质粒图谱怎么看

在读文献的时候经常会遇到过表达或者敲低某种基因的时候，以质粒为载体进行转染细胞，那这种质粒图谱应该如何辨识呢？

质粒图谱怎么看

首先我们要知道质粒的主要构成元件：

1、复制起始位点Ori：即控制复制起始的位点。Ori的箭头指复制方向，其他元件标注的箭头多指转录方向（正向）。

2、抗生素抗性基因：可以便于加以检测①Ampr：水解β-内酰胺环，解除氨苄的毒性。②tetr ：可以阻止四环素进入细胞。③camr：生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。④neor（kanr）：氨基糖苷磷酸转移酶，使G418（卡那霉素衍生物）失活。⑤hygr：使潮霉素β失活。

3、多克隆位点：图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。

4、其他元件：P/E：启动子/增强子；Terms：终止信号；加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA的作用等等。

知道了这些基础知识，再回过头看看质粒图谱如何阅读质粒图谱：

1.看箭头方向

一般质粒都会有箭头，箭头有两种解释：一种是转录方向，转录方向主要是由启动子开始的一个箭头，是启动子启动序列的顺序。另一种是复制起始位点的方向，复制起始位点就是该质粒在大肠杆菌等细菌或真菌中DNA复制的一个方向。

2.看各种标签

①ori:DNA复制起始位点，一般在大肠杆菌中是pUC类的，还有一种F1启动子（图上的f1ori)代表的是噬菌体的复制起始方向，只能复制出单链的DNA，可以用来测序。

Tips：图谱上只有一个ori，表示质粒是原核克隆及表达质粒， 图谱上有两个ori，则表示该质粒是穿梭质粒，既可以在原核也可以在真核中复制。

②P:一般是代表启动子，这个质粒上用的是一个CMV启动子，来启动后面的表达蛋白。常见的启动子有：CMV、EF1(启动长片段)，H1、U6(启动短片段，比如shRNA)。

③抗性基因:最常见的是：Amp(氨苄青霉）、Tet（四环素）、Cmr（氯霉素）、SM（链霉素）、Hyg（潮霉素）。

④pA：转录终止位点。

⑤报告基因：通常会有一两个蛋白，被用作报告基因。比如常见的copGFP(绿色荧光蛋白)，Puro（嘌呤霉素)，Lacz(乳糖操纵子)等等。和抗性基因不同，报告基因是为了显示过表达或是敲减的基因是否正常运作。有的报告基因会融合在蛋白中表达，有的会另外用一个独立的启动子进表达（比如shRNA的质粒中）。

3.看MCS(多克隆位点)

多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点，是外源DNA的插入位点，一般可通过酶切/连接的方式将外源DNA插入质粒。

4.看外源DNA片段

质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。

这样拿到一份质粒图谱是不是就心里有数了呢！

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