为什么基因测序失败？都提纯了基因，跑了电泳有结果，测序上游引物有成功，下游引物却没有？为什么？
1、你测的是片段？引物是自己设计的吗？下游测不出来有可能是引物不佳。之前是否用此引物测过？2、你的片段多长？必须双向测通吗？如果必须双向的话，不妨连接载体，比如T载体什么的，然后提质粒出来，用载体上的通用引物测，会好一些。3、实在无法解决，可以让测序公司根据上游的测序结果自行设计引物，多测几个反应，直到测通。这样费用要高一些。
请教：PCR扩增基因设计引物时，用Primer5检测上游引物和下游引物的互补性,显示free energy= 1.50 Kcal/mol
ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3"端ΔG值较低（绝对值不超过9），而5"端和中间ΔG值相对较高的引物。引物的3"端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。
LFYP-F是LFY基因的上游引物吗？P是什么意思
引物是人工设计合成的一对（两个）小片段DNA，具有和目的基因两端互补的序列和人工设计的酶切位点，用于定位复制的起始位置和后续连接操作。
上游引物与要扩增基因的正确引物在中间有一个碱基不同，可以扩增出条带来吗,非特意性条带也行。
一般可以，但是有一一个点突变。一般都能P出来，要是不一样的碱基在3"端就会有一定风险，有时候P不出来。在中间的话没问题。用中间有点突变的引物是构建单突变体的基本原理
为什么基因测序失败？都提纯了基因，跑了电泳有结果，测序上游引物有成功，下游引物却没有？为什么？
1、你测的是片段？引物是自己设计的吗？下游测不出来有可能是引物不佳。之前是否用此引物测过？2、你的片段多长？必须双向测通吗？如果必须双向的话，不妨连接载体，比如T载体什么的，然后提质粒出来，用载体上的通用引物测，会好一些。3、实在无法解决，可以让测序公司根据上游的测序结果自行设计引物，多测几个反应，直到测通。这样费用要高一些。
上游引物Tm为48.1，下游引物Tm为53。请问PCR应如何设定？特别是退火温度要用多少比较合适？引物为简并引物
45-47左右，可以用梯度试试看那个温度最好
血清中miRNA 实时荧光定量PCR内参的选择？？ 及上游引物的序列？？
血清中的miRNA做定量PCR的时候其实没有很好地内参可以用，这跟血清中miRNA的来源有关，我们一般都是提取miRNA的时候，提前加入一定量的某种特殊的人工合成的siRNA，作为外参使用。上游引物的序列还是取决于你想要研究的miRNA，miRNA的qPCR检测，上游引物都是特异性的，下游引物是通用的。
想用PCR扩增下面一段序列，急求高手写出上游引物和下游引物。
上游引物：GAATTCacgcgcaaga ttagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER 5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KOD PLUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）下游引物： GCGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER 5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）
pet28a原核表达 设计上游引物可以包含atg吗
可以，翻译都是从ATG开始的
什么是上游引物和下游引物？
虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------ 3"(无法控制输入格式啊) 3"----- 5"<----这个是下游引物5"----3" <--这个是上游引物3"------------------------------------ 5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。
什么是上游引物和下游引物？
引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。 DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。
什么是上游引物和下游引物?
虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始)，同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应)，都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。
什么是上游引物和下游引物？
虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。
上游引物和下游引物有什么区别
简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法：是谁先复制谁是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言的。扩展资料引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：Forward primer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverse primer，R-引物，又称为反向引物。参考资料: 百度百科-反向引物参考资料: 百度百科-上游引物
上游引物和下游引物有什么区别
简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法：是谁先复制谁是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言的。扩展资料引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：Forwardprimer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverseprimer，R-引物，又称为反向引物。参考资料:百度百科-反向引物参考资料:百度百科-上游引物
its1和its4哪个是上游引物
这对引物主要是扩增ITS区的,18s的的最后一部分及28s开头的一部分也会扩增,但只有几十个bp 5.8s倒是完全包括在内
PCR出现只用上游引物就能引出片段的情况！怎么解释
你要看看是不是你的上游引物能在你的模板的下游反向结合，然后两个上有引物拉出的中间的一段。也就是说，出现了错配。你在用PP5设计引物时，一定要注意是否出现了错配、错配可能会拉出的条带大小。有时候PP5会漏判出现错配的情况（这个我发现过很多次了）。如果大小类似，建议你测序验证。建议重新设计引物。
上游引物可以不加起始密码子
翻译不出来. 首先在转录水平上能转录出全场mRNA 其次但是到翻译水平是,核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动,遇到第一个atg开始翻译,此后遇到终止子停止翻译.因此你的蛋白很难被翻译出来. 但是,终止子的效率不是百分之百,可能会有极少量蛋白质翻译出来,但是量太少,没意义.
为什么测序结果上游引物可以对应到基因组，下游引物不可以
你设计的引物，上游对应的是基因组的正向，下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补，就可以对应了。
你好，请问设计动物的上游引物时，必须从ATG开始还是可以从ATG的上游开始？
没有关系的，不影响，只要PCR能p出ATG不影响基因表达就OK,多几个上游碱基没事。关键不在这里在于设计的引物要符合引物设计的基本原则，越符合越好。
上游引物和下游引物为什么分别加
分别加只是每个实验室操作习惯而已，上下游引物也可以混合后一起加入PCR体系中，我们实验室就是这样做的
已知上游引物怎么求下游引物
上游引物：GAATTCacgcgcaaga_tagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER?5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KOD_LUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）_掠我铮?_CGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER?5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）
基因的克隆,转导,表达,在对目的基因PCR时,为什么一些人设计的上游引物不是从ATG开始的,而是从中上段开始
克隆基因的编码框时，必须从ATG开始或UTR处开始。当你想表达这个基因时，PCR产物必须包括完整的读码框；当你需要该基因融合GFP时，不仅需要从ATG开始，终止密码子必须突变掉，而且目的基因与GFP必须在一个读码框中。而需要监测目的基因的表达水平时，如果使用RT-PCR，则最好是从基因的中上段开始设计引物，因为在RNA提取时，可能得到的部分RNA有小部分降解，或反转录时，只反转录了一部分，没有到ATG这端，因此，从中上有设计的引物更容易监测到目的基因的表达。望采纳！
上游引物 5′-CTCTTTGATGTCACGCACGATTTC-3′, 下游引物 5′-ATCGTGGGCCGCTCTAGGCACC-3′,
“扩增片段长度为542bp”是指：用上游引物（5′-CTCTTTGATGTCACGCACGATTTC-3′）和下游引物 （5′-ATCGTGGGCCGCTCTAGGCACC-3′）进行PCR扩增反应之后，得到上下游引物之间的某个基因特异片段的长度大小，具体是哪个基因的，那么应该是你在设计上下游引物之前就已经确定的。
测序结果只能找到上游引物，没有下游引物是怎么回事
引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。
left primer是上游引物吗
是上游引物。正向引物=forwardprimer，反向引物=reverseprimer，只有中文说法里有上游下游，英文里没有。
想用PCR扩增下面一段序列，急求高手写出上游引物和下游引物。
上游引物：GAATTCacgcgcaagattagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KODPLUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）下游引物：GCGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）
上游引物P 的是3ˊ端的还是5ˊ端的?
是5‘端。因为DNA的复制是从5‘到3"，引物的作用是与模板结合并引发后续DNA产物链条的延伸。
上游引物和下游引物长度必须相同吗
不需要相同，只要退火温度相差不远就行
PCR体外扩增中,上游引物扩增到什么地方终止,怎么终止的
DNA有终止子的，扩增到终止子的地方就停止了。具体终止子怎么把它终止的，看生化课本吧。不同物种的DNA也不一样。一般给你碱基序列的那条模板，假设为A链，它的互补链是B链。第一次延伸：上游引物是识别B链往下延伸的，它延伸出来的碱基序列跟A链一样。下游引物是识别A链往下延伸，它延伸出来的序列跟B链一样。 5"----------------3"A 3------5 上游引物 下游引物5------3 3"----------------5" 第二次延伸：新合成的链同原始的模板一样也可作为模板扩增。给你个视频网址 这里面讲的很清楚 还是动画的。http://v.youku.com/v_playlist/f1644182o1p8.html
目的基因上游引物中引入了终止密码，而原核表达载体上有ATG，这样我的目的基因能被表达出来吗？
翻译不出来。首先在转录水平上能转录出全场mRNA其次但是到翻译水平是，核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动，遇到第一个atg开始翻译，此后遇到终止子停止翻译。因此你的蛋白很难被翻译出来。但是，终止子的效率不是百分之百，可能会有极少量蛋白质翻译出来，但是量太少，没意义。
pcr技术在上游引物从哪一端添加限制酶？
PCR技术中，在上游引物的5"端可以加入限制性内切酶切割位点，以便后续对PCR产物进行克隆、测序等操作。此时限制性内切酶切割位点应该添加在引物的末端，靠近3"端的位置。由于PCR反应是从模板DNA的5"端向3"端延伸合成新链，因此，如果将限制性内切酶切割位点添加在引物的3"端，就可能使得引物在PCR过程中被切割，从而影响PCR扩增效率和结果。因此，一般建议将限制性内切酶切割位点添加在引物的末端，距离3"端适当距离的位置。
上游引物与模板编码相同吗
不相同。上游引物是PCR扩增反应中的一种引物，用于扩增目标DNA片段的起始端，通常与模板DNA序列不同。模板编码是指DNA序列中的编码信息，用于指导蛋白质的合成。在PCR扩增反应中，上游引物和下游引物的序列都需要与模板DNA序列互补配对，才能够进行扩增。因此，上游引物和模板编码是不同的概念。
上游引物用英文怎么说 引物-R引物-F哪个是上游的哪个是下游的啊?
上游引物：Forward primer,F-引物,又称为正向引物； 下游引物：Reverse primer,R-引物,又称为反向引物.
什么是上游引物和下游引物？
虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。
什么是上游引物？
先说上游。DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。引物的概念我就不说了，看摆渡百科。然后DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5"端的引物。同DNA负链互补，同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看．
跪求PCr引物的问题 为什么底下的那个叫上游引物
DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁就是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。底下原始链是3"-5"，所以引物加上去相当于是前导链，是连续复制的；而上面的原始链是5"-3"，所以引物加上去相当于是后随链，是半不连续复制。
为什么上游引物一样,下游引物反向互补
简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。设计的引物，上游对应的是基因组的正向，下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补，就可以对应了。