因为他镇压太平军。1854年（咸丰四年）2月，湘军倾巢出动，曾国藩发表了《讨粤匪檄》。在这篇檄文里，曾国藩立像他声称太平天国运动是“荼毒生灵”，“举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂独我大清之奇变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子之所痛哭于九泉”，接着号召“凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也”，其站在了道德的制高点，故动员了当时广大的知识分子参与到对太平军的斗争当中，为日后的胜利打下了坚实的基础。曾国藩命褚汝航为水师总统、塔齐布为陆军先锋，统率17000人，挥师北上。5月，在靖港水战中被太平军石祥贞部击败，投水自尽，被部下所救。七月二十五日，重整水陆各军后，出师攻陷岳州。10月14日取武昌。咸丰帝大喜过望，令曾国藩署理湖北巡抚。然而，大学士祁隽藻进言，称“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳，匹夫居闾里，一呼，蹶起从之者万余人，恐非国家福也。”咸丰帝收回成命，仅赏曾国藩兵部侍郎头衔。12月2日，曾国藩攻陷田家镇。1855年（咸丰五年）2月12日夜，石达开总攻湘军水营，烧毁湘军战船100余艘。曾国藩座船被俘，“文卷册牍俱失”。曾国藩愤怒至极，打算策马赴敌以死，罗泽南、刘蓉力劝乃止。 1856年（咸丰六年），曾国藩坐困南昌。9月2日，洪秀全与杨秀清内讧，史称天京事变，南昌解围。10月，曾国藩在长募勇组建吉字营入援江西。1857年（咸丰七年）2月20日，其父去世，曾国藩偕弟曾国华回籍奔丧。7月，两次上疏，请求在家终制，获咸丰帝准许。在当年建“思云馆”。1858年（咸丰八年）5月19日，李续宾、杨岳斌率水陆两军攻陷九江。7月13日，曾国藩接咸丰谕出办浙江军务，于8月15日抵达南昌，与胡林翼会商进兵、筹饷之策。11月15日，李续宾、曾国华在三河之役战死。12月，曾国藩作《爱民歌》以训湘军。1859年（咸丰九年）11月，曾国藩拟四路进兵之策，攻取安庆。
