苏萦 -
1 库拉乌-幻之记忆 科幻题材 事实上是借库拉乌这一主角的视角揭露人类的深层次心理感受 同时对库拉乌和圣诞节这对“同位体”之间“情”的描绘才是着重点 不过本片节奏有点慢 存在科幻和量子物理学晦涩的设定
2 幻影死神 动画基本上采取一集一个人物一个故事的形式展开 特点是大段的心理独白+深层次剖析人们心中的负面情绪 比较虐心
3 巷说百物语 京极夏彦的鬼怪志改编而成的动画 借怪谈来揭露时代的弊病人心的险恶
4 精灵的守护者 一部没有任何萌点豪不造作的纯故事性的片子
5 混沌武士 关于旅人的故事 过去了就是过去了一旦离开便只剩过去（ 音乐大赞）
6 羊之歌 “迷失在羊群之中的狼，被寂寞的利齿撕裂自己的身体……”比较虐心
7 星际牛仔 四人一狗游荡在广阔宇宙之中 在自己与他人的生活中经历着种种悲欢离合 寻找着各自的过去 每一集都带着淡淡忧愁 却又舍不得刺得你发痛 总是点到即止
8 死亡代理人 探讨人类和人造物（机器人、机械、各种生化怪物之类）之间的伦理关系 故事背景及世界观系统的信息量十分庞杂 格调灰暗惊悚 如果你是考据派 值得一看
9 夏娃的时间 同是探讨机器人跟人类的关系 夏娃的时间这部片子“亲和力”无疑要高很多
相对于死亡代言人里晦涩的表达 夏娃的时间更显得充满温情与喜感
10 调酒师 一部节奏比较慢的片子 勉强可以归到治愈类吧 一集一个单元的叙述方式 轻松惬意。
11 狼雨 狼的孤独和坚毅，末世人类的渴望、挣扎、善意和堕落 隐藏在狼群的悲伤征程背后的希望 配乐哀而不伤感人肺腑 值得独自一人带着耳机细细品味
暂且列到这还有一些年代太久远就不列了
以前的老番大都值得回顾 可惜看得人不多啊
PS 以上故事简介具体请参考百度百科
可可科科 -
冷门的啊……不清楚楼主所谓的冷门到底怎么算冷门呢？最近的新番倒是都挺肉的- -
《虫师》另一个世界，住着一群与常见动植物截然不同的生物。远古以来，人们敬畏地称它们为“虫”。当虫的世界和人的世界重合时，虫师银古便会出现。
《巷说百物语》前是暗夜，后生流彩。
《Blue Gender—虫孽》恐怖系- -也不是很恐怖，楼主注意
《傀儡师左近》侦探类（话说以上貌似都讲得是人性啊较为深刻点东东）
《愿你在此》有点点沉重
《Now and then,Here and there》或《超时空幻境》剧情很细腻的类型
《秋蝉鸣泣时》看了过后世界观有点点颠倒，事实上还是不错
这些基本也差不多了吧……因为实在不知道楼主看过哪些，冷门也不知道什么程度，总之冷门有冷门的道理，冷门佳作都是关乎黑暗的一面所以不会热，事实上看看也好
血莲丿红尘 -
恋爱随意链接（是运用人的情感的）
Steins;Gate（这个好像国内少人看，说的是一个中二病科学家，爱情路线好）
境界线上的地平线（这个就比较难看懂）
圣诞之吻SS（非常好的爱情观）
真实之泪（吹泪）
黑之契约者（三无的男主）
驱魔少年（打斗不错）
反正这些在我的生活圈里是比较冷门的佳作
北有云溪 -
楼主也喜欢看《怪物》，那么推荐《永生之酒》可以看看，故事背景是美国1930年，主要讲的一群原本毫不相干的人因永生之酒的复苏而让他们的命运开始复杂交错起来，相较于大多动漫，这部作品的讲述方式也是错综复杂，不过正好对上了楼主的那句话“真的很有深度，情节十分紧凑，看后回味无穷。”
既然讲到了《永生之酒》，我觉得就必然要推荐成田良悟的另一部《无头骑士异闻录》，个人感觉虽然较《永生之酒》略显不及，不过也是一部不可多得的佳作。
如果楼主对日本历史也感兴趣的话推荐看一下《新选组异闻录》，这部动漫比较写实，不过个人感觉值得一看。
再推荐一部讲吸血鬼的《圣魔之血》，故事虽然讲的是未来世界，不过却是中世纪风格，严格意义上并不是吸血鬼，只是植入外星生命体的改造人类，楼主如果看了动漫，可能就需要百度一下才能了解整个世界观了，不论是画风，还是剧情都是一部非常不错的动漫。
不知道楼主对后宫类的动漫有什么感觉，如果有兴趣推荐一部《异世界的圣机师物语》，整部作品清新幽默，看着很舒服。
如果楼主看着很有感觉就有必要推荐下梶岛正树的天地无用系列了，《异世界的圣机师物语》里面的男猪脚就是从里面来的，可以说是后宫动漫的鼻祖了，虽然年代老了点，不过内容还是很不错的。
还有不少好看的动漫，不能说是冷门，只能说短篇的，很多看完就被大家遗忘了，不能与现在连载热播的相提并论，不过不论是内容还是画风很多都是毫不逊色的。
例如《钢壳都市雷吉欧斯》，《大剑》，《黑礁》等，可能有的动漫比较慢热，前几集不出彩没味道，但越往后越能体现其独特的魅力。
还有不少大家都熟悉的经典动漫比如《EVA》，《叛逆的鲁鲁修》，《棋魂》，《超时空要塞》，《空之境界》，高达系列，《城市猎人》，CLAMP大妈们的一系列作品啊等等。
忘记了《怪物》算是长篇动漫了，还有不少经典中长篇动漫，比如《犬夜叉》，《驱魔少年》，《家庭教师》，《史上最强弟子兼一》，《金色的卡修》等，虽然很多都烂尾了，不过还有很多漫画还在连载中，可能以后会出第二季之类的完结版。
综上说了这么多，不过感觉还是没说完，还有太多经典的动漫不管是否冷门都没列在其中，还有更多的动漫是我所没看过的就更不好评论了，所以楼主如果真有大把的时间想找好动漫看，推荐楼主去贴吧找吧，当然前提是楼主能先把眼前觉得好看的先看完再去继续寻找，否则就得不偿失了，就说到这吧。
瑞瑞爱吃桃 -
圣石小子，【这个听别人说过，貌似还不错】
异国迷宫的十字路口，【这个是萌萌少女系的治愈类作品】
GOSICK，【这个是侦探解谜类的推理动漫，还不错~】
刀语，【— —据说不错的】
青之文学，【其中包括《人间失格》，《盛开的樱花林下》，《心》，《蜘蛛丝》，《地狱变》，《跑吧，梅勒斯》等佳作。这个着重推荐！】
金钱掌控，【···智力类的···总觉得看这个实在是太费脑细胞了···】
江户盗贼团五叶，【蛮好玩的片~不过就是画工有点······不过里面带着浓浓的江户色彩~】
新选择异闻录【从某种程度上来讲，这是部热血少年片— —】
【恩~以下推荐的都是CLAMP的作品，有一些甚至不算是冷门的。不过鉴于真心好看就一起推了吧~~话说CLAMP的作品画风都超美，不看你会后悔的呦~~】
翼·年代记【恩~相当温柔的治愈系作品，个人觉得蛮好看的~】
XXXHOLIC【个人觉得这不太算是冷门作品，不过真心好看就是了~哲理类···吧？】
x战记【怎么说···经典虽然不会过时，可这部的确是老作品了】
东京巴比伦【理由同上】
圣传【理由继续同上】
Chobits【···养成也是很有爱的啊~】
反叛的鲁路修【虽然我不认为这个是冷门，不过的确很好看就是了~】
BLOOD-C
小鸠【依旧是温暖治愈系】
黑桃花 -
《食梦者》，在下认为很好看！讲述的是关于《周刊少年jump》等一些杂志社的漫画家以及编辑之间的故事，主角是两个少年，为了梦想而一步步努力画画的故事
床单格子 -
织田信奈的野望 日本 历史 搞笑 动作 军事 里面还有忍着 感觉挺好的 日和动漫都挺搞的 不知道算不算冷门
北境漫步 -
强力推荐《百鬼夜行抄》，虽然只有漫画和真人（真人的只有几部），不过故事蛮有深度的，要稍微思考才能看懂
康康map -
奇幻儿童，前面可能会觉得很晦涩无聊，大概在十二三话的时候神展开，一个跨越时空的悲剧
狼雨，顾名思义，这是狼的故事，同样也是悲剧
电脑线圈，想了半天不知道该怎么介绍……参看百科吧
cowboy bebop，菅野洋子与渡边信一郎的绝配组合，SF背景的牛仔片
下面几部电影，
押井守的，老人Z，探讨机器人与人类关系和机器人伦理的；人狼，平行世界线的故事，有点阴暗，制作无比精良；机动警察废弃物13号，百科吧，介绍无力……
大友克洋的，阿基拉，作为反乌托邦题材的SF代表，这部必须推荐；蒸汽男孩，蒸汽朋克和历史7年的制作是最大卖点，剧情么，水准线吧。
其它不说了，推荐几个监督，除了上面说的渡边信一郎、押井守和大友克洋，大地丙太郎，汤浅政明，今敏，吉浦康裕，共同特点是地产，但每一部的质量都不俗
寸头二姐 -
妖狐×仆SS : 登场角色既非人类、也非纯血妖怪，而是一些在祖先时期与人类交合的返祖类妖怪，也因为这个理由，返祖妖怪会被纯血妖怪鄙视厌恶、甚至杀害。而在这被俗称为“妖馆”的高级公寓里，是给返祖类妖怪租住的地方，而为了防备其他纯血妖怪的袭击，在这“妖馆”里租住的租客也必定有一位名叫SS(Secret Service)的护卫守护者，这些SS除了保护主人的安全外，也会像管家般管理着主人的起居生活。本作的女主角白鬼院凛凛蝶，是大财阀白鬼院的千金，但因为显赫的家世而自小就被同学欺负，虽然有大人会向她伸出援手，但她们都是因为白鬼院的家世才热心帮助，这无形中也伤害了凛凛蝶，让她了解到她的存在并不重要、微不足道。也因为这原因，凛凛蝶自小便养成了总是无意义地虚张声势、爱说反话，结果让事情变得越来越糟糕，最后又自我讨厌起来。凛凛蝶为了改变这种由家世决定的人生，而决定离开白鬼院，独自搬去“妖馆”居住，而在那里等待着她的专属SS御狐神双炽，却意外地是一只忠犬。就这样凛凛蝶与双炽的这对主仆，将会在“妖馆”里展开新的生活。
LuckySXyd -
金色的卡修
画风略略有点差，但是剧情很好，一开始属于搞笑向，到了后期很热血很感人。
内容和世界观设定也很棒，魔物和人类搭档，通过人类念书中的咒文让魔物进行战斗。
Chen -
零之使魔
刀剑神域
都是神作
一自萧关起战尘 -
= =
不白九百 -
黑猫~
奇石珠宝真君 -
那吸血鬼骑士呢？
meira -
lz 知道水星领航员么？【我只是想知道lz的番补到到哪年了