-06-29 00:25:061

DNA分子杂交技术用什么做探针

DNA分子杂交技术用什么做探针DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。
2023-06-29 00:25:141

DNA分子作为探针的原理是什么

是dna与dna配对的 一般是采用含有特异的dna序列的一小段作为探针 1979年Riggs及Comings都提出用某一段已知的DNA作为探针,称为互补DNA(complement DNAs),放射标记后,与羊水细胞的DNA杂交,并用放射自显影法得出结果,诊断胎儿的遗传性疾病 DNA探针是最常用的核酸探针,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。 现已获得DNA探针数量很多,有细菌、病毒、原虫、真菌、动物和人类细胞DNA探针。这类探针多为某一基因的全部或部分序列,或某一非编码序列。这些DNA片段须是特异的,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用。以细菌为例,目前分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。加之分子杂交技术的高敏感性,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景。细菌的基因组大小约5×106bp,约含3000个基因。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,产生杂交信号的克隆被剔除,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。因此要得到一种特异性DNA探针,常常是比较繁琐的。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,所不同的是所建DNA文库为可表达性,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,它所编码的蛋白是该菌种所特有的。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针。 对于基因探针的克隆尚有更快捷的途径。这也是许多重要蛋白质的编码基因的克隆方法。该方法的第一步是分离纯化蛋白质,然后测定该蛋白的氨基或羟基末端的部分氨基酸序列,然后根据这一序列合成一套寡核苷酸探针。用此探针在DNA文库中筛选,阳性克隆即是目标蛋白的编码基因。值得一提的是真核细胞和原核细胞DNA组织有所不同。真核基因中含有非编码的内含子序列,而原核则没有。因此,真核基因组DNA探针用于检测基因表达时杂交效率要明显低于cDNA探针。 DNA探针(包括cDNA探针)的主要优点有下面三点:①这类探针多克隆在质粒载体中,可以无限繁殖,取之不尽,制备方法简便。②DNA探针不易降解(相对RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。③DNA探针的标记方法较成熟,有多种方法可供选择,如缺口平移,随机引物法,PCR标记法等,能用于同位素和非同位素标记.
2023-06-29 00:25:361

核酸探针

是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩瀚的基因组中把目的基因显示出来。 1、4—6微米切片,用防脱片胶(多聚赖氨酸)处理过的玻片贴附 2、56—60℃烤片2—16h 3、新鲜二甲苯脱蜡,10minX2(趁热脱蜡) 4、100%乙醇5minX2次,不用浸水,直接空气干燥 5、加入50μl蛋白酶K工作液(蛋白酶K用蒸馏水稀释,浓度为25μg/ml),37℃消化10—15min 6、弃去蛋白酶K工作液,0.1MTBS洗涤3minX3次逐级酒精脱水(85%,95%,100%酒精)1minX3次然后空气干燥 7、加入20μl探针,加盖薄膜。(探针用预杂交液稀释,浓度为5μg/ml)。 8、95℃变性10—12min;立刻置于冰块上,防止复性。 9、37℃杂交16—20h 10、揭去薄膜,每张切片加入以下杂交后洗涤液: <1>用2—3滴2XSSC37℃洗涤3minX2次; <2>0.5XSSC37℃洗涤3minX2次; <3>0.2XSSC37℃洗涤3minX2次; 11、0.1MPBS/TBS缓冲液洗涤,1minX3次 12、滴加小鼠抗地高辛生物素标记的抗体工作液,37℃孵育45—60min; 13、0.1MPBS浸洗,5minX3次 14、滴加高敏碱性磷酸酶链亲和素复合物工作液,37℃孵育45—60min。 15、0.1MPBS浸洗,5minX3次 16、滴加NBT/BCIP显色6—16h, 17、双蒸水终止反应(37℃10min—2h),双蒸水浸洗,5minX2次 18、滴加核固红,30秒—5min; 19、双蒸水浸洗,5minX3次 20、脱水、透明、封片
2023-06-29 00:25:491

DNA探针的DNA探针的优点

对于基因探针的克隆尚有更快捷的途径。这也是许多重要蛋白质的编码基因的克隆方法。该方法的第一步是分离纯化蛋白质,然后测定该蛋白的氨基或羟基末端的部分氨基酸序列,然后根据这一序列合成一套寡核苷酸探针。用此探针在DNA文库中筛选,阳性克隆即是目标蛋白的编码基因。值得一提的是真核细胞和原核细胞DNA组织有所不同。真核基因中含有非编码的内含子序列,而原核则没有。因此,真核基因组DNA探针用于检测基因表达时杂交效率要明显低于cDNA探针。 DNA探针(包括cDNA探针)的主要优点有下面三点:①这类探针多克隆在质粒载体中,可以无限繁殖,取之不尽,制备方法简便。②DNA探针不易降解(相对RNA而言),一般能有效抑制DNA酶活性。③DNA探针的标记方法较成熟,有多种方法可供选择,如缺口平移,随机引物法,PCR标记方法等,能用于同位素和非同位素标记.
2023-06-29 00:25:581

生物上基因诊断的步骤是什么?

1、核酸杂交:酸杂交是从核酸分子混合液中检测特定大小的核酸分子的传统方法。其原理是核酸变性和复性理论。即双链的核酸分子在某些理化因素作用下双链解开,而在条件恢复后又可依碱基配对规律形成双边结构。杂交通常在一支持膜上进行,因此又称为核酸印迹杂交。根据检测样品的不同又被分为DNA印迹交(Southern blot hybridization )和RNA印迹杂交(Northern blot hybridization)。其基本过程包括下列几个步骤。(1)制备样品:首先需要从待检测组织样品提取DNA或RNA。DNA应先用限制性内切酶消化以产生特定长度的片段,然后通过凝胶电泳将消化产物按分子大小进行分离。一般来说DNA分子有其独特的限制性内切酶图谱,所以经酶切消化和电泳分离后可在凝胶上形成特定的区带。再将含有DNA片段的凝胶进行变性处理后,直接转印到支持膜上并使其牢固结合。这样等检测片段在凝胶上的位置就直接反映在了转印在膜上。RNA样品则可直接在变性条件下电泳分离,然后转印并交联固定。(2)制备探针:探针是指一段能和待检测核酸分子依碱基配对原则而结合的核酸片段。它可以是一段DNA、RNA或合成的寡核苷酸。在核酸杂交实验中,探针需要被标记上可直接检测的元素或分子。这样,通过检疫与恩印膜上的核酸分子结合上的探针分子,既可知道被检测的核酸片段在膜上的位置,也就是在电泳凝胶上的位置,也就知道了它的分子大小。(3)杂交:首先要进行预杂交,即用非特异的核酸溶液封闭膜上的非特异性结合位点。由于转印在膜上的核酸分子已经是变性的分子,所以杂交过程中只需变性标记好的探针,再让探针与膜在特定的温度下反应,然后洗去未结合的探针分子即可。(4)检测:检测的方法依标记探针的方法而异。用放射性同位素标记的探针需要用放射自显影来检测其在膜上的位置;而如果是用生物素等非同位素方法标记的探针则需要用相应的免疫组织化学的方法进行检测。
2023-06-29 00:26:132

用基因探针来寻找特定的基因前,是不是必须知道此特定基因的序列?谢谢

光从基因表达谱找有异常表达的基因也不全面。做出来的基因表达谱往往有很多基因存在差异,有的可能是一些下游的免疫生物学反应,有的可能是误差或个体差异(尤其是做的数量少时),剩下的可能才有加以考虑的价值。 另外,有时疾病易感基因本身表达并无改变,而是通过调控其它基因发挥作用。所以,致病基因的寻找应从多种途径着手。 一孔之见,如有谬误之处,请大家指教。 多谢verygood 兄,我的第一步可能只能做到表达谱的改变这一层次,如果有机会做下去的话,如你所言,应该从各种途径全面考虑。我现在的想法是以表达谱基因芯片技术为核心方法,做出患者和正常人小梁细胞基因表达谱的差异的总体信息,如maxon和你所说,这样可能找到新的致病相关基因,也可能不行,我想着起码是一个方面吧(不知对不对)。 我目前所能考虑的是如何组织自己的思路,来吧这个工作做好。还有几个问题请教: 1.基因文库的建立方法中,比如有一篇文章中选了1118个基因进行研究,通过BLAST,分成了已知基因、已知序列、未知基因等几类,我不明白他们是如何从基因文库(提取细胞全mRNA逆转录来的)中选定的?(还是从别的地方查到的?),我理解好像是直接测序,请问是如何从基因文库中找出(分离)这些基因一一测序的? 2.如何使用BLAST?比如同一文章中所说的已经测定出的1118个小梁细胞的表达谱基因序列我如何能查到?能给我讲解一下吗?太感谢了 有没有注意到一个问题,基因芯片只能检测已知的基因或序列,对于那些未知的则无能为力,一孔之见. Andrew说得不错,不过芯片中的基因数也在随对基因研究的深入而在不断增加。对普通的研究来说,主要的已知通路基本已能包括。 多谢指教。有能回答我上面几个问题的吗?我还是有些不明白,看了一天资料也没有明白。 请问:如果我用一个正常群体的基因表达谱cDNA定做了一个芯片(含已知的1118个基因),在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达,其原因是什么呢?是真的没有表达还是别的? 多谢多谢 样本是否一致?比如血细胞,其细胞亚群是否有可比性? 有对照吗? 样本是随机样本,小梁细胞是均一的内皮细胞。至于对照,你指的是阴性对照、阳性对照还是转录的内对照? 小弟所知甚少,低级错误也可能犯,请多多指教。 除去实验和DNA芯片误差外,在与患者cDNA样品的杂交中发现有一个基因表达下调了或者不表达,需要用RT-PCR进行验证。其表达的下调或不表达,可能是受到其上游基因的调控,也可能是基因本身结构有改变,如无义突变可检测到表达的下降。对这些经RT-PCR证实后,应该进行测序,察看这些基因是否有结构的异常。 在天天站长和各位战友的帮助下,我对现在所申请的课题从无知到略懂,终于完成了自然科学基金申请书的写作,在明天,我们的这份凝结着大家的汗水和智慧的申请书就要送出去之前,对各位这几天来的帮助表示诚挚的感谢,尽管这是我第一次写这样的申请,尽管几乎没有中的可能,我还是觉得自己学到了很多东西,也结识了很多好朋友,真诚的感谢给了我这个机会! 我把这份申请的正文部分放在了附件里了,希望感兴趣的朋友可以看一下,提一些宝贵意见,因为我认为这样的一个课题还是很值得去做的,尽管我们可能没有这个机会和能力去做。 再次感谢大家啦! 88411-.doc (76.5k) 恭祝申请成功!! 谢谢天天站长的指教,谢谢各位战友。 近日科研基金开始申报,老板急命申请课题。由于对基础刚刚接触,故请教站长以及各位战友。 1目前收集到一少见的单基因病(癫痫方面),在国内未见临床和基础报道。临床工作,包括留取血样已经完成。 2本病自从98年以来,致病基因得到了定位和克隆,但存在遗传异质性,相同的致病基因的突变位点也不相同。多篇文章发表在nature genetic等权威杂志上。最新的研究显示,仍有其他未知的致病基因。 3合作实验室,有曾经成功的定位和克隆了一例致病基因的经验。 我们申请的目的是致病基因的定位和克隆,并有望发现新的致病基因。 想请教各位: 1在目前仅仅掌握临床资料的情况下,能否提出申请? 2还需要做那一方面的工作? 2如果可以,可能申请失败的原因是什麽? 谢谢各位,急切盼望指教!谢谢 如果是单基因疾病,那要看你收集的家系怎么样了。另一个问题主要是你的临床诊断正确与否。我不是临床的,这个临床诊断事关重大,如果有些是诊断错误或分型有误的,很有可能导致无法discover disease gene 单基因疾病这方面的技术策略已经很成熟,有很多文献可以参考。国内也有多家研究机构在做。 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析,还是用SNP分析? 各位大侠,我最近在做一个X染色体连锁遗传家系的疾病相关基因的定位,现在已用两个位点的MARKER(STR)做了基因组扫描,但是在连锁分析时遇到了困难,我用的是LINKAGE(version 5.1). 我想请教各位在进行连锁分析时,性连锁与常染色体连锁遗传参数设置有何不同?急盼各位予以赐教,不胜感激! 答无事转转 我想研究下某个基因SNP与一种疾病的关联。国外已有报道在2个位点上有联系。那么我是进行RFLP分析,还是用SNP分析? RFLP是最早期的遗传标记(第一代),随着遗传学的发展和测序片段的不断增多,已出现了第二代、第三代遗传标记。RFLP通过酶切作用进行分析,操作简单,花费不多,但特异性差,有被淘汰的趋势;SNP定位明确,相对花费较大,对其分析可以通过测序、小测序(Snapshot)、荧光探针、SNP芯片等方法。 具体行RFLP分析,还是用SNP分析看你的研究目标和经济实力。 请教verygood,能否介绍一下小测序(snapshot)? 我最近想检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗? coldant wrote: 请教verygood,能否介绍一下小测序(snapshot)? 我最近想检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),但我要研究的病未见报道。请问我应对所有外显子测序吗? Snapshot为小测序反应,其原理简单地说是首先扩增包含SNP在内的一段DNA模板,再对PCR产物进行纯化,加入带有不同荧光的ddNTP和中间探针(所谓中间探针即SNP前20个bp左右寡核苷酸序列,探针与ddNTP按照模板序列结合,因为是ddNTP,其后不能再延伸,而结合的ddNTP反应的就是SNP情况),再纯化一下进行电泳,根据不同的荧光可以判断相应SNP基因型。 该方法适用于对已知SNP等位基因型进行确认,对探针要求不高;但操作步骤多,大规模应用较为困难(采用基于毛细管的测序方法,如ABI3100测序仪系列时,相对工作量小些)。 检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短,也可以直接测序,因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。 Good luck 谢谢verygood:) 最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟,但是老板说要有新意,同学给出了个这样的主意。 目前已经提取DNA,进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序,我已经确定了突变位点,片段在300bp左右,是否可以全部测序? 另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明?这方面的资料在哪里有介绍?我还是新手:( 无事转转 wrote: 谢谢verygood:) 最近忙着论文答辩的事情。我对于这方面完全是菜鸟,但是老板说要有新意,同学给出了个这样的主意。 目前已经提取DNA,进行基因分型。但是我希望测序进行确定。上面提到的SNAPSHOT是小型测序,我已经确定了突变位点,片段在300bp左右,是否可以全部测序? 另外是全部的样本测序还是就挑选几个杂合子和纯合子测就可以证明?这方面的资料在哪里有介绍?我还是新手:( 如果只是300bp,且标本不多的话,还是直接测序好,因为不仅可以明确已知的SNP基因型,还可能顺带发现一些文献未报道过的,这也就是说所有标本都要测序。 如果只想对已知的那些SNP进行基因分型,你可以采用SNAPSHOT方法,当然亦可以用RFLP,只是特异性差些,所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关,可能切到染色体其他区域。 这方面到没有一定的资料,我们也是做过以后才逐渐理解的,具体采用何种技术还是因地制宜吧。 verygood wrote 检测某基因与疾病的关系,外显子较多(20),在其他疾病中已有突变热点(9、11、13、17exon),建议你先研究一下这些位点。当然如果基因序列很短,也可以直接测序,因为目前发现的SNP或mutation毕竟还只有预计值的2%左右。 谢谢verygood老师。我研究的基因编码区2930bp,mRNA5084bp,基因全长80kb。本打算直接测序,但病人组18例(石蜡),对照组20例(外周血DNA行吗?),费用可能要6万!!!,所以现在想改成PCR-SSCP加异常条带测序,您看行吗? verygood wrote: 如果只是300bp,且标本不多的话,还是直接测序好,因为不仅可以明确已知的SNP基因型,还可能顺带发现一些文献未报道过的,这也就是说所有标本都要测序。 如果只想对已知的那些SNP进行基因分型,你可以采用SNAPSHOT方法,当然亦可以用RFLP,只是特异性差些,所得的条带不一定与目标SNP不同等位基因有关,可能切到染色体其他区域。 这方面到没有一定的资料,我们也是做过以后才逐渐理解的,具体采用何种技术还是因地制宜吧。 测序以后的结果要分析突变有什么软件检测呢?另外的统计学分析是不是有专门的生物统计学书有相关的介绍?还是就是普通的统计就可以了? To coldant : 对于初步研究,您的方法应该可行。 To 无事转转: 测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛,可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎,应扩大样本再进行分型研究。 作疾病相关研究,你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200,国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足,你不可能作测序,你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关,说明这个基因很保守,很有可能跟你所研究的疾病相关,就算没有相关,通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析(就是玩数字游戏),一般总能发文章的。 寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。 你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。 这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 maxon wrote: 寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。 你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。 这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 呵呵,我指的是借用blast来方便序列的比对,当然applied biosystems有更好的软件,不过您如未购买相应仪器则很难获得。 至于标本量的多少,确实是越多越好。对于相对危险度为2的致病位点来说,case-control各1000例检测效能才能达到100%,病例数减少则检测效能也随之降低。但对于初步研究,还不清楚该位点是否有研究疾病有关就大规模投入,有可能颗粒无收。 供参考。 今天基康公司建议我直接测序,把样本4个一组形成一个“pool?”来测,节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP,然后用公司的TAG MAN(一种新技术)大规模检测SNP,但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。 请大侠看看这样好吗?如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗? 先谢谢了。 maxon wrote: 寻找疾病相关基因的SNP,目前主要是直接测序(外周血抽提的DNA,而不是组织),通过对比病人和正常人(无该疾病的人)该基因序列,搜寻SNP。verygood所说的blast,实际上并不适用。 你可对目标SNP所在区域设计一对prime1,使得该SNP位于其中,PCR长度500bp左右。同时在PRIMER1覆盖的区域内,再设计一对PRIMER2。PRIMER2其中一个引物的3‘最后一个碱基必需是与目标SNP所在位点的正常碱基互补,如此,若病人在此位点突变,将导致PRIMER2一对引物不能扩增。另外PRIMER2与PRIMER1至少相距100多bp,PRIMER2产物为200多BP。这样,在一个PCR反应中同时放入这2对引物,就可以得到4个片段(在设计引物时,必须使得这4个片段的长度不同,以便电泳时区别),而含有目标SNP的个体,则只有3个片段,通过电泳,就可以确定是否该个体有突变。 这个方法具体的名称我忘了。希望能对你有所帮组。 呵呵,谢谢了。我在相关文献上看到的是设计2个引物(突变和未突变的),另外反义引物相同。正常对照组设计的引物很象你所谈到的PROMER2。我就纳闷为什么这样做? verygood wrote: To 无事转转: 测序以后的结果分析突变主要通过序列比对初筛,可以利用Blast进行。不过确定是否确实为突变需要谨慎,应扩大样本再进行分型研究。 确定是不可能做出结论,只是提出个展望。测序以后可以用SEQUENCEMAN软件分析,但是后面我想加个RFLP,按照相关文献报道来进行。这样分析起来好象就有更多的数据支持。 coldant wrote: 今天基康公司建议我直接测序,把样本4个一组形成一个“pool?”来测,节省经费。他们本来的建议是正常和病人各用4例分别形成1个“pool”来找SNP,然后用公司的TAG MAN(一种新技术)大规模检测SNP,但我没有这么多病人标本。所以只好只是测序。 请大侠看看这样好吗?如果我总共25例病人分成6个“pool”测序再分析可以吗? 先谢谢了。 呵呵,你也是在基康做吗?他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议?:) maxon wrote: 作疾病相关研究,你的case 和control太少了。一般国内期刊好像也要200对200,国外一般性期刊需要400-500对500左右。一流的杂志一般都是至少1000对1000的。由于你经费不足,你不可能作测序,你还是直接选用已知的位点做。因为这个基因跟多种疾病相关,说明这个基因很保守,很有可能跟你所研究的疾病相关,就算没有相关,通过与年龄、性别、该疾病的危险因素综合分析(就是玩数字游戏),一般总能发文章的。 5555555,可是我收集不到这么多的病例呀,经费也有限。 您说的直接做已知位点是什么方法啊?另外您有看过《生物学统计》这样的书吗?听说参照它就可以进行相关的分析了。上海哪个图书馆或是书店有呀? 具体什么方法我忘了。统计学主要就是T检验和X2 多态性分析方法有两大类: 其一,基于家系分析,主要采用连锁不平衡方法。 其二,基于case-control,如maxon所言,主要就是T检验和X2 。但是应注意control是否能代表所抽样的群体。因抽样错误而导致的假阳性结果在早期文献中比比皆是,这已逐渐引起大家的关注。 无事转转wrote: 呵呵,你也是在基康做吗?他们好象是用探针来检测SNP啊。我听说探针的准确性不如直接测序。不知道他们和你提出的是什么样的建议?:) 看样子无事转转做的工作与我的很相似,可以多多交流! 基康公司建议:病人与对照各25例(病人只收集到25例),4例一组形成一个“pool”,PCR扩增所以外显子,直接测序。(节省费用) 申能公司建议:对每个病人进行扩增,直接测序,与genbank比较(不设对照组,费用18000元/10例) 北京鼎国公司:PCR-SSCP,(正常,病人各25例) 请verygood,maxon,无事转转等战友们参谋参谋,哪个可行? 申请斑竹们帮助。 coldant wrote: 看样子无事转转做的工作与我的很相似,可以多多交流! 基康公司建议:病人与对照各25例(病人只收集到25例),4例一组形成一个“pool”,PCR扩增所以外显子,直接测序。(节省费用) 申能公司建议:对每个病人进行扩增,直接测序,与genbank比较(不设对照组,费用18000元/10例) 北京鼎国公司:PCR-SSCP,(正常,病人各25例) 请verygood,maxon,无事转转等战友们参谋参谋,哪个可行? 申请斑竹们帮助。 我病例30,对照12。人家的建议是直接测序。我想测序以后再做个RFLP,因为是要写论文,所以内容不可以少。
2023-06-29 00:26:233

dna测序用dna探针

解析: “ 基因探针 ” 的工作的原则是按照碱基互补配对的原则,待测的 DNA 分子首先要解旋变为单链,才可检测。 答案: B
2023-06-29 00:26:321

基因检测在日常生活中有什么用途

在日常生活中应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、遗传疾病的诊断、某些常见病的辅助诊断及用作亲子鉴定的依据。通过基因检测,可以了解自己的遗传背景,获得个性化的健康咨询管理服务,做到早知道、早预防、早治疗,使本该发生的疾病少发生、晚发生、不发生,从而提高生存质量,延长寿命。对疾病风险的预测和判断,能够让我们更好、更准确地管理身体,通过改善生活方式和不良习惯,达到健康生活、预防疾病的效果。近年来令人非常兴奋的是预测性基因检测的开展。目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检测技术做出诊断。对于已有初步症状的患病人群,基因检测可以帮助临床进行确诊,并可针对易感风险基因的携带情况,弥补易感基因造成的功能缺陷,从而进行相应治疗和预防疾病的进一步恶化。另外基因还可用于做亲子鉴定的依据,大大的提高了血缘的识别能力。想要了解更多有关基因检测的相关信息,推荐咨询海普洛斯。海普洛斯是全球第二大基因测序中心。引进全球最先进的Illumina NovaSeq6000、HiSeq X Ten、NextSeq500/550系列测序平台和数字PCR平台,倾力打造全球第二大基因测序中心HGC。【● 没病有必要做基因检测吗?过来人有话说......】
2023-06-29 00:26:412

基因检测如何检查的?

基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对DNA进行检测的技术。基因检测可以诊断疾病,也可以用于疾病风险的预测。疾病诊断是用基因检测技术检测引起遗传性疾病的突变基因。目前应用最广泛的基因检测是新生儿遗传性疾病的检测、遗传疾病的诊断和某些常见病的辅助诊断。中源协和目前有1000多种遗传性疾病可以通过基因检测技术做出诊断。近年来令人非常兴奋的是预测性基因检测的开展。利用基因检测技术在疾病发生前就发现疾病发生的风险,提早预防、或采取有效的干预措施。目前已经有20多种疾病可以用基因检测的方法进行预测。检测的时候,先把受检者的基因从血液或其他细胞中提取出来。然后用可以识别可能存在突变的基因的引物和PCR技术将这部分基因复制很多倍,用有特殊标记物的突变基因探针方法、酶切方法、基因序列检测方法等判断这部分基因是否存在突变或存在敏感基因型。我们通常的医疗检测手段是针对疾病的具体症状或已有病变进行检测。现代科学的发展促进了医疗检验手段的不断发展,可以深入细微之处对疾病进行纵向或横向的剖析。
2023-06-29 00:26:511

什么叫做生物探针

生物学意义的探针(probe)是指能与特定靶DNA分子发生特异性作用、并能被特定方法探知的分子.DNA指纹技术应用的核酸分子探针是指经示踪物(即标记物)标记的、能与互补靶核酸序列实现退火杂交的已知核昔酸片段.核酸分子探针可分为基因组DNA探针、cDNA探针、RNA探针和人工合成的寡核苷酸探针等.DNA指纹检测多用基因组DNA探针,另有一部分是参照VNTR位点的核心序列由人工合成.制备DNA指纹图时选择探针与选择限制酶同样重要,探针选择的基本原则是:探针必须具备高度特异性,探针制备与标记容易,以及探针的杂交必须稳定等因素.
2023-06-29 00:27:001

待测的dna分子可以直接用基因芯片测序吗基

不可以,基因芯片的工作原理是碱基互补配对,所以待测的DNA分子要解旋为单链,才可用基因芯片测序,不能直接测序。因为基因探针就是与DNA的其中一条链特异结合形成双螺旋结构才稳定的,待测DNA不解旋的话探针就结合不上去。基因芯片是铺上一层核酸探针,以杂交的方式来检测待测DNA,而不是用来测序的。基因芯片又称为DNA微阵列(DNA microarray),可分为三种主要类型:1)固定在聚合物基片(尼龙膜,硝酸纤维膜等)表面上的核酸探针或cDNA片段,通常用同位素标记的靶基因与其杂交,通过放射显影技术进行检测。这种方法的优点是所需检测设备与目前分子生物学所用的放射显影技术相一致,相对比较成熟。但芯片上探针密度不高,样品和试剂的需求量大,定量检测存在较多问题。2)用点样法固定在玻璃板上的DNA探针阵列,通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。这种方法点阵密度可有较大的提高,各个探针在表面上的结合量也比较一致,但在标准化和批量化生产方面仍有不易克服的困难。3)在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列,与荧光标记的靶基因杂交进行检测。该方法把微电子光刻技术与DNA化学合成技术相结合,可以使基因芯片的探针密度大大提高,减少试剂的用量,实现标准化和批量化大规模生产,有着十分重要的发展潜力。它是在基因探针的基础上研制出的,所谓基因探针只是一段人工合成的碱基序列,在探针上连接一些可检测的物质,根据碱基互补的原理,利用基因探针到基因混合物中识别特定基因。它将大量探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。基因芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术,把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面,可同时对大量的核酸和蛋白质等生物分子实现高效、快速、低成本的检测和分析。由于尚未形成主流技术,生物芯片的形式非常多,以基质材料分,有尼龙膜、玻璃片、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等;以所检测的生物信号种类分,有核酸、蛋白质、生物组织碎片甚至完整的活细胞;按工作原理分类,有杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。由于生物芯片概念是随着人类基因组的发展一起建立起来的,所以至今为止生物信号平行分析最成功的形式是以一种尼龙膜为基质的“cDNA阵列”,用于检测生物样品中基因表达谱的改变。
2023-06-29 00:27:081

DNA分子杂交技术用的探针是什么?

基因探针就是核酸探针是一段带有检测标记并且序列已知的与目的基因互补的核苷酸序列。
2023-06-29 00:27:292

基因探针怎样知道两条单链是否互补配对?

在进行复制或者转录的时候,解开DNA双链的时候就使DNA探针与单链进行碱基互补配对
2023-06-29 00:27:361

高中生物基因工程问题:在获取目的基因时,既然可以制作基因探针,为什么不将此作为目的基因

目的基因应为所需的基因完整片段,而基因探针可以是该目的基因中的一个小片段
2023-06-29 00:27:463

如何查找正常人某个基因位点是G还是C?

如果你知道这个位点的RS号,可以直接在ncbi的dbSNP数据库网站查询,输入rs号后的搜索结果里会显示这个位点的信息,如下:该位点野生型是G,突变型是A。如果不知道rs号,其他的如该位点在染色体上的绝对位置,也就是上图的“position”也可以在ncbi等多个数据库网站查询。如果一概不知,只知道基因名称,也可以去ncbi查找该基因的全序列,去看这个位置是G还是C。总之,ncbi上就可以查到。
2023-06-29 00:27:552

下列有关“基因探针”的叙述,不正确的是( )A.基因探针的工作原理是碱基互补配对

选C。A对,基因探针的工作原理就是利用碱基互补配对原则进行工作;B对,待测DNA分子必须是单链,才能与探针进行碱基配对;C错,DNA探针不一定是单链;D对,这是基因探针的用途。希望能帮助您。^__^
2023-06-29 00:28:082

探针和引物区别

基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因,也可以仅仅是基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。引物,又名引子。是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,之所以需要引物是因为在DNA合成中DNA聚合酶仅仅可以把新的核苷酸加到已有的DNA链上。
2023-06-29 00:28:173

核酸诊断的常见技术

基因诊断的主要技术有核酸分子杂交、聚合酶链反应、恒温扩增、基因测序和生物芯片技术。 1.1 原理: 具有一定互补序列和核苷酸单链在液相或固相中按碱基互补配对原则缔合成异质双链的过程,称为核酸分子杂交。杂交的双方是待测核酸序列和探针序列。应用该技术可对特定DNA或RNA序列进行定性或定量检测。1.2 基因探针及其标记: 基因探针是一段与待测DNA或RNA互补的核苷酸序列,可以是DNA或RNA,长度不一,可为完整基因,也可为其中一部分。根据探针的来源和性质分为基因组DNA探针、cDNA探针、RNA探针和人工合成的寡核苷酸探针。作为探针至少必须满足两个条件,一是应为单链(或通过变性形成单链),二是应带有可被示踪和检测的标记。有了合适的探针,就有可能检测出目的基因,观察有无突变,也可根据探针的结合量进行定量检测。选择探针最基本的原则是要有高度特异性,其次也需考虑到制备探针的难易性和检测手段的灵敏性等其他因素。1.3 常用核酸分子杂交技术: ① Southern印迹杂交;② Northern印迹杂交;③斑点杂交(dot blotting);④原位杂交(in-situ hybridization);⑤夹心杂交(三明治杂交);⑥液相杂交。 恒温扩增技术主要包括链置换扩增法( strand displacement amplification , SDA) 、核酸序列扩增法( nucleic acid sequence-based amplification ,NASBA) 、转录介导扩增法( Transcription Mediated Amplification , TMA) 和滚环扩增法(RollingCircle Amplification ,RCA) 以及环介导等温扩增法(Loop-mediated isothermal amplification , LAMP)等。LAMP是Notomi 等在2000 年开发的一种新颖的恒温核酸扩增方法,即环介导等温扩增法( loop-mediated isot hermalamplification , LAMP) ,其特点是针对靶基因的6 个区域设计4 种特异引物,利用一种链置换DNA 聚合酶(Bst DNA polymerase) 在等温条件(65 ℃左右) 保温几十分钟,即可完成核酸扩增反应。不需要模板的热变性、长时间温度循环、繁琐的电泳、紫外观察等过程。LAMP 是一种崭新的DNA 扩增方法,具有简单、快速、特异性强的特点,具有替代PCR 方法的可能性。 它们是DNA杂交 探针技术与半导体工业技术相结合的结晶。该技术系指将大量探针分子固定于支持物上后与带荧光标记的DNA样品分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。生物芯片技术起源于核酸分子杂交。所谓生物芯片一般指高密度固定在互相支持介质上的生物信息分子(如基因片段、CDNA片段或多肽、蛋白质)的微阵列杂交型芯片(micro-arrays),阵列中每个分子的序列及位置都是已知的,并且是预先设定好的序列点阵。微流控芯片(microfluidic chips)和液态生物芯片是比微阵列芯片后发展的生物芯片新技术,生物芯片技术是系统生物技术的基本内容。什么是生物芯片呢?简单说,生物芯片就是在一块玻璃片、硅片、尼龙膜等材料上放上生物样品,然后由一种仪器收集信号,用计算机分析数据结果。人们可能很容易把生物芯片与电子芯片联系起来,虽然,生物芯片和电子芯片确实有着千丝万缕的联系,但它们是完全不同的两种东西。生物芯片并不等同于电子芯片,只是借用概念,它的原名叫“核酸微阵列”,因为它上面的反应是在交叉的纵列中所发生。芯片的概念取之于集成的概念,如电子芯片的意思就是把大的东西变成小的东西,集成在一起。生物芯片也是集成,不过是生物材料的集成。像实验室检测一样,在生物芯片上检查血糖、蛋白、酶活性等,是基于同样的生物反应原理。所以生物芯片就是一个载体平台。这个平台的材料则有很多种,如硅,玻璃,膜(纤维素膜)等,还有一些三维结构的多聚体,平台上则密密麻麻地摆满了各种生物材料。芯片只是一个载体。做什么东西、检测什么,还是靠生物学家来完成。也就是说,原来要在很大的实验室中需要很多个试管的反应。
2023-06-29 00:28:241

为什么有标记基因还要探针?都是检测目的基因是否进入了受体细胞啊?!

标记基因确实可以检测是否进入受体cell,但是有时可能不能表达,其次验证目的基因表达需要检验RNA只能用基因探针!
2023-06-29 00:28:381

既然目的基因可以用基因探针检测,那标记基因的存在意义是什么

标记基因是为了确保目的基因导入成功,标记基因表达出相应的明显性状就说明目的基因已导入受体内,转基因成功。
2023-06-29 00:28:462

基因工程检测MRNA能叫DNA分子探针么

基因工程检测MRNA时所用的探针也是目的基因单链制成的,若目的基因转录成功,则转录的mRNA能够与该探针完全杂交(即碱基互补配对),当然可以叫做DNA分子探针(或基因探针)
2023-06-29 00:28:531

探针出现杂交带是什么意思

探针是针对特定DNA序列而设计的,用同位素或荧光标记. 杂交带就是显影后出现的条带. 因此有杂交带就说明染色体DNA中含有能与探针结合的序列,也就是说待测DNA中含有目的DNA. 祝好! PS高中生物一般不要求那么难的吧,这是大学的专业知识了啊
2023-06-29 00:29:111

基因探针试剂盒中DNase1的浓度是多少

探针是能与特异靶分子反应并带有供反应后检测的合适标记物的分子。利用核苷酸碱基顺序互补的原理,用特异的基因探针即识别特异碱基序列的有标记的一段单链DNA(或RNA)分子,与被测定的靶序列互补,以检测被测靶序列的技术叫核酸探针技术。探针制备就是将目的基因进行标记。特异性探针有三种形式——cDNA、RNA、寡核苷酸。cDNA和寡核苷酸是目前最常采用的探针。RNA探针用途很广,也容易获得,但其不稳定性限制了其商业用途。cDNA探针的获得是,将特定的基因片段装载到质粒或噬菌体中,经过扩增、酶切、纯化等复杂的步骤,才能得到一定长度的cDNA探针。这一过程比较复杂,有相应条件的实验室才能做到。寡核苷酸探针是在已知基因序列的情况下,由核酸合成仪来完成,可廉价获得大量的此类探针。质量也相对来说更为稳定。由于cDNA探针长度通常为数百至数千个碱基,所以有良好的信号放大作用,但其渗透性比较差。寡核苷酸探针一般为十数个至数十个碱基,渗透性强,但信号放大作用则较差,合成的多相寡核苷酸探针,敏感性可以达到cDNA探针水平。探针的标记方式有放射性标记和非放射性标记。标记物质有放射性元素(如32P等)和非放射性物质(如生物素、地高辛等)。32P是最常用的核苷酸标记同位素,被标记的dNTP本身就带有磷酸基团,便于标记。特点是比活性高,可达9000Ci/mmol;发射的β射线能量高。用它标记的探针自显影时间短,灵敏度高。32P的半寿期短,虽使用不方便,但为废弃物的处理减轻了压力。非放射性标记法有酶标法和化学物标记法。酶标方法与免疫测定ELISA方法相似,只是被标记的核酸代替了被标记的抗体,事实上被标记的抗体也称为探针,现有许多商品是生物素、地高辛标记的。血凝素与生物素有非常高的亲和性,当血凝素标记上过氧化物酶或碱性磷酸酶,经杂交反应最终形成探针-生物素-血凝素酶复合物(ABC法),酶催化底物显色,观察结果。ABC法底物显色生成不溶物,以便观测结果。酶标记法复杂、重复性差,成本高,但便于运输、保存,灵敏度与放射物标记法相当。 ①缺口平移标记法。利用的是DNA聚合酶I能修复DNA链的功能。该法先由DNaseI在DNA双链上随机切出切口,然后DNA聚合酶I沿缺口水解5′端核苷酸,同时在3′端修复加入被标记核苷酸,切口平行推移。缺口平移法快速、简便、成本相对较低、比活性相对较高、标记均匀,多用于大分子DNA标记,(>1000bp最好),但单链DNA、RNA不能用该法标记。 ②随机引物法。随机引物是指含有各种可能排列顺序的寡聚核苷酸片断的混合物,因此它可以与任意核苷酸序列杂交,起到聚合酶反应的引物作用。将待标记的DNA探针片断变性后与随机引物一起杂交,然后以此杂交的寡聚核苷酸为引物,在大肠杆菌DNA聚合酶I大断段(KlenowFragment)催化下,合成与探针DNA互补的DNA链,当在反应体系中含有a-32P-dNTP时,即形成放射性同位素标记的DNA探针。具有上述优点,可代替缺口平移法。此外大小、单双DNA均可标记,标记均匀,标记率高,但也不能标记环状DNA。随机引物法标记探针一般长400~600bp。 ③末端标记法(又叫尾标)。利用末端转移酶可进行“尾标”,尾标适用于寡核苷酸探针标记,寡核苷酸探针多用于核酸“点”突变的检测,该探针可用核酸合成仪人工合成,克隆出的探针一般较长,特异性好,标记量大,杂交的检出信号强。 1、4—6微米切片,用防脱片胶(多聚赖氨酸)处理过的玻片贴附 2、56—60℃烤片2—16h 3、新鲜二甲苯脱蜡,10minX2(趁热脱蜡) 4、100%乙醇5minX2次,不用浸水,直接空气干燥 5、加入50μl蛋白酶K工作液(蛋白酶K用蒸馏水稀释,浓度为25μg/ml),37℃消化10—15min 6、弃去蛋白酶K工作液,0.1MTBS洗涤3minX3次逐级酒精脱水(85%,95%,100%酒精)1minX3次然后空气干燥 7、加入20μl探针,加盖薄膜。(探针用预杂交液稀释,浓度为5μg/ml)。 8、95℃变性10—12min;立刻置于冰块上,防止复性。 9、37℃杂交16—20h 10、揭去薄膜,每张切片加入以下杂交后洗涤液: >用2—3滴2XSSC37℃洗涤3minX2次; >0.5XSSC37℃洗涤3minX2次; >0.2XSSC37℃洗涤3minX2次; 11、0.1MPBS/TBS缓冲液洗涤,1minX3次 12、滴加小鼠抗地高辛生物素标记的抗体工作液,37℃孵育45—60min; 13、0.1MPBS浸洗,5minX3次 14、滴加高敏碱性磷酸酶链亲和素复合物工作液,37℃孵育45—60min。 15、0.1MPBS浸洗,5minX3次 16、滴加NBT/BCIP显色6—16h, 17、双蒸水终止反应(37℃10min—2h),双蒸水浸洗,5minX2次 18、滴加核固红,30秒—5min; 19、双蒸水浸洗,5minX3次 20、脱水、透明、封片
2023-06-29 00:29:211