千年兽最初登场在WS/anodoteima·kasodoteima 数码宝贝2TV版 第43集 究极魔兽军团来袭（小贤回忆部分）●1999年12月31日【阳极、阴极训练师】在太一等七个孩子击败极恶魔王的不久后，还残存的无限龙兽（机械邪龙兽）和基米千年兽临死发出黑暗种子，右者是秋山辽。拉兽融合，产生了具有时空操作能力的强大数码兽——千年兽。被选召的8个孩子被紧闭在异空间之中（当时打极恶魔王时的空间），过去的敌人全部复活，亚古兽逃过一劫，向年终的夜晚里在聊天室聊天的秋山辽求救，秋山辽的数码世界冒险之钟在这一刻被敲响。最后，秋山辽拯救了八个孩子与七个数码兽，也打倒了千年兽。●2000年4月19日【标签训练师们】大难不死的千年兽利用不久前被奥米加兽歼灭的超恶魔兽设计陷阱，因为好友一乘寺贤的电脑里出现奇怪的东西，而前来查看的秋山辽，突然看到出现的D-3暴龙机，与小贤一同被召唤到数码世界，然后中了千年兽的陷阱，落入镜面世界之中。为了恢复变成许多个镜面世界的数码世界并打倒千年兽，秋山辽与V仔兽组成拍档，千年兽死前散播黑暗种子一乘寺贤和偶然相遇的虫虫兽组成拍档，在分别的世界中展开冒险。最后，为了保护秋山辽，小贤被千年兽的邪神之爪击中，在这时候被埋了黑暗种子（倒不如说是千年兽的资料）。●2000年4月20日【D-1训练师们】因为拍档数码兽事件而疗伤中的小贤，无意中找到了一个奇怪的网页，来探病的秋山辽将网页上的奇怪问题全回答后，又被召唤到了数码世界。这次是四圣兽的争斗，召唤各地的训练师们互相对战的D-1大赛（结果赛程上对打的全部都是熟人），而且也再次与宿敌千年兽对持。虽然又一次击败了千年兽，却受到最后爆炸的卷入，秋山辽从现实世界和数码世界中消失。●2000年4月23日【勇敢的训练师】这次的舞台是数码世界的起源-过去的世界。被卷入爆炸而失去记忆，飞往过去的世界的秋山辽千年兽第二次被秋山辽打倒，在核心电脑电子数字积分计算机的指示下和角龙兽组成拍档并藉著电子数字积分计算机的力量飞往过去数码宝贝1（太一等人冒险的时候）、未来（数码宝贝2）、异世界（数码宝贝3）等平行世界中各地的数码宝贝协力。阻止同样是因爆炸而飞往未来世界，还进化成最终千年兽的侵略，守护数码世界的历史，最后，终于四度击败千年兽，并将千年兽与角龙兽强制融合，进行了数据的混乱，千年兽因此引爆并消灭，为这长久的宿敌之战打下了终止符。●2002年2月10日【当黑暗种子发挥作用之时】2年后，小贤升为小学五年级，变成了通晓8国语言，小学5年级就有超高的电脑操作技术，在各方面都表现杰出的天才少年。在与秋山辽的大冒险之后，被黑暗种子附身的小贤，在哥哥死后进入数码世界的黑暗之海把数码机染黑并升级成第一台D-3。因被植入黑暗种子，引发黑暗面（可以机械暴龙兽（病毒种）说是另一人格的暴龙改造者（一乘寺贤）当上了数码皇帝（他变成暴龙改造者是因为收到及川悠纪夫（即变种吸血魔兽）的一封电邮而变成的） ，大肆破坏数码世界，捕猎数码兽并加以改造成无敌的数码兽，绑架太一的亚古兽并用黑暗魔环套入亚古兽的脖子，并要求其进化成机械暴龙兽，谁知道却进化成丧屍暴龙兽，其后丧尸暴龙兽因为没有力量的关系退化成亚古兽，暴龙改造者把新的邪恶螺旋环安在亚古兽身上，其进化成病毒型的机械暴龙兽。机械暴龙兽攻击新的被选中的孩子、太一及阿和。其後在与大辅的战斗中大辅亦找到了属于友谊的装甲，v仔兽装甲进化终於成雷龙兽，并与加鲁鲁兽合力把黑暗螺旋环破坏，令亚古兽变回正常状态。基米拉兽是暴龙改造者集合了比多兽的头部，天使兽和飞龙兽的翅膀，恶魔兽、丧尸暴龙兽和古加兽的爪，角龙兽的尾巴，加鲁鲁兽的双腿，更有暴龙兽的身体和机械暴龙兽的头发而融合成的数码兽，它理论上不能征服，走来走去破坏数码世界。他的攻击是如此的有力以致于即使和它察肩而过时，也会受到伤害。后来虫虫兽牺牲了自己，让金甲龙兽消灭了它。（最企图抢夺黑暗种子的变种吸血魔兽后，发生了几年前的事情：它神秘地跨越了时空，在1999年和逃走的残存的四天王--机械邪龙兽合体，进化成了千年兽……但千年兽后来被秋山辽消灭，死前放出无数黑暗种子，打中了小贤，使他后来成为了暴龙改造者，千年兽自己虽然死去，它的灵魂却未消失，进化成月之千年兽，继续和秋山辽战斗，给他制造麻烦……从时空角度来看，小贤被植入黑暗种子、成为暴龙改造者并造出基米拉兽或许是一种必然）后来虫虫兽的死令暴龙改造者恢复成一乘寺贤。
