- 臭打游戏的长毛
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我们以某基因检测公司的报告为例,通过报告解读来讲解基因检测报告中到底在说什么。
1、报告结构
报告从结构上可以分为很多个部分,首先是报告的基本信息,然后是用药提示这一部分,通过用药提示我们可以对整个报告所有的结果有一个认识,所有的重要结果都可以从用药提示里看到,然后用药提示分为两部分,一个是靶向用药提示,第二个是化疗用药提示。然后再下面的一部分是一个变异检测结果,意思就是说是在患者血液的ctDNA检测到的所有结果都在这里面,如果有基因拷贝数变异的话,它也在拷贝数变异检测结果里头。
再接下去的一页,是目前NCCN指南推荐的检查,我们把这些靶向药物和对应的基因检测结果整理出来,方便临床大夫看到结果。但实际上,我们检测的,要比这些列举的多很多。再后面的话就是靶向药物解析结果,其中这个又分成了很多个部分,首先第一个大表格提示敏感的靶向药物,接下来是提示耐药和无效的靶向药物。如果发现耐药的基因位点,会在这个表格里面写明。最后一部分,是研究结论不一致的靶向药物,这个是有的文献支持某个基因突变对靶向药物敏感,有的文献则不支持,对于这部分结果我们放到哪里。再后面是化疗药物解析,这一般会有2-3页。
最后面是报告的参考文献,即判断靶向药物的敏感和耐药所引用的参考文献,以及一些临床实验的列表。最后把我们检测的基因,以及我们检测所涉及的一些局限性也放到这里了。
图1
2、变异检测结果
如下图,我们可以看到这份报告的检测结果,总共有十二行。每一行代表一个基因的一种突变,最前面是基因的名字。第二列是基因的碱基改变,DNA的变化,第三列是氨基酸的改变,最后一列是突变频率,由于正常细胞也会裂解释放DNA,ctDNA里不只是肿瘤细胞的DNA,突变频率指的是检测到的肿瘤的突变占所有的DNA中这个基因位点的频率,突变频率越高,表明肿瘤细胞占的百分比就越大。
图2
在这个病人的样本,我们可以看到,第一行的EGFR基因的19外显子缺失突变,占到了51.9%,这个突变是个对靶向药物敏感的突变,在这里它还是存在的。理论上患者对特罗凯耐药了,为何它还存在,这个在第三行大家可以看到T790M存在,而且突变频率也很高,有32.5%,对于第一代和第二代耐药最常见的原因就是T790M,大约有50%是这个突变导致的耐药,好消息是刚批准的9291是可以控制T790M突变导致的耐药。但是这个患者也用了9291,但是耐药并且进展。大家往下看报告,可以看到EGFR基因的C797S,这个突变会导致T790M耐药,这个突变频率有18.4%,也是很高的。从这几个突变位点,可以部分解释了患者对目前靶向药物的不敏感的原因,另外我们还通过二代测序检测到了其他耐药原因,即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷贝数扩增,从血液里检测出拷贝数扩增,这是很不容易的,一般检测到的是基因的点突变。同时存在EGFR和HER2扩增也是会导致患者对EGFR-TKI耐药。通过这么多不同原因,如T790M和C797S突变,EGFR、HER2扩增,我们可以大致了解患者究竟是什么原因导致了耐药,下一步我们就会希望了解,究竟是有什么样的治疗方案呢。
图3
对于其他的基因突变,如TP53,突变频率也很高有36.7%,或者第四行,RB1基因,突变频率有20.5%,这也是很高的。当然下面还有突变频率较为低的突变,但是这些并没有在第一页展示出来。这是因为虽然这些基因突变了,但是没有针对这些突变的靶向药物存在。所以,希望大家理解的是,虽然能找到基因突变,但是不是所有的基因突变有对应的靶向药物,即找到基因突变,并不是意味着一定会有对应的靶向药物,这是很重要的一点。
重复图2
如RB1基因是一个失活突变,这个基因失活会导致对帕博西林的耐药,但是由于帕博西林这个药并没有在FDA批准到肺癌里面,所以我们没有在报告里放这个,但是我们会在与患者沟通时阐释这个结果。大家看到ROS1、ALK基因也有突变,但是虽然有突变,但是这个突变没有在很重要的位置,不影响蛋白的功能,也不适合用对应的靶向药物进行治疗。一般而言,首先我们要把基因突变给检测出来,然后我们会判断这个基因突变是否影响了蛋白的功能。只有真正影响了基因的功能,失活或者持续活化,这样的情况下,靶向药物一般才能起到一定的抑制作用,也才能判断一个患者是不是适合用相对应的靶向药物。
3、用药提示
接下来我们回到靶向药物提示这里。在这里我们会标明推荐的靶向药物,不推荐的靶向药物,这里的推荐和不推荐的依据是基因的突变类型,如果是矛盾的结果,即有的文献提示敏感,有的文献提示耐药,则放到最后一列,即有争议的结果里面。我们可以看到EGFR的变异分为五行,第一行是最开始就有的19外显子缺失,第二行是T790M突变,第三行和第四行是导致T790M耐药的C797S突变,最后一行是EGFR的拷贝数扩增。从这里可以看到,虽然是同样的EGFR基因,不同的位点的突变对应的药物疗效是不一样的。如第一行的外显子19缺失是提示对吉非替尼等敏感,我们将其放入第四列。同样T790M突变,提示对吉非替尼等耐药,我们将其放入耐药的那一列。同理C797S突变,提示对T790M突变耐药。EGFR扩增也预示对应西妥昔单抗和帕尼单抗药物敏感,但是EGFR基因扩增对应吉非替尼等药物的疗效目前存在争议,有文献说EGFR扩增对于TKI药物仍旧是敏感的,但有的文献说二者没有关系,所以我们将其放入最后一列——研究结果存在争议。
图4
对于Her2拷贝数增加,有曲妥珠单抗,拉帕替尼等是有效的。但是根据文献来说,这些药物有的说有效,有的则报道无效,对于这些结果我们都放入研究结论不一致里面。
所以,我们一般会综合患者的基因检测结果,最后进行判断哪些药物是推荐的,哪些是不推荐的。所以大家可以从这里看出来,我们最终推荐的是西妥昔单抗和帕尼单抗。而对于正在用的9291并没有推荐,因为出现了耐药的突变,这与临床上的结果,即患者正在使用9291但是病情进展的结果是相一致的。
但是虽然我们推荐了西妥昔单抗和帕尼单抗,但是患者还存在Her2扩增,所以对于患者使用我们推荐的药物后,效果究竟怎样,也是不好说的。这种情况下,一般是根据患者之前的治疗经过,副反应等进行综合考虑,并跟患者沟通其治疗过程,再进行权衡判断。也是说到为何我们给患者推荐了西妥昔单抗,还是不敢肯定结果如何。就是因为患者的其他基因突变,即携带T790M和C797S突变的癌细胞对于西妥昔单抗是不敏感的。这也是靶向药物很大的一个缺陷,即只能杀灭一定靶点的癌细胞,对于其他的靶点它是无能为力的。
回到这个患者的情况,我们查文献发现,有患者同样是存在EGFR扩增和Her2扩增,这部分患者使用了西妥昔单抗加拉帕替尼后,有一定的效果。在这个研究中,有18个患者,3个部分缓解,9个患者疾病稳定,83%的临床获益。只是不同的是,那些患者没有EGFR的外显子19缺失,没有T790M突变,所以究竟患者使用了这些药物后效果如何,我们还没有这方面的报道。
如果患者的身体状态较好的情况下,还可以推荐使用化疗。说到化疗,我们在第二部分有个化疗药物的提示,对于化疗药物提示,我们推荐力度不像是靶向药物那么大。这里头有很主要的原因是,第一是化疗药物解析方面,能找到的疗效证据是来自于人群的研究。也就是说化疗药物的敏感性,是基于两个人群,如A人群的基因型是A,B人群的基因型是B,如果A人群的化疗药物效果好,就归纳为A型基因对化疗药物效果好,但这是人群的平均结果,如果是归纳到单个人上,这个支持力度就有限了。另外一个原因,靶向药物是反映肿瘤细胞的基因突变,而化疗药物是查的白细胞的基因多态性,对化疗药物敏感性的结果都是来自白细胞的突变。我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物作用于肿瘤细胞的疗效,这个指导意义是很受限的,但如果我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物的毒副作用,这个结果会好一些。即对于化疗药物的疗效,其实要根据临床实际来决定来的,即只有在有两种化疗药物供选择的情况下,再参考化疗药物毒副作用、敏感性结果。
图5
这个患者之前用过的化疗方案,如果效果很好情况下,可以尝试化疗。如何患者身体条件很好的情况下,可以做下化疗。这些化疗药物敏感性的检测结果要根据临床的肝肾功能、身体状况来决定的。最后小结,患者查到很多基因突变,但是很多基因突变没有靶向药物。在EGFR基因存在很多突变,突变类型很复杂,除了有外显子19之外,还有T790M,以及C797S。同时还有EGFR和Her2的扩增,这也可能是其对EGFR-TKI耐药的原因。经过这个综合检测、综合的分析后,我们认为患者适合的靶向药物是西妥昔单抗和拉帕替尼这样的治疗。如身体状态较好,可以进行化疗,即一种靶向药物并不能清除所有的癌细胞。这里把这个中间的逻辑尽可能讲清楚了,具体到某个突变使用某个药物,具体解析可见靶向药物解析那个表格里面,对于每个突变进行文献查找,最后进行综合分析。
图6
这个患者是2011年6月发现肺腺癌,发现时没有了手术机会,使用了标准的化疗方案,后来骨转移,做了放疗。后来发现EGFR的L858R突变,使用特罗凯效果很好。后面特罗凯耐药后使用2992,2个月后换用了特罗凯加卡博替尼,还是出现了进展,想通过基因检测看看为何是耐药了,寻找下一步的治疗方案。
图7
在变异检出的那一页,可以看到EGFR的突变是L858R,突变频率是2.4%,另外一个是TP53的错义突变,频率是1.8%。从患者的基因突变结果来看,只是找到了EGFR的突变,频率也不是很低。但是没有T790M、MET扩增、EGFR扩增等耐药的突变都没有检测到。由于患者之前的EGFR的敏感突变还存在,所以我们还是推荐患者使用EGFR-TKI这么一种药物。从这里也可以看出来,真正用药时还是要结合临床实际来的。
图8
但是患者已经是特罗凯耐药了,加184效果也不好,究竟是什么原因导致的耐药呢,我们查了很多文献,其实也没有查到真正耐药的原因。这种情况的概率是30-40%,即从基因突变的角度找不到耐药的原因。这里有个可能的原因是, 我们检测了52个基因,其他的没有包含在内的基因发生了突变,导致了耐药。由于这些突变目前没有对应的靶向药物,所以我们没有着重去检测他们。也有一种可能,即我们对EGFR耐药突变了解还不充分。即我们全球在EGFR基因耐药的认识还有一些偏差,所以有30-40%的病人是找不到耐药原因的。
图9
虽然找不到原因,从结果上看,由于敏感突变存在,所以患者还需要特罗凯去控制,即携带这些敏感突变的癌细胞可能具有很强的生长优势,如果不使用药物把他们给控制住,可能就会导致这部分癌细胞失控。另外一个,是患者使用阿法替尼,即希望去控制Her2扩增,效果不是很理想,可能患者体内没有Her2扩增,可能效果未必会比特罗凯好。现在加用卡博替尼,即针对MET扩增靶点并没有在基因检测中被检测到,可能这也并不是最合适的选择。但卡博替尼还有个VEGFR靶点,有一定抑制血管生成的作用,所以联用这两个靶向药物是有一定道理的。
对于这个报告,我们最想了解的是特罗凯加卡博替尼的治疗效果是不是很好,如果不是很理想,则可以使用抗血管生成抑制剂这样的药物。对于血管生成抑制剂药物,如果我们基因检测发现VEGFR扩增我们会给出提示,但没有DNA水平扩增,但是患者也可能是VEGFR高表达,如果这样使用抗血管生成药物会效果较好。我们比较了几种肺癌常用的血管生成抑制剂,一个是贝伐单抗,一个是凡德他尼,凡德他尼既有EGFR靶点还有VEGFR靶点,临床数据提示凡德他尼和化疗联用的数据也很不错,所以如果患者特罗凯和卡博替尼联用效果不好,倒是可以使用贝伐单抗。如果患者身体条件可以,也可以使用一段时间的化疗,看是否可以把敏感的和不敏感的癌细胞给清除掉。
对于这个案例总结是虽然患者对EGFR-TKI耐药,但是耐药机制不是T790M或MET扩增导致的,所以治疗上不能按照常规的一代耐药换二代,二代耐药换三代。应该考虑特罗凯加卡博替尼治疗效果,如果不是很理想,可以考虑使用贝伐单抗或凡德他尼这样的药物来治疗。如果身体准许条件下,可以进行化疗,即有研究表明化疗一段时间后,之前耐药的靶向药物可能会变得重新敏感。从这个案例可以看出,对于EGFR-TKI的耐药机制也不是100%的了解,对于一些案例可能很好地解释了什么药物合适,什么药物不合适。但是对于另外一些案例,可能查了半天,并不能给出很清晰的结论,用那种药物合适。要解决这个问题,我们能够做的也就是紧跟国内外的研究进展,如果有进展则纳入我们的知识体系当中,希望能解决越来越多的问题。这也是一个基因测序公司需要不断地查阅文献,累积相应的数据库。
编者:id4hehe
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