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葛毕氏的丈夫葛品连有流火宿症。同治十二年（1873年）十月初七，葛品连旧病复发。同治十二年十月初九，葛品连暴毙，验尸认为是砒霜毒杀。同治十二年十月十二，知县刘锡彤将杨乃武三次夹棍。
杨乃武三次昏死，拒不画供。刘锡彤将供词“死者口鼻流血”改为“七孔流血”，并将一等人犯解送杭州府。而早年杨乃武曾举发当时是九品官吏的刘锡彤犯法，故有说刘锡彤根本对杨乃武怀恨在心，要屈打成招。
由于杭州知府陈鲁严刑迫供，杨乃武多次昏死，最后供认是他给的毒药。葛毕氏被陈鲁以通奸杀夫之罪判决“杨乃武斩立决，葛毕氏凌迟处死”。同治十二年十一月初六，上报浙江按察使蒯贺荪。
杨家不服，到杭州喊冤告状。杨乃武胞姐杨淑英（菊贞）曾在兵部右侍郎夏同善家做过保姆，透过夏同善与刑部分管浙江司刑狱林文忠将案卷送至军机大臣兼总理各国事务衙门大臣翁同龢手里，认为疑点重重，上呈同治帝。
同治皇帝认为事件不可思议，并面报两宫太后，随即下旨刑部，令浙江巡抚杨昌濬重新审讯，并遣监察御史王昕私访民间，得知爱仁堂并无卖砒霜。可惜杨昌濬为保面子和曾参审官员的乌纱帽，竟依仗左宗棠拥兵边疆之势，复以“通奸谋命”上奏。
杨昌濬曾令嘉兴知府许瑶光审问。许瑶光不动刑，叫杨乃武及秀姑照实说，于是犯人尽翻前供，当堂呼冤。审两个多月后，许瑶光不敢定案上复，未能讯结。
同治帝委浙江学政胡瑞澜为钦差大臣，重审此案。但胡对刑法无知，敷衍上谕，刘锡彤又用重金贿赂了胡瑞澜左右官员，以严刑逼供。葛毕氏受不了烧红铜丝穿乳极刑，再次诬供杨乃武指使杀人。
胡瑞澜以为：“案经反复推究，供词佥同，并无滥刑逼供之事。即照本律科断，杨乃武斩立决，葛毕氏凌迟处死。”监察御史边宝泉弹劾胡瑞澜复审草率。
同治十三年（1874年）九月，杨淑英陪同杨乃武妻詹彩凤第二次进京，由夏同善引荐，求遍浙江籍在京官员三十余人。夏同善会同王昕亲自上疏，为杨乃武平反。同年十二月十日，《申报》载：“本馆近两日连录余杭詹氏都察院奏请敕刑部复审呈稿一纸。此案干系重大。
核其大略：‘该县民葛品连于十月初九被乃武妻葛毕氏加毒毙命，葛品连母疑而告县，呈内唯毕氏是指。知县验勘讯情，拟以举人杨乃武与葛毕氏通奸，与伊夫构嫌，因办毒药使该氏毒死其夫。"”《申报》亦登出，杨淑英上都察院的状纸与都察院所公布的版本有所不同，例如少了“屈打成招”的词语。
光绪二年（1876年），刑部尚书桑春荣亲审此案，在朝阳门外海会寺开棺重新验尸。在刑部任职六十年的老仵作照《洗冤集录》说法，证实葛品连并非毒发身亡，乃得病而死，只是骨头表面发霉。[2]光绪三年二月，震惊朝野的“杨乃武与小白菜”案宣告终结，杨乃武与葛毕氏获无罪出狱。
但二人因在狱中多次被严刑拷问，皆一身伤残，而且杨氏连功名也不能恢复。而胡瑞澜、杨昌濬以下三十多名官员则撤职查办，大都是出身湘军的“两湖派”将领，使得左宗棠的“两湖派”势力受到严重打击。
在此事上，上海的新闻报章《申报》，对此案自始至终作了详尽报导，矛头直指朝廷官官相护，瞒上欺下。同治十三年十月二十九日，《申报》公布杨乃武呈诉都察院的状子全文，将杨乃武“八不解”公诸于众，引来民间舆论、浙江乡绅以及浙江籍官员对杨乃武的同情。
由于杨昌濬涉嫌包庇下属，欺压浙江乡绅，故不少浙江籍官员为杨乃武奔走，希望可以为杨乃武翻案。最后此案终于惊动同治皇帝与两宫太后，下令重审，“凡三次上控，历四年而始白”。
杨乃武久经酷刑瘸腿不良于行，晚年以植桑养蚕度过余生。民国二年（1914年）9月，因患疮疽不治身死，年74岁，墓在余杭县西门外新庙前。
毕秀姑回到余杭，出家为尼，法名“慧定”，卒于民国十九年（1930年），坟塔在余杭县东门外文昌阁旁边。
扩展资料：
根据故事改编的电视剧有：
1、杨乃武与小白菜 (1974年电视剧)：1974年电视广播有限公司《电视剧场》电视剧，殷巧儿、陈振华主演，1974年12月22日开播，共7集。
2、清末四大奇案之杨乃武与小白菜 (1986年电视剧)：1986年亚洲电视电视剧，庄伟建监制，魏秋桦、李青山主演，共7集。
3、杨乃武与小白菜 (1990年电视剧)：1990年中国电视剧，李莉制作，孙启新、陶慧敏主演。
4、杨乃武与小白菜 (1994年电视剧)：1994年中国电视公司八点档连续剧，首播期间为1994年3月16日至1994年5月13日，傅扬传播制作，制作人萧淑容、马汉英，丁善玺编剧，张晨光、俞小凡主演，共43集。
5、杨乃武与小白菜 (2005年电视剧)：北京时代经纬文化发展有限公司投资摄制的新编历史连续剧，高玉浚导演，潘虹、邱心志、霍思燕主演，共30集。
参考资料来源：百度百科-杨乃武与小白菜
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慈禧垂廉听政的清末年，即同治、光绪之交，曾发生无数的奇情冤案，其中以杨乃武与小白菜案、名伶杨月楼冤案、太原奇案、张汶祥刺马案最为轰动，统称为清末四大奇案。
杨乃武与小白菜一案发生在清同治十二年，即1873年，发生地为浙江省余杭县余杭镇。
余杭镇豆腐店伙计葛品连暴病身亡，因其妻毕秀姑长相漂亮，人送外号“小白菜”，所以知县刘锡彤便怀疑是因奸情杀人。本县秀才杨乃武平时爱打抱不平，与知县刘锡彤积冤甚深。巧合的是，小白菜与葛品连结婚后租住杨乃武家后屋一间，与杨乃武素有来往，街坊之中的好事之徒也曾传言“羊（杨）吃白菜”。
知县刘锡彤闻听之事，便借机报复杨乃武。遂将杨乃武和毕秀姑二人拘押，并用重刑逼供。屈打成招后，杨毕二人被判斩刑。然而，杨乃武和其胞姐杨淑英、妻子詹氏不服，屡屡上诉，历时二年，前后几十堂，皆因刘锡彤上下疏通贿赂，以致官官相护，依旧维持原判。
但是，此案引起了在京余杭人士的不满，要求大清刑部重审。同时，《京报》报道了她们二人到京告御状的消息，但《京报》只在京师发行，只有朝廷中少数官员可以看到，影响不大，《申报》于同治十三年十月二十七日转载了《京报》的上述消息，因使杨案上告之讯广为流传。
《申报》对杨案的报道，不但维护了法制，伸张了正义，而且鼓励了杨乃武亲属反复上京呈控，从而促使朝廷不得不降旨着令刑部重审杨案。
让人意想不到的是，此案引起了慈禧太后的亲自过问。在朝廷重臣的直接干预下，杨乃武和小白菜毕秀姑冤案得以昭雪。杨毕冤案历经三年又四个月，案情曲折，朝野轰动。杨乃武出狱后，已被革去举人，便以养蚕种桑为生，民国3年（1914）患疮疽不治而死，年74岁。毕秀姑出狱后，在南门外石门塘准提庵为尼，法名慧定。民国10年（1930）圆寂，年76岁。
清廷下谕，革去刘锡彤余杭县知县职务，从重发往黑龙江赎罪。杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼、锡光草率定案，予以革职。侍郎胡瑞澜、巡抚杨昌睿玩忽人命，也予以革职。杨毕一案，朝廷惩治大小官员数十名，可谓是震惊朝野，是晚清因为吏治腐败处理人员最多的一次。
杨毕冤案发生时，大清王朝的社会腐败已相当严重，慈禧太后为严肃法纪，重振朝纲，便借此案惩治贪官污吏。事实上，杨毕冤案能够得以平反，最大原因就在于此。
Chen -
发生在清代同治光绪年间的“杨乃武与小白菜”一案，是晚清四大奇案之首。然而，历史上这一冤案的事实真相却鲜为人知。
杨乃武、小白菜与葛品连
杨乃武于道光十六年(1836年)生于浙江省余杭县城内(今浙江省杭州市余杭区余杭镇)一个小康之家，自幼勤奋好学，为人正直。杨乃武结过三次婚，首为吴氏，次为大杨詹氏，后死于难产。继娶小杨詹氏，即案发时之妻，后直至终老。
小白菜本名毕生姑，乳名阿生，小杨乃武15岁，其父毕承祥，后来一些文艺作品中称其为毕秀姑。小白菜八岁时随母再嫁到余杭县城，其母嫁给喻敬天为妻，小白菜称喻为继父。与杨乃武是邻居，与葛品连也是邻居。葛品连之父葛奉来，早年死亡。葛品连之母也是带子再嫁给沈体仁为妻，沈体仁则是葛品连的继父。小白菜11岁时，经其母喻王氏与葛品连之母沈喻氏订明，将小白菜嫁给葛品连为妻。葛品连成年后由继父将其荐至豆腐店当伙计。小白菜16岁时，葛品连便想将小白菜娶过门。小白菜与葛品连于同治十一年三月初四成亲，小白菜即为葛毕氏。
此时，杨乃武正好在澄清巷口新造楼房三间。造房时由沈体仁监工，得知杨乃武还有新房多余出租，就告诉了葛品连之母沈喻氏，沈喻氏通过赵兰荣，向杨乃武租了楼房一间给小白菜夫妇居住，每月租金800文，杨乃武和小白菜就在同一楼房内居住。葛品连仍在豆腐店帮伙，由于早上起得很早，有时晚上就宿在店中。小白菜一人在家，闲来无事，经常去杨乃武家中走走，有时就在杨乃武家与杨乃武同桌吃饭。小白菜还学起诵经，因识字不多，就请杨乃武教。开始，大杨詹氏还在，小白菜与杨乃武来往频繁不至被人非议。同治十一年九月初八日，大杨詹氏因难产去世，整座楼房有时就只剩杨乃武和小白菜两人。小白菜仍和以前一样，不避嫌疑，与杨乃武来往甚密。后来有关杨乃武和小白菜有奸情的流言街坊邻里都知道了。小白菜夫妇在杨乃武处住了一年以后，杨乃武提出要求把房租增至每月1000文。小白菜夫妇觉得难以承受，就另行租了太平巷王心培隔壁的房子居住。
大杨詹氏死后三个月，杨乃武和小杨詹氏即詹彩凤结了婚。次年八月，杨乃武参加癸酉科乡试，中了浙江省第一百零四名举人。
案情发端
同治十二年十月九日，在豆腐店帮伙的葛品连因身体不适回家，途中数次呕吐。大约早饭也未吃，便在糕点店买了粉团吃。到了家门口，还呕吐不止。到家后就躺到了床上，他自以为又得了流火疾，便要小白菜去买桂圆和东洋参煎服。葛品连服用后并未见好，病情反而更为沉重。午后，葛品连病情沉重。延至申时，葛品连便死了。葛品连死后的第二天晚上，尸体的口、鼻内竟流出血水。葛品连的义母冯许氏见后怀疑葛品连是中毒而死，便与沈喻氏等众亲友商议，请求官府前来验尸，以验明葛品连是否中毒致死。如系中毒而死，则请查根究底。此事告知了地保王林，当晚便请人写好了呈词。次日一大早，在地保王林的陪伴下，沈喻氏便向县衙提交了要求验尸的呈词。
知县初讯
余杭县知县刘锡彤，时已年近七十。刘锡彤接下呈词，正准备与仵作沈祥及门丁沈彩泉等前去勘验，恰好生员陈竹山来衙为刘知县诊病。陈竹山与刘锡彤关系密切，常来常往。于是一边诊病一边就谈起了即将去勘验的事。陈竹山得知是为葛品连验明死因，就把他在走街串巷时所听说的有关杨乃武和小白菜之间的传闻告知了刘锡彤，还说，街坊邻居都认为葛品连之死是杨乃武和小白菜因奸谋毒所致。
之后，刘锡彤带着仵作沈祥及门丁沈彩泉来到了葛品连停尸处。仵作沈祥验得葛品连尸身仰面作淡青色，口、鼻内有淡血水流出，身上起有大泡十余个。但用银针刺探喉部却呈青黑色，擦之不去，不似是砒毒之征，心下疑惑。于是只是向知县禀报说是中毒身死，却未报何毒致死。刘锡彤也未问。沈彩泉问沈祥，沈祥说可能是生烟土中毒致死。沈彩泉说不可能是生烟土，服生烟土皆为自服，是自杀，不是他杀，肯定是砒毒致死。沈祥不服，便与沈彩泉争执了起来。本来试毒的银针应该用皂角水多次擦洗，结果也都忘了。刘锡彤惑于陈竹山之言，竟相信了沈彩泉的话，认为葛品连是砒霜中毒而死。当即将小白菜叫来讯问，问她“毒从何来？”小白菜答“不知”。刘锡彤即将小白菜带回县衙审问。
刘锡彤将小白菜带回县衙后，对其进行严刑拷打。据当年《申报》载，小白菜受的刑是“烧红铁丝刺乳，锡龙滚水浇背”。酷刑之下，小白菜作了与杨乃武系因奸情而谋害亲夫葛品连致死的供述。
小白菜作完口供后，已是次日凌晨三更，刘锡彤一得到小白菜的供词，立即派一王姓书办并带民壮阮德等前往抓捕杨乃武。阮德和书办将杨乃武强行带到县衙。杨乃武半夜三更平白无故被强行带至县衙，窝了一肚子的火。当知县讯问时，不但否认与小白菜因奸谋毒之事，还以粗暴的态度顶撞刘锡彤，使刘锡彤大为恼火。杨乃武得知小白菜的供认说是初五交给其砒霜。于是，托人要求岳母本家亲友为其作证，证明其初五日在南乡除灵立继，初六日才回余杭城内。意在否定小白菜供认的初五日交砒霜的事实。杨乃武岳父的干兄弟监生吴玉琨、杨乃武岳父之侄詹善政、杨乃武的堂兄增生杨恭治及沈兆行、冯殿贵等人即按此要求向余杭知县递交了公禀。
由于杨乃武有举人身份，系天子门生，不能用刑。刘锡彤束手无策，无法获取定案的口供。次日，便呈报杭州知府，要求革去杨乃武的举人身份。杭州知府陈鲁又通过浙江巡抚杨昌浚向朝廷具题。同治皇帝在杨昌浚的具题上亲批：“杨乃武著革去举人，其因奸谋死本夫情由，著该抚审拟。”
杭州府再审
葛品连死后第十天，即同治十二年十月二十日，刘锡彤便将杨乃武和小白菜及全案卷宗解至杭州府。但杨恭治、吴玉琨、詹善政等人为杨乃武所作的初六日才回余杭城内的公禀却被刘锡彤压下了，没有随卷宗上呈杭州知府。
此时杨乃武革去举人的御批已下，知府陈鲁便动用大刑，杨乃武熬刑不过，只得承认与小白菜因奸谋毒之事。当陈鲁追问砒霜来源时，杨乃武便编造了从杭州办完中举手续回余杭的途中，在本已熟识的仓前镇爱仁堂药店“钱宝生”处以毒鼠为名购得的。陈鲁得到这一口供，以为案情已经大白，便叫刘锡彤将钱宝生的证词取来。
“钱宝生”来到县衙后，说自己不叫钱宝生，叫钱鹿鸣，又名钱坦，也没有卖砒霜给杨乃武。刘锡彤反复做钱坦的工作，并表示不会追究其卖砒霜的罪责，也不会把他送到杭州府作证，并给钱坦写了书面保证。钱坦后来同意按刘锡彤的意思作证。
陈鲁得到“钱宝生”的证词，又有杨乃武和小白菜的供认，就认为铁证如山，可以定罪判刑。同治十二年十一月初六日，杭州知府陈鲁作出判决，以因奸谋杀亲夫罪处小白菜凌迟之刑，以授意谋害他人亲夫处杨乃武斩立决，上报浙江按察使。
浙江按察使蒯贺荪，开始觉得案有可疑。因为杨乃武乃是个举人，他自己也是个举人。他不太相信一个举人会为一个女子而抛弃自己的前程不说，还得赔上自己的性命。于是，他找来刘锡彤，询及本案的经过情况，是否有不正常的情况。这刘锡彤向按察使拍胸脯保证，说此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，也就放心了。遂将案件按照杭州知府的意见上报浙江巡抚杨昌浚。
在此期间，杨乃武在狱中，书写了关于自己是被屈打成招的申诉材料，由其妻小杨詹氏即詹彩凤向杭州各衙门申诉，但没有引起浙江巡抚及臬司等地方官员的重视。 到北京告“御状”
同治十三年四月，杨乃武之姐叶杨氏随带杨乃武岳母家的长工王廷南、王阿木，从上海乘轮船到北京，经在京的同乡京官指点，向都察院递交由杨乃武所写的申诉材料。事先商定由王廷南进都察院递交，临进都察院前，王廷南说自己目力不济，要王阿木进去递交。这王阿木就说自己是王廷南。这样，王阿木就被当作王廷南递解回浙江杭州。
都察院接受了杨乃武的呈词后，就下文给浙江巡抚，要求复审此案。杨昌浚将此案交杭州知府陈鲁复审，结果当然只能维持原来的判决。
由于杨乃武之妻小杨詹氏多次在杭州各衙门鸣冤叫屈，杭州城内大街小巷传言纷纷。此事引起了当时红极一时的红顶商人、江南药王胡雪岩的关注。杨乃武之妻得到了胡雪岩的资助，有了再次进京的经济能力。同治十三年九月，杨乃武之妻詹彩凤随带其娘家帮工姚士法，携带杨乃武的呈控材料去北京，向步军统领衙门递交了这一材料。步军统领衙门将杨乃武的申诉情况上奏皇上，皇上谕旨，将此案交浙江巡抚杨昌浚督同臬司亲提严讯。但杨昌浚并未亲提严讯，而是将此案交给刚到任的湖州知府锡光以及绍兴知府龚嘉俊、富阳知县许嘉德、黄岩知县陈宝善共同审理此案。湖州知府锡光参与几次审理后，即找了个借口不再参与审理，不知原因何在。后来主要由龚太守审理此案，但不久便遇到同治皇帝驾崩等国家大事，又碰上全国性的考试，所以此案一拖再拖结不了案。
刑部大审
由于案件久拖不决，社会影响又大，刑部给事中王书瑞上奏要求重审此案。两宫皇太后命浙江学政胡瑞澜复审。胡官居学政，虽通学术，却不谙刑名，难以胜任，兼之素与杨昌浚相熟，也未能推翻原判。
此后，该案又经历重重周折，送达刑部。刑部在审查案卷过程中发现了一些疑点。
浙江籍的京官也非常关心家乡这一轰动全国大案的审理情况。他们经综合各方面的情况分析判断，认为本案是一起冤案。于是他们联名向都察院提交呈状，根据刑部提出的前述案中疑点，又增加了他们听闻来自家乡的消息。都察院接到呈词后，即向两宫皇太后、皇上奏请。两宫皇太后竟批准了都察院的奏请。
刑部接下此案后，便调集本案的有关证人及杨乃武和小白菜进京。由于当时本案的主要证人钱坦已死，刑部也无法依靠证人的证词和人犯的口供定案。虽然在审理时发现杨乃武和小白菜都受过酷刑，与杨昌浚具题、胡瑞澜上奏中所说的并无刑讯一节显有不符，且杨乃武和小白菜也都推翻了原先因奸谋毒的供述，但刑部认为仅凭这些也难以定案。在审问进京人证的过程中，刑部官员发现余杭县令刘锡彤所勘验的葛品连中毒身死的尸体勘验结论值得怀疑。于是经请得旨意，将葛品连的尸棺运至北京，重新勘验葛品连的死因。
光绪二年十二月九日，刑部在北京海会寺开棺验尸。由于此案影响很大，所以前来观看开棺验尸的人非常多。经仵作荀义、连顺喝报，验得葛品连周身大小骨殖均呈黄白色，确属无毒因病而死。在场的刘锡彤以及原验仵作沈祥也都不得不认可了这一鉴定结论。刑部官员还讯问刘锡彤、沈祥原验情况，两人承认，原验时，试毒银针并未按要求用皂角水反复擦洗，不符合朝廷规定的检验要求；沈祥向刘锡彤只报服毒而死，却未报何毒致死，等等。
据此可见，杨乃武和小白菜确系冤枉。他们原来所作“因奸谋毒”的有罪供述显然均为虚假。于是，刑部上奏皇上，革去了刘锡彤知县之职。其他相关审理官员也各自因审理不利而遭受处罚。杨昌浚、胡瑞澜、陈鲁等皆被革职，刘锡彤则被从重处罚，发往黑龙江效力赎罪，且不准收赎。沈祥被判杖八十并徒刑二年，沈彩泉被判杖一百并流二千里。杨乃武、小白菜冤屈被洗刷，但亦被处杖八十与杖一百。至此，案件审结，其时为光绪三年二月十六日，案件审理全过程历时约四年。
杨乃武回到余杭后，曾去上海《申报》做过事，不久仍回余杭，以种桑养蚕度日。于1914年病故，享年74岁。小白菜回到余杭后，终因亲友无靠，衣食无着，真的入庵做了尼姑，法名慧定。小白菜于1930 年圆寂，享年75岁。
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杨乃武与小白菜，是清末四大疑案之一。同治年间，杨乃武与葛毕氏被怀疑通奸杀夫，在刑求后认罪，身陷死牢，含冤莫雪。此案惊动朝廷，在数度更审后虽还予清白，然而两人也受尽酷刑折磨。
光绪二年（1876年），刑部尚书桑春荣亲审此案，开棺重新验尸。在刑部任职六十年的老仵作照《洗冤集录》说法，证实葛品连并非毒发身亡，乃得病而死，只是骨头表面发霉。光绪三年二月，震惊朝野的杨乃武与小白菜案宣告终结，杨乃武与葛毕氏获无罪出狱；但因在狱中多次被严刑对待，已一身伤残，而且连功名也不能恢复。而胡瑞澜、杨昌濬以下三十多名官员则撤职查办，大都是出身湘军的“两湖派”将领，使得左宗棠的“两湖派”势力受到严重打击。
在此事上，上海的新闻报章《申报》，连续报道此案，矛盾直指朝廷官官相护，欺上暪下，引来民间舆论、浙江乡绅以及浙江籍官员对杨乃武的同情，由于杨昌濬涉嫌包庇下属，欺压浙江乡绅，故不少浙江籍官员为杨乃武奔走，希望可以为杨乃武翻案。同时亦惊动两宫太后与恭亲王奕u4723，下令重审此案。
杨乃武晚年以植桑养蚕度过馀生，1914年9月患疮疽，不治身死。毕秀姑回到余杭，出家为尼，法名“慧定”，卒于1930年。
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杨乃武与小白菜冤案史实：
清同治十二年（公元1873年）十月，浙江省余杭县所在地余杭镇发生一起命案，豆腐店伙计葛品连暴病身亡。知县刘锡彤怀疑本县举人杨乃武诱奸葛品连之妻毕秀姑，毒毙葛品连，对杨乃武与毕秀姑重刑逼供，断结为“谋夫夺妇”罪，上报杭州府衙和浙江省署。杭州府与浙江省也照原拟断结，上报刑部。后经杨乃武之姐杨淑英二次京控，惊动朝廷中一批主持正义的官员，联名上诉。朝廷下旨，由刑部开棺验尸，才真相大白，冤案昭雪。
杨乃武，余杭人氏，居住余杭镇县前街澄清巷口。清同治十二年八月中了举人，时年33岁。他为人耿直，好管不平之事出有因，与余杭知县刘锡彤积怨颇深。
当时，镇上有一漂亮姑娘名叫毕秀姑，因常穿绿衣白裙，街坊唤她外号“小白菜”。她18岁那年与葛品连成亲，租住杨乃武家的后屋一间，两家相处和谐，毕秀姑常到杨家聊天吃饭，杨乃武教毕秀姑识字经。街坊中好事之徒便传言“羊（杨）吃小白菜”。葛品连心中怀疑，遂搬出杨家，移住太平弄口。
十月初七日，葛品连身发寒热，膝上红肿，毕秀姑劝他在家休息，葛品连不听，又去豆腐店帮工。初九日早晨回家时，畏寒发抖，喉中痰响，口吐白沫，至晚身死。至初十日夜间，尸身发变，口鼻有淡血水流出。其义母冯许氏怀疑他中毒。其母葛喻氏遂以其子死因不明，告之县衙，恳求相验。
知县刘锡彤素与杨乃武有隙，闻告后，怀疑杨乃武与毕秀姑谋毒，亲率衙役，仵作前往验尸。时正午刻，死者皮色淡青，肚腹有浮皮疹疱。仵作沈祥见口鼻内存血水流入眼耳，认作“七窍流血”，用银针探入咽喉有青黑物，认为服毒致死。刘锡彤将毕秀姑带回县署审问，供不知情。次日动刑逼供，一连三拶（挟手指的刑具），毕秀姑受刑不过，诬称与杨乃武私通，初五日授与砒毒，谋杀亲夫。
刘锡彤即传杨乃武对质。杨乃武不认，怒斥知县诬陷。因杨乃武是新科举人，不便动刑。刘锡彤遂申请上司请其举人斥革，然后对杨乃武动刑，杨被迫诬服。刘锡彤认为案情已明，就将验尸结果和审讯情况详报杭州府。
杭州知府陈鲁听信知县之言，对杨乃武滥施酷刑。杨被迫混供。说是初三日以毒鼠为名，在仓前钱宝生药铺买红砒四十文，交葛毕氏。为补齐钱宝生卖砒的旁证材料，刘锡彤回余杭传讯钱宝生核查，钱宝生供称自己名唤钱坦，没有用过钱宝生的名字，爱仁堂是小药铺，没有卖过砒霜。县衙师爷陈湖对钱宝生威胁利诱，又请任县衙训导的仓前人章浚致函钱宝生，嘱其大胆承认，决不拖累，如不承认，有杨乃武供词为凭，要加重治罪。钱宝生才作了伪证，出具卖砒文书。
杭州知府陈鲁见三证已齐，上报浙江巡抚杨昌睿。杨昌睿认为案情确实，依原拟“谋夫夺妇”罪断结，上报刑部批复执行。
杨乃武在狱中写下诉状,由胞姐杨淑英带出,会同其其妻詹彩凤，上京向都察院控告，结果被都察院押送回浙。第一次京控失败，杨淑英去找杨乃武在杭州的同学吴以同。当时吴以同在胡雪岩家任西席，正巧兵部右侍郎夏同善丁忧期满回京，途经杭州，胡雪岩为他饯行。席间，吴以同说及杨乃武之冤案，夏同善答应回京相机进言。
九月，杨淑英与詹彩凤二上北京，夏同善介绍他们遍叩浙籍在京官员30余人，并向刑部投递冤状。夏同善又联络军机大臣翁同龢，把本案内情面陈两太后。清廷下谕，派礼部侍郎胡瑞澜（时兼任浙江学政）为钦差，在杭州复审。浙江巡抚扬昌睿调宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼随同审理。审讯时，杨乃武与毕秀姑翻供，即用大刑，把杨乃武两腿夹折、毕秀姑十指拶脱。杨、毕两人在重刑之下，再度诬服。
十月十八日，胡瑞澜将案情报刑部，刑部详细研究，发现情节多存不合，奏请朝廷。又令胡瑞澜重审，谕明不得用刑。杨乃武拼死翻供。证人钱宝生已病故，无法定之谳。
十二月，浙江士绅吴以同、汪树屏等三十余人联合上告，请求将人犯解京审讯，以释群疑。夏同善等京官多次在慈禧太后前为此案说话。朝廷下旨，责令杨昌睿将此案所有卷宗、人犯、证人、连同葛品连尸棺押运到京。刘锡彤也解任同行。
光绪二年十二月，刑部大审，都察院、大理寺会审，杨乃武剖辩案发经过，否认通奸谋毒之事，毕秀姑口呼冤枉，照实直说。又审问尸亲及证人，提审门丁沈彩泉、仵作沈祥、爱仁堂药铺伙计等人，都供出真情。接着，开棺验尸，确属病死，并非中毒。蒙冤三年多的案件终于真相大白。
二月十六日，清廷下谕，革去刘锡彤余杭县知县职务，从重发往黑龙江赎罪。杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼、锡光草率定案，予以革职。侍郎胡瑞澜、巡抚杨昌睿玩忽人命，也予以革职．其他人员也以拟罪，仵作沈祥杖八十，徒二年．门丁沈彩泉杖一百，流放三千里．章浚革去训导之职．葛品连之母沈喻氏杖一百，徒四年．毕秀姑不避嫌疑，致招物议，杖八十．杨乃武不遵礼教，革去举人．陈湖因监毙、钱宝生病故，免去刑罚。
杨毕冤案历经三年又四个月，案情曲折，轰动朝野。杨乃武出狱后，以养蚕种桑为生，民国3年（1914）患疮疽不治而死，年74岁，墓在余杭镇西门外安山村。毕秀姑出狱后，在南门外石门塘准提庵为尼，法名慧定。民国10年（1930）圆寂，年76岁。