Troublesleeper
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是新兰。
结局下有两种说法，第一种如下:
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
第二种说法：
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
实在忍不住了,告诉你们黑衣人的主谋是谁吧.
其实早就已经有太多提示了,你们竟然视而不见.你们都被坏人的伪装欺骗了.
其实黑衣人的真正首脑,就是一直隐藏在柯南他们身边的---------------------阿立博士.DOC,LEE
不明白了吧,其实我一直以为是毛利叔叔的(虽然我很崇拜他)但是那天和柯南赌气,细心分析后我突然发现,原来真正的凶手竟然是憨厚的阿里博士,
可能有人早有怀疑,为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦?
为什么新一的父母不关心儿子的情况
为什么工滕优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落?
为什么阿立的发明很强但是不卖.且从来不工作也不缺钱花?
为什么他想要什么资料都能够找到?
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用?
为什么只要柯南他们和阿立出去野营就会遇到危险?
包括灰原哀（以下简称哀）的出现都很可疑,记得吗当时只说哀晕倒在阿笠家门口!
其实事情是这样的,优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织.以小说家的身份为掩护,秘密调查,发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑啊立家隔壁住,并且从小培养新一开车打枪,和推理能力,并派新一和阿立混熟想借此侦察一些情报,于是新一在不知情的情况下被利用了,当阿立开始怀疑公滕父子的时候,想出一条毒计,他派琴久和沃克跟踪出去约会的小兰和新一,大家都看过第一集,其实交易是幌子,真正的目的是跟踪,要不然难道琴久他们是因为喜欢才去坐过山车的吗?在吸引新一注意以后,他们假装交易,阿立扮演的就是那个交易的商人,一切不露痕迹于是新一也就被他们变成了柯南.
于是阿立顺理成章的成为了新一的同伴与监护人.并且柯难实际上成为了阿立手中的人质,当时新一的父母第一次出现的那集,实际是和阿立谈判的,最终的结果是阿立用柯南要挟他们两个人流放到瑞士.
而优作因为不能和新一说明真相,从而让新一感觉受骗,受到伤害,只能同意阿立的要求,不再回到日本,所以你们看优作只有在103集的时候回过日本,还是变装的,就为了不能让阿立发现.
明白了吧，为什么阿立认识\"哀的父母?
其实APTX-4689就是阿立和哀的父母联合开发的,而成功以后哀的父母意外身亡.
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用.但是突然一天,优作和有席子（柯南的妈妈）突然潜回日本,和柯南(103```104集)秘密接触,让他感觉受到了威胁,于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边,那就是哀
哀其实是APTX4689的第一个实验品,本来药的目的是永保青春,没想到竟然适得其反产生副作用,造成了身体变小,而柯南事件发生以后,哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选,为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下.根本没必要监视
参考资料：百度网站
莫妮卡住了 -
File.1窥视的双眼
经过一番的努力循线追踪,柯南与小哀终於追查到黑衣男子的组织所在地,并且成功
地取得APTX4869,制造出解药;柯南与小哀吃下解药后,纷纷变回原来的新一和志保.最后
他们俩就在警方的协助之下,成功第逮捕了组织的成员......但是,日子真的就此平静下
来了吗......?这天一大早,小兰就到新一家去,找他一起去上学... ------上学途中
------小兰(笑)：「真是太好了！新一你可终於回来了」
新一：「这样啊？如果我不回来的话呢？」
小兰(脸红)：「那我...会...算了啦！」
新一以温柔的眼神、口吻对小兰说：
「放心吧！我这次绝对不会随便跑掉了......再让你如此担心了......」
说到这里，小兰的脸变的更绯红了......此时的气氛非常的好，路边的樱花阵阵飘
下，带著一丝丝花香，非常的罗曼蒂克......在如此浪漫的气氛下，新一轻轻地撩起小
兰的秀发，并且慢慢的低下头去，想要吻她...小兰也闭起了眼睛，两人的唇渐渐地靠
近，似乎都可听到对方的心跳声...「噗通！噗通！...」
就当嘴唇即将碰到的那一瞬间，突然间
「砰！」的一声，两人立即从浪漫的气氛被拉回现实...新一这才发现园子＆少年
侦探团的小家伙们跌在一起，在一旁的小兰则满脸通红调整著刚刚的心跳速度...园子
(看著小家伙等人不爽地说)：「我不是说了吗？！小孩子不要看这种亲密画面，你们看，
结果最精彩的都没看到了......」
光彦：「都是元太推的啦！我们才会跌倒...」
元太(生气)：「什么？！」
步美(不耐烦)：「好了！别吵了啦！」
新一(点点头)：「哦...原来...你们一直在偷看哪...」
园子(解释)：「...不...这其实是...那我们走好了...你们再继续吧...」
新一：「.........」
「唉...算了...去上学吧...」
------上学的路上------
步美：「对了！柯南和灰原不知道什么时候会回来耶？！」
光彦：「是啊！他们竟然都转学、搬家了......」
元太：「而且柯南还跟他爸妈到国外去了...真是的...」
小兰：「不过没关系啦！我后来跟柯南通过电话，他说会写信给我们的......」
「他还说，因为爸妈工作的关系，要回来的话，就不太可能了...」
步美、元太、光彦：「喔...这样啊...」
大家都显出无奈的表情。
园子：「但是柯南这小子一走，我还真有点想他呢！」
小兰(苦笑)：「是啊！」
小兰的样子更是无奈，毕竟她都已经把柯南当作自己的亲弟弟了...不论是快乐、
伤心、烦恼，柯南都是她的倾诉对象，所以小兰当然就更感到无奈了...可是，她绝对
想不到，柯南就是他的青梅竹马-工藤新一...这时的新一就想：「真是抱歉啊！各位，
让你们担心了...」
此时，就在街道的转角处，正有一对邪恶之眼正窥视著...
黑暗组织反击事件 - File.2迫近的危机 ------帝舟高中------当新一与小兰一走
进班上(抱歉!我忽略了园子,不要打我...),突然传来...「砰！砰！」的声音，接著就
是一阵「天女散花」，进门的两人当场愣住了......新一：「这......这是......」
同学：「庆祝你和毛利同学夫妻团圆啊...」
小兰(脸红)：「.........」
新一：「什么嘛?!」
经过一阵嬉闹后,大家终於平静下来了...就在此时,一位留著短棕发的女生走了进
来......大家开始打量起这位女生.......同学A：「哇~~~她好漂亮喔~~~」
同学B：「是转学生吗?」
大家又吵闹了起来......
只有新一突然大声叫出：「灰原?」
同学突然愣住,转过来看他,新一只好以笑掩饰......新一(汗)：「哈哈哈...」
小兰也很疑惑,於是问他：
「新一,你认识她吗?」
新一：「喔...她是我在办案时遇到的朋友...」
小兰：「喔......」
棕发女孩：「大家好！我叫灰原哀，刚转学到这里，还请多多指教...」
说完，小哀就自顾地走到一个空位坐下来...同学A：「她感觉起来好绘喔...」
同学B：「是啊！但她也似乎很冷淡...」
此时的新一就想：「跟当初她转学到帝丹小学的时候一样...哈哈...」(歪嘴笑)下
课后，新一就问小哀说：「对了！你怎么会转到我们班哪？！」
小哀(似乎有点不满)：「唉~~~真是的，我好歹也是个高中生年纪的女生，难道我
就要一整天躲在博士家做实验吗？」
新一：「喔...是这样啊...」
小哀：「算了！别说这个...我有件重要的事要告诉你...」
新一(疑惑貌)：「咦？！是什么事啊？！」
小哀：「是关於组织的事......」
此时的小哀突然变的相当严肃...
新一觉得很奇怪，因为组织不是早就被他们摧毁了吗？！
小哀：「其实我这些天待在博士家的时候，正好看到组织被捕的新闻报导，但
是...」
新一：「但是什么...」
小哀又继续说：「我发觉被捕的名单并没有组织的头头-夏特佩斯的名字...」
新一：「夏特佩斯...？」
小哀：「没错！他的本名是黑田羽人，组织的幕后主使者就是他...」
新一(声音突然颤抖了起来)：「难...难道...说...」
小哀：「是的！他应该是事先接到警方来袭的消息，所以逃走了...」
新一(冷静下来)：「那我们现在的问题就在於『夏特佩斯』了...」
小哀：「嗯...还有，工藤，因为对方已经知道你是摧毁组织的一员，因此他们很
有可能对你或对你身边的人采取攻击，所以...你要提高警觉才行了...」
新一：「.........」
这时小兰走了过来...
小兰：「新一，你怎么了？！怎么愁眉苦脸的，发生什么事了吗？」
新一(安慰的口气)：「哪有...没事的啦！你放心...」
小兰(怀疑貌)：「真的吗？」
新一：「真的没事啦......」
小兰：「嗯......」
小兰虽然很担心，但是新一不说，她也只好放弃了...此时，小兰便转向小哀说：
「你好，我叫毛利兰，是新一的青梅竹马！你是新一在办案时遇到的朋友啊？！我怎么
总觉得好像见过你咧？」
小哀(汗)：「真的吗？」
小兰(笑)：「是啊！而且你的名字跟我之前见过的一位小女孩一样耶！你们真的很
像喔！」
小哀(汗)：「那还真巧啊！」
黑暗组织反击事件 - File.3新一担忧的危机 ------放学后------新一、小兰与小
哀一起回家去了……三人走道交叉路口时，小兰就举起手向两人道别：「拜拜！新一、
灰原同学！」
说完，小兰就踏上回家的归途了。
新一则凝视著小兰离去的背影，丝毫不发一语，带著一点忧虑的表情……小哀看著
他：「………」
过了一会儿，她才说：「工藤！你很担心毛利吧！瞧你那种沮丧的样子，还是打起
精神来吧！没事的……」
新一：「………」
「你知道吗？我实在不想因为我的关系而牵连到我的家人、朋友，尤其是小兰……」
小哀：「工藤……」
------小兰回家路上------
小兰正往「毛利侦探事务所」走去，此时，一辆黑色的宾士轿车正跟著她……车上
坐著一位中年男子，他抽著雪茄，带著墨镜，嘴角带著一丝令人畏惧的冷绘笑意……男
子：「就是那个女人吧？！」
男子的手下：「是的！就是她没错！」
男子：「好！现在就去请她过来吧……」
手下：「是的！大哥！」
随后，小兰立即被那位男子的手下给包围了起来……手下：「小姐……请跟我们
来……」
说完，那些人就准备动手抓小兰，谁知道……小兰(生气貌)：「你们是谁？到底想
怎么样？」
手下：「你没必要知道我们是谁？你只要乖乖地跟著我们走就行了……」
小兰：「你这话是什么意思？」
手下：「我不是说了！你没必要知道这些吗！？」
「算了！兄弟们，快点把这个女人抓起来！」
小兰：「什么？」
说完，这些人就扑向小兰，试图要抓住她，但小兰也不是省油的灯，立刻以她的空
手道而加以还击，没多久，那些小罗罗给打的七荤八素了……男子：「不愧是『东京空
手道冠军』啊！但是你是斗不过我的……」
正如男子所说，他的其中一名手下用了沾了迷药的手帕从小兰的背后给住了…小兰
(挣扎貌)：「唔唔……唔……」
可怜的小兰，虽然拼命的挣扎，却还是无法抵挡药效，於就昏过去了……那些人把
小兰抬上车，开著车扬长而去了……男子(看著小兰熟睡的脸)：「呵呵呵……放心！小
姐，我会好好招待你的，直到你男朋友前来为止……呵呵呵……」
男子摘下墨镜，表情突然变得相当凶恶：「哼！工藤新一，你毁了我的计划，我要
把这笔债加倍的还给你，我要让你知道，我-黑田羽人，不是好惹的，这女孩的生死就
全看你的决定了，……哈哈哈……哈哈哈……」
------新一家门口------
小哀：「那我要走了……」
才刚说完，新一的手机就响了起来……
「哔！哔！哔！」
新一接起了手机，但总有一股不好的预感……手机另一头传来目暮警官的声音：
「工藤！我是目暮，刚刚我接获了一起在成田书店前的绑架案，被绑架的是你们学校-
帝舟高中的女学生，你来帮忙处理一下吧……」
新一(想)：「难…难道…是…」
目暮警官：「喂！工藤…你有听到吗？」
新一：「好！我马上到……」
新一把手机关掉，心里想：
「不会的……那绝对不是小兰的……一定是我太多心了……」
新一虽然这样想，但他仍然非常地担心……这一切的一切，全都被小哀看的清清楚
楚地，她甚至知道，新一现在想什么……新一：「那么！灰原，我就去处理了……」
新一一说完，就随即前往成田书店去……小哀目送著他的背影：「………」
黑暗组织反击事件 - File.4心底的呼唤 ------成田书店------这时在成天书店前，
早已围观了许多凑热闹的群众。
路人A：「怎么啦？！发生什么事了？」
路人B：「你不知道啊？！刚刚这里发生绑架案了呢！」
路人A：「咦？！真的吗？」
路人B：「对啊！真是可怕啊...」
路人B：「嗯......」
此时传来警车的声音，目暮警官下了车：「请大家让开，让我们处理......」
於是其他的警员开始清场，请闲杂人等离开了...新一也在此时赶到了，目暮警官：
「喔...工藤...你来啦...」
随后新一与目暮警官等人就在成田书店门口前展开例行的调查工作。
新一观察著现场的四周，只见散落在现场的书包、书本、笔及某样饰物，当心一见
到那饰物后，心里突然一惊，一股不祥的预感再度涌上心头......新一用手帕拾起那个
饰物，心里想：「这个不就是我先前送给小兰的那个幸运物吗？(见VOL.25)怎么会...
难道这...真的是...」新一的心里总有一种不安的感受......就在此时，高木警官在那
个书包找到了学生证，当他见到那上面的名字，立即就愣住了。
目暮警官见状，觉得非常地奇怪，於是就问高木警官：「喂！怎么了？！高木！你
发现什么了吗？」
高木警官回过神来，以颤抖的声音说：
「组长...被绑...绑架的学生...就是...就是...」
目暮警官有点不爽的说：「就是谁啊？！」
高木警官的声音依然颤抖：
「就是...毛利先生的女儿...小兰...」
目暮警官(惊吓貌)：「你说什么？！」
目暮警官接过高木手中的学生证，充满极度惊吓的表情......新一也是一样，他实
在没想到，自己最不想发生的事竟然发生了，而且受害者还是他最喜欢的青梅竹马-小
兰。
新一握紧了手中的幸运物想：
「小兰...为什么...小兰...」
虽然新一不断地在心里呼唤著小兰的名字，但现在却无法唤回她了......新一想到
这里，心里下了一个决定：「我现在不能再消沈下去了，我要打起精神来，救出小
兰...」
「小兰！你等等，我一定会去救你的......」
新一下定决心后，就对目暮警官说：
「警官！我们还是快一点，要不然小兰她......」
目暮警官(点点头)：「嗯...也对！我们不能再拖下去了，人质还在对方手里呢！」
於是大家便开始询问是否有目击者...... ------东京湾某仓库------小兰微微张
开眼睛，头仍然是昏昏沈沈地，看样子之前的药效似乎还没完全退...她发觉自己被绳
子绑住，嘴巴也被胶带给贴住了，并且被关在某个仓库里......小兰心里想(疲倦貌)：
「这里......是......哪里......？我怎么......」
「唔......唔......」
她想挣脱绳子，但实在是没力气......
在这个时候，小兰听到从外面传来海的声音，她把头转向窗户，看到了映著夕阳与
彩霞的大海......小兰(心想)：「原来...这里是...海边...」
突然，仓库的门被打开了，进来了几个男子，最后面那位男子走向小兰，并摘下眼
镜，原来是黑田羽人，他冷冷地笑著说：「小姐！你可终於醒了啊......」
小兰(挣扎貌)：「唔...唔...」
黑田：「喔...对了...我忘了你的暂时无法说话呢...」
他向他的手下示意将小兰嘴上的胶带撕开，其中一个人就粗鲁地将胶带给撕下了...
小兰：「好痛...」
但她立即生气地对眼前的黑田说：
「你到底是谁？！抓我来这干嘛？」
黑田从容地回答：
「喔...这个嘛...我叫黑田羽人，其实我是想用你将工藤新一引来罢了...」
小兰：「你实在太卑�了！竟然拿我当诱！」
黑田：「唉...小姐...火气别这么大嘛...」
小兰：「你到底想对新一怎样？」
黑田：「这个嘛...你想呢？」
他靠近小兰的耳朵轻轻地说：「我想要他的命...」
小兰(惊吓貌)：「你说什么？」
说到这儿，小兰实在是忍不住了，使劲地想把绳子解开...黑田：「小姐！别白费
力气了！因为你曾经是东京空手道冠军，所以我们早就将绳索给加强了...你是解不开
的...」
小兰：「什么？」
黑田托起小兰的下巴：「你还是在这里乖乖地等著你男朋友来吧！到时候我会让你
们两个一起到那个世界去的，让你们当一对死命鸳鸯的，说真的，我的心肠真的很好呢，
哈哈哈......哈哈哈......」
小兰心里呼唤著：「新一......新一......」想到这儿，眼泪不由地掉了下来。
黑暗组织反击事件 - File.5线索
------成田书店------
经过一番询问后，警方终於找到两名目击者，名字分别叫星野樱、堂本薰，她们两
人都是成田书店的店员，当时正好就在店里做一些整理的工作。於是警方开始针对她们
两人询问绑架现场的情形。
目暮警官:「星野小姐、堂本小姐，请问你们能够描述一下当时的情况吗？」
星野樱、堂本薰两人声道：「是的......」
星野：「那个时候我们正在收拾东西，打算打烊了...」
当星野小姐正要接下去说时，新一突然插口问道：「打烊？那么早！我有时候晚点
来都还开著啊...」
堂本：「喔...这个啊...那是因为今天停电的关系。今天下午四、五点时，不知道
为什么整条街都停电了，更怪的是竟然连电话都不能打，所以大家就纷纷先打烊了！可
是我们想说天也还没黑，而且老板也还没回来，就想说晚点再关啊...没想到就在那时
候...」
新一不语，似乎在思考什么：「.........」
星野小姐继续说道：「那时我在外头把一些杂志收进来，然后我就看到那位小姐从
那边的转角走过来(指著转角)，她后面就跟著两辆车子，随后就有五位穿戴著黑衣、墨
镜的男人下了车跟踪著她；等那位小姐正好走到我们店门附近时，那些人就把她包围起
来了！我那时很害怕，就跑进店里跟小薰躲在收怠机下...」
堂本小姐也说：「刚开始那位小姐真的很厉害，一下就把那些人给打倒了...可是
后来那些人好像用了药把她迷昏...所以就...可是那时我们真的很紧张，实在不敢冲出
去叫人来救那位小姐，只好打手机报警了...可是...你们赶来后...就...」从她的话语
还依稀可以感觉到她的恐惧。
目暮警官：「就这样吗？没有别的了？他们没有留下任何话或是什么东西吗？」
堂本小姐紧张地说：「真...真的...没有...啊...对吧！...小樱...」
星野小姐道：「是的...就这样...」
目暮警官看她们俩似乎有点奇怪，但也没放在心上，他就继续和现场的几位警官讨
论著下一步该如何...不过新一怎么想都不对，总觉得她们俩似乎隐瞒著什么不敢说，
於是新一打算自己去问，就在他要过去时，星野小姐和堂本小姐自己走了过来。
星野小姐(小小声)：「对不起！你就是工藤新一吧！？」
新一对她提出的问题有点疑惑，不过他回答说是。
堂本小姐也小声地问：「真的很抱歉！我们刚刚隐瞒了事情...」
新一更觉得奇怪了，他问：「那你们刚才为什么...」
星野小姐回答说：「因为...我妈妈和小薰的姊姊都被那些人抓走了，他们说绝对
不能告诉警察，否则他们就要杀了她们...」
说著说著她们俩个人的眼眶都泛满了泪水...新一：「所以你们才找我这个侦探说
出实情？」
两人擦了擦泪水，答道：「嗯......」
星野又说：「她们现在在东京湾的货柜区，是那些人要我们跟你说的。」
新一听了这句话，突然想到什么，心里想：「难道他们早就...」
不过新一又立刻说：「好的！我一定会救回她们的，放心好了！」
两人笑了笑，并说：「谢谢！」
新一说完后，就跑了出去
目暮警官：「喂！工藤！你要去哪里？」
新一也不回答，就叫了计程车，往东京湾去了。
目暮警官只好派了高木警官跟一部警车追上去看看究竟，而后面又跟著一部计程车，
车上的女孩又是谁呢？
黑暗组织反击事件 - File.6只为了你
------前往东京湾的路上------
新一坐在车上沈思著：
「原来...他们为了向我报复，才特意抓走那两名女孩的家属，这堋说来...成田书
店就是他们刻意制造出的绑架现场了...可恶！黑田你这家伙，要报复就找我好了，竟
然找上那些无辜的人，连小兰都...」
新一想到小兰，心中就是一阵�痛，於是低下头去，喃喃地说：「小兰...抱歉...
都是因为我...你才会...我不管怎堋样也要把你救出来...」
新一握紧他的拳头，可以想见他的决心是如此的强烈... ------东京湾某仓库
------「啊啊啊~~~」一为妇人和某位少女传出一声声的惨叫。
妇人和少女被绳索绑在墙边，身上布满伤痕，黑田的手下正将手上的皮鞭一道一道
地往两人身上抽去，两人只有挣扎、惨叫的份，泪水不断地流下来...「不...不要...
住手...不要再打了...」
小兰闭著眼睛大声地喊著，眼眶也不禁泛满泪水。
一旁的黑田举起手来，示意他的手下停手，两个人被打地不断地喘气。
黑田嘴角带著令人畏惧的效益：
「唉呀~小姐！我又不是在打你，你为何要我住手呢？况且，这画面是如此地刺激，
你就好好地欣赏嘛！」
小兰生气道：
「你好可恶！竟然欺负俩个手无缚之力的女人，何况她们跟这件事无关啊...」
黑田：「怎堋会无关呢？我为了让工藤新一早点到这儿来，才命令我的手下把她们
抓来的；她们俩个就是『成田书店』职员的亲人嘛！只要稍微威胁一下店里的那两人，
工藤他就会自己乖乖地来这里了...哈哈哈...」
小兰：「你......」小兰虽然想反他，可是对这种人说道理是没有用的。
黑田：「好啦...那就算了啦...『收工啦』」
手下们：「可是...大哥...」
黑田：「算了！反正小姐不想看了，那就别玩了...再玩下去也没意思...」
小兰心里想：「这个黑田根本把人命当玩具一样，实在是...可恶...要是我现在能
挣脱绳索就好了...」
小兰虽然这堋想，却还是没办法...
------东京湾货柜区口------
新一下了计程车，放眼往去，只见一片漆黑，他拿出手电筒，往里面走去，四处寻
找小兰被囚禁的地点。走著走著，新一看到某个仓库透出亮光来，他靠近窗户一探究竟，
突然一支手搭在他的肩上，新一回头一瞧，原来是高木警官。
新一：「咦？高木警官，你怎堋在这里？！」
高木一五一十地回答了，新一也说明他自己为何前来这儿的原因。
高木警官：「什堋？那黑田那帮人...不就在里面...」
新一点点头。
高木警官随即说：「那我去通知目暮警官...」
新一：「先等等，高木警官，你现在先找个藏身之处躲著，并趁这时联络目暮警官，
因为对方的目标是我，所以...」
高木警官：「可是这样你会很危险的...还是等目暮警官他们来在一起...」
新一：「抱歉！为了救小兰，我实在是没法儿再等了！我会注意情况的...」
高木警官：「那好吧！不过你可得小心点...」新一：「嗯！」
於是高木警官就先暂时走了，新一则待在窗户旁窥视著里头的动静。
过了一会儿，一个人走到新一的身后，新一察觉到了，他回头一看，没想是黑田羽
人。
黑暗组织反击事件 - File.7晨曦
新一回头一看，没想到是黑田羽人，他带著一股不怀好意的笑意站在离新一不远处，
此时的新一只是静静地看著他...两个人相视一会儿，新一首先开口说话：「难道你就
是黑田吗？」
黑田笑了笑回答：
「是的！请容我自我介绍一下，我就是之前令你变成小孩子的组织首-黑田羽人，
没想到你那么快就来啦！高中生侦探-工藤新一同学。」
新一此时有点抑制不住自己的怒气，大声地说：「废话少说！你把小兰他们藏到哪
里去了！？」
黑田从容地说：
「冷静点！侦探先生，你想找的人，就在里面，我带你进去好了...」
新一不解，他竟然如此容易就带自己去找小兰，所以他只是看著黑田转身离去。
此时黑田转过头对新一说：「放心！我是不会随便动手的...」
「只不过...呵呵...」黑田笑著道。
「你说什么...？」
「不...没什么...请跟我来吧...」
新一抱著怀疑的心跟著黑田走进仓库，没想到...新一见了眼前的景象，不由得想
冲过去，可是黑田却命令人将新一挡住，不让他前进...小兰及那两名被害者都被铁链
紧紧地绑在墙边，只能跪坐著，而另外两名被害人更是全身是伤，令人看了不由得升起
怜惜之心。
黑田走到小兰身边，并从旁边拿起之前打过另外两名被害者的皮鞭...新一一见到
此景，随即气愤地说：「喂！黑田！你到底想干嘛？！」
小兰知道黑田要对他做什么，带著害怕的口气说：「你...你要做什么...？不...
不要...新一！救救我！」
斗大的泪珠一滴滴从小兰的脸颊流了下来，掉到了地上，黑田此时却毫不留情地将
皮鞭抽象小兰。
「啊啊啊~~~不要...新一...救救我...」
新一实在是无法忍受，欲冲向前去，没想到黑田的手下竟然拿著枪顶著他的背部，
新一因此无法无法动弹，他只能眼睁睁地看著自己心爱的人受到如此的折磨，却无法为
她做什么...新一：「黑田！你住手...你要报复的人是我，不是小兰，要报复来找我好
了...」
黑田放下皮鞭道：
「工藤新一！我只要看到你那种想要救自己心爱的女朋友，却又无能为力的表情，
我就很开心了！不过这只是第一步罢了！最后我会把你们两个一起送上黄泉路的，不会
让你们孤单的...哈哈哈...」
「喔！对了！真不知道如果你看见自己的女人被别的男人侮辱会作何感想呢？我还
真想看呢！我来试试好了...呵呵呵...」
说完，黑田就托起小兰的下巴，想要强吻她，然而小兰却不停地挣扎：「不...不
要...住手！放开我...」
一旁的新一却无从帮起，眼见黑田就快要吻到小兰了，突然...「碰！」的一声从
新一的后头传来，新一回过头，黑田也往新一的后头看，原来是拿枪顶住新一的那个人
无故倒地了，新一一脸疑惑，只见一个女孩拿著枪走了进来...新一脸上浮现出光彩：
「咦？！灰原！你怎么在这里？！」
黑田：「哦！是雪莉啊！你这个背叛者竟然还有脸回来啊？！」
小哀摇了摇头，并丢了一把枪给新一：
「喔！不！我又不是要回来的，我是来救人的，对吧？！工藤！」
新一：「嗯！没错！」
「对了！这枪是...」新一小声地问小哀。
「喔...这是我从博士那儿借来的，我知道会有事情发生，所以就回去跟博士借了...
这把枪是你之前那手表的麻醉枪的改装罢了！你的枪法应该不错吧？！可以用吗？」
「嗯！OK~」新一很有信心地答道。
「哼！可恶的家伙！喂！你们快把它们俩个抓住！」黑田生气地命令他的手下。
「喔！是的！大哥！」
新一和小哀灵机地拿出麻醉枪将靠近她们的那些小混混给射昏了。
黑田：「可恶...你们这些家伙...别忘了我手中还有三个人质啊！」黑田从西装掏
出一把枪抵著旁边小兰的太阳穴。
此时，警方也赶到现场了，目暮拿起扩音器说：「黑田羽人，你已经被包围了！还
是乖乖弃械投降吧！」
黑田当然不愿意，谁知高木、佐藤、及白鸟等三位警官早就从后面的窗户爬进来，
他们几个就从黑田的后方将他制服，终於把他给逮捕了！
新一松了一口气对小哀说：「谢谢你啊！灰原！」
「嗯！反正事情解决就好了！你还是去看看毛利吧！」小哀轻松道。
「嗯！」新一随即跑到躺在担架上的小兰身边。
新一爱怜地对小兰说：「小兰！你没事吧？！」
小兰微微地睁开眼说：
「嗯...我没事...新一...我就知道你一定会来救我的」。
余辉 -
新兰（百度上）
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
kikcik -
结局的话肯定是有的吧, 但估计还要等N久哦， 现在的柯南那么红!!大家都在期待着呢!!所以应该还是不会结束的!!结局的话,总归是很意料之外的吧!!
两种可能结局：
《名侦探柯南》结局:498话（2小时半特辑）内容完全披露
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
柯南大结局＿第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
西柚不是西游 -
现在还没有出结局，要是出了青山还有的赚吗？不过我希望的结局是柯南变回新一（哀留下来的唯一一颗解药）就在柯南变回新一以后，小兰也知道了真相，她，新一和基德还有服部一起去端了黑暗组织,就在大家为哀不能变回来感到遗憾时，改邪归正的琴酒告诉他在黑暗组织基地的密室里还有一颗解药，大家排除万难终于拿回解药，就这样哀变了回来，2个月后，在教堂有2对新人（小兰，新一、服部，和叶）这时变了回来的哀独自在教堂的外面时，突然从后面伸出来了一朵玫瑰花，回头一看是基德，基德对她说“我叫黑羽快斗，“ 呵呵 这个结局才叫皆大欢喜。。。。不过是瞎编的，不过我希望柯南没有结局。因为这样我们就一直看下去。。。。。。
寸头二姐 -
咳，优势这个可爱的问题~~~
去问73吧，除了他还有谁能告诉你呢？
还在连载中嘛~
不同的网站答案不同，都是网友Y出来的，说新兰或者说柯哀有啥意义么？~又不一定是真的结局，对不？
meira -
是新兰，最后工藤变回来了，但是阿笠博士的真面目被揭穿了他是黑暗组织的首领，没想到吧阿笠博士竟是黑暗组织的首领。
天线宝宝说害怕 -
还没完结呢...大部分是新兰了，灰原估计是便当的命...（要真让小哀便当了我就杀了你，青山刚昌！！！）
左迁 -
网上YY的结局应该是不会出现的。青山又不是白吃饭的....
动漫周刊已经确定在09年4月柯南TV和漫画会完结，到时候TV版本会播送大结局！！！这消息才是真金！千真万确！LZ不信可以去日本官方网查！记载这内容的动漫周刊大概在3星期前的那一期。
也就是说柯哀和新兰还不确定咯...
黑桃花 -
青山老师透露的，是柯南变回了新一，灰原死了，柯南和小兰在一起了！
CPS小天才 -
这个问题我也很想知道呀
不过73还在画漫画版结局
要等上一段时间才知道
TV版的就遥遥无期了...
发表一下个人意见 ..
本人比较支持新兰的说...
还要看73怎么画了
阳光下的日耳曼尼亚 -
我个人认为，现在网上的那些结局多半是瞎编，不然73那么容易就把结局透露出来，那结局还有吸引力吗？何况还那么详细，现在我们只能从以前的细节中捕捉，个人偏向柯哀
真颛 -
个人是柯哀,哀的智商和新一配.不过,我们不是来吵架的,和平更重要吗!
瑞瑞爱吃桃 -
柯南的完结之路还遥遥无期，但我们要坚贞地相信，在青山刚昌有生之年定会完结！就算不完结！也会有无数个小青山继承先父（祖）的遗志，将新兰捏在一起……
gitcloud -
抱歉 结局作者还没报吧？ 同人的有新兰也有柯哀 作者的意思应该是新兰