北营 -
结局如下：
柯南(新一)在最后的几集中，因为身份被黑暗组织识破，而遭到追杀，黑暗组织首领下令，柯南(新一)和灰原哀(Sherry)知道了组织的秘密，为了不要让情报传到警方手里，一定要杀了他们，柯南(新一)不敢回毛利家，怕托累他们，阿笠博士的家更不能回，黑暗组织早就派人监视着。
柯南(新一)和灰原哀(Sherry)躲在一间废屋里，这样躲着也不是办法，柯南(新一)决定一个人去与黑暗组织了断，灰原哀(Sherry)不同意，眼泪终于流了出来，抱着柯南，劝柯南(新一)不要去，但柯南(新一)却不听，用麻醉手表想让她睡着，不料却被她躲过了。
青山老师说，在柯南(新一)决意离开去找黑暗组织了断时，与灰原哀(Sherry)的对话很精彩!另一方面，警方早就秘密调查着黑暗组织的事，目前已经掌握足够的证据!小兰对柯南怀着疑问，偷偷地调查工藤家有没有姓江户川的远房亲戚，结果证实了她的想法，工藤家，只有住在东京的太保家和大板松田家是亲戚。
除此之外，还有几户远房亲戚的也都不姓江户川，小兰怀疑是阿笠博士弄了什麽药让新一变小了，于是决定去找阿笠博士，到他家门口却发现有几个穿黑色西装，戴太阳眼镜的可疑人在阿笠博士家附近排徊，便从后墙爬进去，一进屋发现屋里乱七八遭的，地上还摊着片血。
小兰知道博士家有地下室，便前去，在地下室里，发现受伤的阿笠博士....柯南(新一)服下哀刚刚研制的暂时性解药，变回了原样，这个解药的效果可以维持很长一段时间!是灰原哀(Sherry)熬了几天几夜研制的。直到第二天，阿笠博士醒过来了，同时新一也到达黑暗组织的巢穴。
博士得知自己也昏睡了一天了，怕新一出现什麽意外，要是落入他们(黑暗组织)手里，就别想活着走出来，在他无奈之际，在小兰苦苦逼问柯南的真实身份之际，博士为了新一，只有向小兰坦白，道出柯南就是新一的事实，并且要求小兰，秘密侦求警方的帮忙，并且通知毛利小五郎，一起去解救新一。
小兰在得知柯南就是新一之后，在知道新一并没有离开她，一直都在她身边之后，回想了很多，通知了她父亲毛利小五郎，随后与警方秘密取得联系。
新一见到了琴酒(GIN)，伏特加，贝尔摩多(沙龙)跟基安蒂、科恩，在此得知，除他们之外，还有另一神秘人物，他被琴酒(GIN)称"那位先生"，也是黑暗组织的策划者-三只犬。
新一逼问黑暗组织到底在研究些什么，组织有什麽阴谋，琴酒(GIN)透露，让工藤新一死个明白，黑暗组织的目的是完全控制东京，铲除警方跟他们的克星__FBI，新一与黑暗组织展开激战，随后基德也加入了，为了查明父亲惨死的真相，与新一一起大大出手。
其实，基德，也就是黑羽快斗，他父亲原本就是第一代怪盗基德-黑羽盗一，后来在一次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密组织所杀，快斗（基德）为了寻找那个组织，成为下一任怪盗基德，秘密调查那个杀害父亲的组织，那个组织，就是黑暗组织。
为报杀父之仇，化身基德，希望能够引诱黑暗组织出来，不停地作案，得知高中生工藤新一因为看到了某组织的秘密交易而被变成小孩，基德觉得不可思议，记得父亲的档案里也有提过，那个组织也在秘密研究些药物。
于是，开始与工藤新一接触，其实，那几次和工藤新一对决都不是偶然的，都是他刻意的，为的就是等待黑暗组织，工藤新一找出黑按组织，后来，新一与黑暗组织几次磨擦，基德终于见到了父亲档案中提到的黑暗组织人员-琴酒(GIN)，因而开始了他的复仇计划。
在最后一集中，基德被琴酒(GIN)打中右手，新一为救基德，最后被逼得走投无路了!琴酒(GIN)本来想结束他和基德的性命的，黑暗组织首脑，想出了一条计谋，利用新一他们做为引诱雪莉的诱耳。每一个结局都大大出乎意料。
黑暗组织的首脑，其实就是铃木财团，铃木史郎的秘书-西野真人，看起来斯斯文文的一个小伙子，没想到竟然是可怕的黑暗组织的首脑，新一怎么也没想到，这下子，不光是小兰，连铃木家都要受到牵连。
新一的父亲，工藤优作，在铃木财团的一次酒会中其实早就对西野真人表示怀疑，只是没有证据，于是开始调查，但结果青山老师没有透漏，据说，大大出乎意料，阿笠博士的真面目，毛利小五郎隐藏多年的级密档案....种种真相，都特别精彩。
另外，灰原哀（Sherry），在最后关头中，非常的勇敢，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得(沙龙)跟基安蒂、科恩，琴酒(GIN)与小兰一对一空手道对决，他也是个高手！结局大大出乎意料，也非常紧张的，西野真人果然利用铃木一家作为人质，就连警视厅最高领导人，地方委员都被囚禁起来。
扩展资料：
漫画《名侦探柯南》是连载于《周刊少年Sunday》的推理漫画，开始连载于1994年。漫画讲述了主人公江户川柯南以天生的推理能力对抗神秘组织，并与同伴一起解决无数案件的故事。作品亦改编为同名电视动画。
作品的创作契机是1992年在《周刊少年Magazine》开始连载的《金田一少年之事件簿》所引发的推理漫画热潮。该作品也是《周刊少年Sunday》为了对抗后者而诞生的。
青山刚昌在其前一部作品《城市风云儿》连载结束后，经过仅4周时间的作品构思，即开始创作《名侦探柯南》漫画。
为构思柯南的故事和形象，青山刚昌把阿瑟·柯南·道尔的《福尔摩斯探案全集》拿出来进行了反复研究。因为“名侦探柯南”这个名字会让人想到《未来少年柯南》，所以杂志主编说用“道尔”更好。
但是青山觉得“柯南”比“道尔”的语感更好，所以坚持使用“名侦探柯南”这个名字。不过在连载前，发表预告时主编还将漫画名字错写成了“侦探少年柯南”。
参考资料：百度百科-名侦探柯南
芝华塔尼欧的少年
-
《名侦探柯南》作为一部连续更了N年的超长动漫，个人希望最完美的大结局就是柯南能够重新变回大人的模样，并且与少年侦探队一起攻破黑衣人组织，阿笠博士与灰原哀也能够与柯南站在一起，不过最最重要的还是变回身体的柯南与毛利兰重新在一起并且结婚，这就是最完美的大结局。
不过以上显然是不太可能发生的剧情，那么我们就来猜测一下可能发生的几种大结局吧：
第一种，灰原哀在最后的几集中被黑衣人组织使用极其隐秘的方式枪杀，在临死之前与柯南说了一段非常动人的话，然后就这样退出了这段本不属于她的感情，可以说到死都没有恢复身体的她命运还是不公的。而幕后的大BOSS，也就是黑衣人的真正首脑，便是一直隐藏在柯南身边的阿笠博士，不过柯南还是击败了阿笠博士并且成功以工藤新一的身份回到了毛利兰的身边，这样子的结局也是大众所推测和希望的美好结局。
第二种，黑衣人的真正首脑是一位全新的角色，手段非常强大，大家一直怀疑的阿笠博士其实是正义的博士，灰原哀也并没有死，她与柯南、少年侦探队以及阿笠博士联手作战，共同捣毁了神秘的黑衣人组织。毛利兰在最后知道了有关于柯南的一切，而阿笠博士也终于制造出了解药帮助柯南和灰原哀恢复身体。最后的最后，灰原哀与毛利兰共同争夺柯南。
第三种，超级小学生柯南联手灰原哀以及阿笠博士共同消灭黑衣人组织，但是由于药物只有一种，在最后的时刻，灰原哀因为对柯南的爱意而将仅有的药送给了柯南，并且说了一句：“再也不要相见”，就这样子头也不回地离开了柯南。长大后的柯南再次回到了毛利兰的身边。故事虽然不太美好，但是灰原哀与毛利兰之间，柯南总要做一个选择。
那么以上就是小编的几种猜测，当然了，在大结局还没有出来之前，谁都不知道最后会发生什么样的事情。
血莲丿红尘 -
还没出来呢...不过漫画比动漫出的要快点！你可以先看着漫画...！
这是网上流传的的结局：结局还没有,不过有透漏了.第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
组织头目是阿笠博士
那是真的，就是一直在他们后面的人，[下面]你们想，为什么柯南每次遇到黑衣人的时候博士给他的工具就没用了呢？为什么柯南遇到危险时博士第一个知道呢？为什么小兰或XXX......遇到危险时，有人事先知道呢？不就是博士通风报信么
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
两种可能结局：
《名侦探柯南》结局:498话（2小时半特辑）内容完全披露
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
柯南大结局＿第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
实在忍不住了,告诉你们黑衣人的主谋是谁吧.
其实早就已经有太多提示了,你们竟然视而不见.你们都被坏人的伪装欺骗了.
其实黑衣人的真正首脑,就是一直隐藏在柯南他们身边的---------------------阿立博士.DOC,LEE
不明白了吧,其实我一直以为是毛利叔叔的(虽然我很崇拜他)但是那天和柯南赌气,细心分析后我突然发现,原来真正的凶手竟然是憨厚的阿里博士,
可能有人早有怀疑,为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦?
为什么新一的父母不关心儿子的情况
为什么工滕优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落?
为什么阿立的发明很强但是不卖.且从来不工作也不缺钱花?
为什么他想要什么资料都能够找到?
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用?
为什么只要柯南他们和阿立出去野营就会遇到危险?
包括灰原哀（以下简称哀）的出现都很可疑,记得吗当时只说哀晕倒在阿笠家门口!
其实事情是这样的,优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织.以小说家的身份为掩护,秘密调查,发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑啊立家隔壁住,并且从小培养新一开车打枪,和推理能力,并派新一和阿立混熟想借此侦察一些情报,于是新一在不知情的情况下被利用了,当阿立开始怀疑公滕父子的时候,想出一条毒计,他派琴久和沃克跟踪出去约会的小兰和新一,大家都看过第一集,其实交易是幌子,真正的目的是跟踪,要不然难道琴久他们是因为喜欢才去坐过山车的吗?在吸引新一注意以后,他们假装交易,阿立扮演的就是那个交易的商人,一切不露痕迹于是新一也就被他们变成了柯南.
于是阿立顺理成章的成为了新一的同伴与监护人.并且柯难实际上成为了阿立手中的人质,当时新一的父母第一次出现的那集,实际是和阿立谈判的,最终的结果是阿立用柯南要挟他们两个人流放到瑞士.
而优作因为不能和新一说明真相,从而让新一感觉受骗,受到伤害,只能同意阿立的要求,不再回到日本,所以你们看优作只有在103集的时候回过日本,还是变装的,就为了不能让阿立发现.
明白了吧，为什么阿立认识\"哀的父母?
其实APTX-4689就是阿立和哀的父母联合开发的,而成功以后哀的父母意外身亡.
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用.但是突然一天,优作和有席子（柯南的妈妈）突然潜回日本,和柯南(103```104集)秘密接触,让他感觉受到了威胁,于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边,那就是哀
哀其实是APTX4689的第一个实验品,本来药的目的是永保青春,没想到竟然适得其反产生副作用,造成了身体变小,而柯南事件发生以后,哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选,为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下.根本没必要监视
其实警界奇才特别行动人员.毛利小五郎也是因为追查阿立才从警界退出的,当时枪击非英里事件只是借口,所以后来目暮说毛利总把他们引向歧途,.其实毛利才掌握了案件的真相,只不过目暮不理解罢了!
毛利和优作两个年富力强的超人侦探一直和阿立和黑衣组织周旋,可怜新一和服部这几个小毛孩子什么都不知道,还以为自己是什么明星侦探,真的很可笑
青山 刚昌（柯南的作者）已经给大家提示了,不过因为太为晦涩所以没几个人看出来.其实阿笠这两个字,如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写是拉丁文里面的,莫里亚蒂（了解福尔摩斯一书的人都应该知道是谁）.所以阿立博士其实应该叫莫里亚蒂教授
结局的说法有很多种，我是比较倾向于阿立博士是黑衣组织的最大头目啦，而且小五郎才是最聪明的这种说法。。。
Mugen-Hive -
流传的《名侦探柯南》大结局十五种
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶（一个男孩），取名为工藤柯南……
（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶（一个女孩），取名为工藤志保……
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶（一个女孩），取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
（十三）知道恢复无望的柯南心灰意冷，在这时却得到了哀的安慰。在哀的默默鼓励下，柯南终于恢复了信心，继续向未知挑战，而两人的感情也就此产生了……
（十四）柯南终于击败了神秘组织，但最终一战中，头部却受到了重伤，并且丧失了全部记忆。由哀处得知事情真相的小兰，却没理由逼迫一个小学生去思索过去的事情。于是，柯南做为一个小学生侦探，与他的伙伴们一起成长着……
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死party，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国go-vern-ment也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织 的 >yrL5]iCW
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 _ :yB(d 5
其活动，黑暗组织决定报复。 0 6wNV
cv}8 2^_
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 20W@ <xy
藤新一独自前往营救的暗示。 5}x-i0^z>
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生 4HYzj]Iu
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解 Ql[dp?/
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到 解 e4bW`;
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。 ?`,pU=d[
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看 Ml13CF?
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡 梦 , &suQF
中突发灵感而揭开谜题。 :R qjF
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道 &FR %
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云 云。 X;vrR]V
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出科南是新一的秘密，交给科南一份血书，要 求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要科南留遗言。科南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同 En@ 从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀科南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打 ,
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议科南变回新一来唤醒兰，科南
只好如此。而科南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
科南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和科南的照片垂泪。。。。。。
另一种：（一）
柯南和灰原哀再次躲过了黑衣组织的追杀，两人在阿笠博士家回想着这些天以来的事情。灰原提出，每次黑衣组织都有机会将他们两个人灭口，可是为什么一次次地让他们想尽种种办法逃掉？柯南已经隐隐的感觉到，整个黑衣组织的幕后黑手已经现身，也许就藏在他们的周围。而就在这时，一起持枪抢劫的案件发生在了米花街，而被劫持的正是毛利兰和他的父亲——昏迷不醒的小五郎。
柯南大惊失色，而目暮警官的手下佐藤和高木也来到了阿笠博士的家中。通过现场传达的消息，绑匪的目的不是钱，更不是什么珠宝，而是让柯南和灰原哀前去交换人质，否则毛利父女的性命不保。
人命关天，柯南和灰原带上了博士新发明的道具，前去交换人质。毛利父女安然无恙，小五郎只是被乙醚弄晕了而已。只是柯南和灰原却与绑匪们不知了去向。
一条秘密的通道里，四个人——两个绑匪和柯南、灰原哀穿梭在其中。一道大门打开，光线照射进了柯南的眼中，他惊奇的发现，此处不是别的什么地方，而正是柯南——工藤新一的家。
第一个绑匪解下了面具，是波本——茱蒂老师一再警告柯南的又一个黑衣组织的成员，而另外一个绑匪也解开了面具，居然是工藤新一的母亲——有希子！
（二）
有希子从柯南和灰原的身上拿掉了博士给予他们的道具，阿笠博士和佐藤、高木、目暮警官等人顿时没有了信号而倍感焦急。波本掏出了毛巾，擦掉了脸上的一层皮。工藤新一的父亲——工藤优作帅气的面容展现在了柯南的眼前。
柯南不敢相信眼前的一切，灰原哀更是目瞪口呆。柯南问他的父亲是不是黑衣组织真正的首领，优作默认，而且说明自己化名为“波本”来到了这里，目的就是为了制定这一次的抢劫事件。柯南并不理解这一切到底是怎么回事。有希子拿出了APTX4869的解药，柯南和灰原哀服下后，重新恢复成为了宫野志保和工藤新一的身材和面容。
优作承认自己的所作所为吓到了柯南，但同时他也向柯南说明了自己这样做的目的：其实在17年前，工藤新一还未出生时，有希子的隐退一直是困扰着他的一个谜团，后来根据有希子的情报，她在一次宴会上偷听到说，美国企图运用一切能够达到的方式来控制整个世界，在亚洲首先就是要征服日本，但是这个目标非常的漫长，又非常的棘手。心直口快的有希子在没有惊动别人的情况下告知了优作，优作凭借着种种便利向日本天皇和首相报告了这一信息。首相据此秘密地下了一道命令，为了抵御美国的侵略，要优作和另外几个人一起帮助首相实行一项计划，这个秘密仅仅只有几个人知道：首相本人、工藤优作，另外的两个人是黑羽盗一和目暮十三。
问题补充：（三）
根据协定，首相负责最隐秘的部分，盗一通过自己的神通广大来窃取一切可以的情报，目暮十三进入警局（他已经是警察，所以很方便），工藤优作则通过自己小说家的身份来行动。四方商定，如果有一方事情败露，则必须消失。而黑羽盗一在一次行动中不慎暴露了身份，被迫自杀，而留下了年幼的儿子黑羽快斗。但快斗一直不知道父亲真实的身份，所以并不知情。
这样，经过十多年的时间，美国方面迟迟没有动静，日本本土看似平静，实则隐藏着危机。工藤优作所发展的黑衣组织也已经基本成形。在他的努力下，有几个人决定终身跟随优作，他们就是琴酒、伏特加、贝尔莫特、宫野明美等人。可是在一个晚上，当优作的黑衣组织在进行定时定点联络交易的时候，却被工藤新一逮了个正着。万般无奈之下，琴酒遵循优作的命令，将组织开发出来的毒药APTX4869给新一服下。优作痛心疾首却也无可奈何，所以为了避免组织出大乱子，便派出智商最高的琴酒和力量最大的伏特加予以跟踪新一。
康康map -
名侦探柯南的十二种结局
（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶——一个男孩，取名为工藤柯南……
（二）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀在与黑暗组织的决战中为掩护新一不幸被琴酒枪杀。新一与小兰共结连理，后来两人有了爱情的结晶——一个女孩，取名为工藤志保……
（三）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但毛利小五郎在与黑暗组织的决战中壮烈牺牲。新一继承了毛利侦探事务所，与小兰共结连理并改名为毛利新一，后来与小兰有了爱情的结晶——一个女孩，取名为毛利洋子……
（四）小兰知道了柯南的真实身份后恼羞成怒，用空手道修理柯南，结果用力过猛酿成无法挽回的悲剧……
（五）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但在新一向小兰告白前夕，小兰遭遇车祸……
（六）在与黑暗组织的决战中，小兰不幸……，志保和新一远走高飞……
（七）全体被黑暗组织抓住后乱枪扫射……
（八）全体被黑暗组织抓住后捆住手脚丢到海里喂鲨鱼……
（九）柯南在与黑暗组织的决战中和琴酒同归于尽……
（十）打败黑暗组织后，柯南没能变回来，向小兰表白身份后，两人移居美国治疗柯南的侏儒症……
（十一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，但小哀因嫉妒用APTX4869给小兰投毒，并毁掉了解药逃走，新一只好服下最后一颗APTX4869，又变回了柯南……
（十二）柯南终于打败黑暗组织，但却无法再恢复成工藤新一，向小兰说明一切后，两人洒泪分手……几天之后柯南的班上转来一个很可爱的小女孩，柯南看到她时一下子惊呆了（你知道是谁了吧）。女孩微笑着对柯南说：“我会永远和你在一起，你再也赖不掉了！”若干年之后在夏威夷的海滩上出现了一对年轻的情侣……
寸头二姐 -
青山刚昌透露：名侦探柯南大结局！
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以"
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授--福尔摩斯里的罪恶的教授。
一自萧关起战尘 -
青山刚昌：“总之，在故事的最后，柯南是一定能够变回工藤新一的。另外，我打算将结局分成10小话来叙述，在那最后的10话里面差不多是所有的角色都会登场。FBI以及柯南与组织的对决是一定有的，但有点比较特别的是，最后与柯南对决的并不是组织头目而是GIN，因为到最后组织内部起了内讧，在组织头目被捕以后，又被GIN暗杀了。至于柯南这边，也一定会有一个重要角色会牺牲——这可能会让一部分观众很伤心，但是在后续的漫画中，我会尽量多让他出场的。再就是……关于柯南里面的几对青梅竹马。其实在最开始画“柯南”的时候，原本是打算让他们全部都能终成眷属——可能是因为当时大家的思想都还比较保守吧。不过后来觉得，如果真的每一对都能终成眷属那就太没悬念了，所以最终他们的结局是各不相同的——至少牺牲掉的那一个，他们那对是不可能的。（笑）
结局就是这样了！
西柚不是西游 -
也有可能是不完美的结局，柯南没有变大，只能与小哀和孩子们继续上学，但还是爱着小兰，小兰也继续在等着新一，小哀也默默陪伴着小柯，然后就结束了。至于一定会死个人，我认为如果不是他们仨的话，小五郎的可能性会比较大，不过这只是猜测，还是要等青山老师揭晓答案。
奇石珠宝真君 -
这是我编的
阿笠博士带着少年侦探团来到了中国，发生了命案，柯南借着阿笠博士解决了这场杀人案，中国的刑警认为柯南和灰原不是一般小孩，于是经过研究，知道了灰原制作A药的事情，于是给了灰原研究室，制造出了没有副作用的A药的解药，灰原和柯南吃了之后，变成了宫野志保和工藤新一，最后通过人才引进宫野志保加入了中国籍，并成为了一名科学家，而工藤新一也因为高超的足球技术，加入了国家队，并带领国家队踢进了世界杯。
然而琴酒和伏特加却知道的这件事，来到了中国，却因为保时捷365a开不上道，被中国交警拦住，最后中国警方通过调查发现琴酒和伏特加来自于一个国际恐怖组织，最后社会主义的铁拳消灭了酒厂
u投在线 -
链接：https://pan.baidu.com/s/1Fv40M20w2Wp0OyaI7aIKWA
提取码：o54d
《名侦探柯南》作为一部连续更了N年的超长动漫，个人希望最完美的大结局就是柯南能够重新变回大人的模样，并且与少年侦探队一起攻破黑衣人组织，阿笠博士与灰原哀也能够与柯南站在一起，不过最最重要的还是变回身体的柯南与毛利兰重新在一起并且结婚，这就是最完美的大结局。
臭打游戏的长毛
-
急啥急呀，动画还没播完，青山才32岁呢！要播到2019年，你急啥？不过好像是柯南跟灰原结婚了，小兰挂了。
bikbok -
《名侦探柯南》作为一部连续更了N年的超长动漫，个人希望最完美的大结局就是柯南能够重新变回大人的模样，并且与少年侦探队一起攻破黑衣人组织，阿笠博士与灰原哀也能够与柯南站在一起，不过最最重要的还是变回身体的柯南与毛利兰重新在一起并且结婚，这就是最完美的大结局。
莫妮卡住了 -
目前大结局都是假的，但是新兰永恒，73绝对让新兰在一起