皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄阀胆脆感诒啡错拾氮浆父甄远道之间的关系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。册封礼前，甄嬛发现礼服不妥，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。 皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，命温实初速救甄嬛和流朱；流朱终因伤势过重死去。 甄嬛醒来后意外发现自己怀孕，为保腹中胎儿平安，请求皇后照顾自己身孕，承担一切后果。皇后不愿答应，太后告诫她不可一错再错，更不许她拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。甄嬛得知流朱为救自己而死，悲痛万分。温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量不易察觉的麝香，这才是导致她当年小产的根本缘由。甄嬛始知陵容恶毒。眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往；她嘱咐温实初要替自己照顾好甄嬛。 大臣瓜尔佳鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。 陵容受皇后旨意，派新来的太监小贵子故意将甄父被大臣鄂敏告发革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。事成之后，陵容暗地里派人把小贵子毒死已绝后患。甄父在狱中被人投毒，生命垂危。 甄嬛带孕求见皇帝，皇帝态度冷淡；甄嬛此刻真正知道原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。第46集 甄嬛痛苦中早产下一女，取名胧月，皇帝获知兴奋不已。甄嬛内心对皇帝绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。甄嬛毅然离宫，眉庄、温实初为其送行。 果郡王允礼奉皇帝旨意出巡滇藏，与甄嬛相约回来后两人以假死药出逃。眉庄暗地探访甄嬛，告诉甄嬛其父在外一直被果郡王派人暗中保护着；但果郡王刚赴滇藏，甄父便传来病危的消息。第53集甄嬛明白此举应为瓜尔佳氏所为，恨自己不能出力，眉庄劝甄嬛自保为先。 果郡王逾期未归，甄嬛发现自己有了身孕，欣喜之际却从温实初口中得知允礼已惨死他乡的噩耗。甄嬛有孕，求死不得，为保住腹中允礼的孩子，为复仇雪恨，甄嬛决意设计回宫。 槿汐为促成甄嬛回宫，甘愿自我牺牲，入宫找到皇帝身边大太监苏培盛，作其“对食”妻子；苏培盛深受感动，答应助甄嬛一臂之力。 苏培盛以为太后祈福为由，请皇帝入甘露寺进香，皇帝欣然前往。甄嬛费尽心机获得皇帝的注目，加之皇帝本就对其余情未了，两人迅速复合，甄嬛在寺中侍寝。第54集皇帝回宫后，隐瞒与甄嬛私会的消息。不久，甄嬛称自己怀孕；苏培盛请来温实初亲自为其把脉，温实初明白甄嬛回宫复仇的用意，知道相劝也是无果，只能鼎力相助。皇帝得知甄嬛怀孕，意欲接甄嬛回宫。皇后听到甄嬛有孕的消息感到震惊，悔恨自己一时大意，让甄嬛钻了空子。 甄嬛去探望允礼生母舒太妃，告知自己怀了允礼骨肉，设计回宫是为了给允礼报仇......。 为防止甄嬛回宫，皇后亲手策划了一系列好戏给别人看：先是进香香柱断裂不止，然后自己佯装失足落水，另一边安插他人候机在太后寿康宫里点火，闹得宫里是非不断。陵容候机在皇帝旁边煽风点火，并请来钦天监正使，以天象不详之名暗示甄嬛怀孕有不祥之兆，皇帝决定暂缓甄嬛回宫一事。 四阿哥弘历汤中被人下了毒，嬷嬷误食后惨死，恰巧让眉庄碰上，把弘历带到太后跟前。
