sirnanc怎么设计-如何设计有效的siRNA

理解为产生phasiRNA的PHAS位点与编码蛋白的基因区有重叠可能更准确。 侵删 u2003u2003小RNA是一类普遍存在的，多功能的抑制物，包括（1）microRNA（miRNA），由mRNA形成的茎环结构加工而成; （2）小干扰RNA（siRNA），在植物中通常由需要依赖RNA的 RNA聚合酶的过程衍生。我们构建并分析了大豆小RNA的表达图谱，鉴定了超过500个产生21个核苷酸的phased siRNAs（phasiRNA;来自PHAS位点）的位点，其中483个与注释的蛋白质编码基因有重叠。 通过整合miRNA与RNA end（PARE）数据的分析，检测到127个PHAS位点上的20个miRNA靶标 。 PHAS位点的主要类别（208，占41％）与NB-LRR基因相对应；这些小RNA中的一部分优先在根瘤中积累。在PHAS位点中，还观察到TAS3的新代表和非经典相位模式。由miR4392触发的非编码PHAS位点优先在花药中积累；预测phasiRNA靶向转座因子，在大豆生殖发育中具有峰值丰度。因此，phasiRNA在双子叶植物中显示出巨大的多样性。我们鉴定了新的miRNA并评估了miRBase中记录的大豆miRNA的准确性，显着改善了大豆miRNA注释，促进了miRBase注释的改进并鉴定了高严谨性的新miRNA及其靶标。 文章做了些什么： u2003u2003 小非编码RNA在发育，细胞分化，适应生物和非生物胁迫以及基因组稳定性方面具有重要作用。 小RNA的主要活性是通过靶标降解，翻译抑制或通过指导染色质修饰来对特定mRNA或基因表达模式进行负调控。迄今已鉴定出几种不同类型的小RNA。在植物中，研究最多的小RNA是microRNA（miRNA）和小干扰RNA（siRNA）;这些是由不同的前体和不同的途径产生的。 通常长度为21至22个核苷酸的miRNA 衍生自通过RNA聚合酶II从MIRNA基因转录的长非编码RNA前体。miRNA前体形成由DICER-LIKE1（DCL1）或其他DCL酶（极少数）加工的茎环结构，产生3"具有两个核苷酸突出的单个小RNA双链体（miRNA / miRNA *）。小RNA双链体的一条链是成熟miRNA，被称为引导链，它会结合到Argonaute（AGO）蛋白上以形成效应复合物（所谓的用于RNA诱导的沉默复合物——RISC），其指导miRNA靶标降解或翻译抑制。双链体的另一条链，即miRNA *或passenger strand，迅速降解，通常不会积累。 siRNA通常来自完全互补的长双链RNA（dsRNA）前体，这些前体一般由RNA依赖性的RNA聚合酶（RDR）形成，也可能由退火了的正义/反义转录物形成。已经在植物中定义了几类siRNA，主要类别是异染色质siRNA，它在胞嘧啶甲基化和抑制性组蛋白修饰的建立和维持中起关键作用。 siRNA还能够作为移动信号起作用，通过siRNA的运动使沉默效应从细胞扩散到其它细胞或更长距离。 u2003u2003科学家已经鉴定了一类相当有趣的siRNA，它们是长双链RNA前体以21个核苷酸为增量来逐步裂解的产物，产生定相的或完全间隔排列的小RNA。这些siRNA，即所谓的相位排列siRNA（phasiRNA），由特定的引导miRNA切割而产生，遵循单击或双击模式，分别对应一个22nt或两个21nt的miRNA的靶位点。切割的未加帽的mRNA产物用作RDR6的底物，产生dsRNA前体，然后被DCL4切割以产生21-核苷酸的定相siRNA。 一些定相siRNA已经显示在靶基因的反式调节中起作用;因此，这类siRNA最初被称为tasiRNA，但是更多的基因位点产生具有未知反式作用的相同相位模式（PHAS基因座）的siRNA，因此一般用“phasiRNA”进行描述。 tasiRNA通过对互补靶位点进行切割来调节mRNA，这如同许多植物miRNA一样。 最着名的tasiRNA是由TRANS-ACTING SIRNA GENE3（TAS3）产生的反式小干扰RNA-生长素响应因子（tasiARF）的集合。tasiARF在抑制生长素响应因子基因（ARF2，ARF3 / ETTIN和ARF4）中起作用 。已经在许多植物物种中鉴定出许多phasiRNA，包括拟南芥，水稻（Oryza sativa）和葡萄（Vitis vinifera）。已知PHAS基因座的数量在物种之间差异很大，从野生稻（Oryza rufipogon）中的800多个到拟南芥中的不到30个。在豆科植物中，分别在Medicago truncatula和大豆（Glycine max）中鉴定出114和41个PHAS基因座。 u2003u2003大豆在经济上是世界上最重要的豆类，它是蛋白质和食用油的主要来源之一。大豆的基因组序列现在可公开获得。基因组序列与下一代测序技术产生的数据一起，使得能够在全基因组范围内鉴定和定量小RNA。迄今为止，已在大豆中鉴定出数百种miRNA。然而，许多新注释的miRNA及其靶标尚未得到很好的验证，甚至注释的miRNA也经常在更强大的实验数据后进行校正。PHAS基因座比miRNA的注释更差。与Medicago truncatula相比，在大豆中鉴定出的PHAS位点要少得多。凭借广泛的小RNA数据和更高的测序深度，可以发现更多的PHAS。在这项研究中，我们分析了从不同组织中创建的大量小RNA文库，以构建小RNA的表达图谱并全面鉴定大豆中的PHAS基因座。 我们证明大豆中的许多蛋白质编码基因是PHAS基因座。 除了先前被鉴定为豆科植物PHAS基因座的NB-LRR之外，我们发现了数百种其他产生phasiRNA的蛋白质编码基因。 我们整合了RNA末端（PARE）数据的并行分析，以确定这些PHAS基因座的miRNA触发因子。 从这些数据中，我们验证了在miRBase（版本20）中记录的大豆miRNA并且鉴定了新的miRNA，证明了许多先前报道的miRNA具有siRNA的特征。基于表达分析，我们证明了phasiRNA以及已知和新发现的miRNA在不同组织和不同处理下的特异性表达。 总结 重点是流程图和过滤条件 探究了不同组织（或组织组合）中的miRNA富集差异。 图1.新的和组织优先miRNA的表达谱。 （A）在该研究中鉴定的新miRNA包括许多在特定组织或器官中差异富集的miRNA。 （B）对先前描述的大豆miRNA的分析还揭示了花，叶和根瘤中一系列的组织bias。 图2.编码蛋白质的PHAS基因。 比起其他研究过的植物基因组，大豆基因组含有更多的编码蛋白质的产生phasiRNA的基因座。 （A）编码PHAS基因座的类别和数量。 （B）NB-LRR家族中PHAS基因的表达谱和层次聚类。 （C）大豆基因组中phasi-NB-LRR基因的分布和聚类。 图3.大豆TAS3 TasiRNA的触发物和加工机制。 （A）来自大豆基因组中存在的六个TAS3基因座中的tasiRNA的总和在花，叶，根瘤和种子组织中的富集模式。 TAS3a和TAS3b是相同的，因此不能单独测量。 （B）源自TAS3a / b / c / d / e / f的TasiARF。所有TAS3 598D（+）和597D（+）siRNA的验证目标均在生长素响应因子（ARF）家族中，与其相对良好的保守序列一致（数据未显示）。 （C）在大豆TAS3基因座处存在两个或三个miR390靶位点，并且相对于这些靶位点的定相方向表明在TAS3e和TAS3f处由21个核苷酸的miRNA触发的siRNA的非典型加工方向。 图4.由TasiARF触发的ARF3 PHAS-Locus。 （A）大豆TAS3衍生的tasiARF在两个相同的位点靶向ARF3，通过PARE验证切割的59位点（下图）和未观察到切割的39位点。这种双击的tasiARF活性产生了定相siRNA（中图）。 y轴是phasing “score”，其是定相显著性的估计P值（ 参见方法 ）。 较低的两个图像是我们的Web浏览器，显示小RNA（中间）或PARE数据（下部），橙色虚线表示tasiARF切割位点。有色斑点是在y轴上显示丰度的小RNA ；浅蓝色斑点表示21个核苷酸的sRNA，绿色表示22个核苷酸的sRNA，橙色表示24个核苷酸的sRNA，其他颜色对应其他sRNA大小。红色框是带注释的外显子（粉红色是非翻译区域）。紫色线表示重复区的k-mer频数。 （B）来自图A的数据表明two-hit的phasiRNA生物发生的级联反应，其中21个核苷酸（nt）miR390触发21个核苷酸的tasiARF生物发生，并且通过two-hit机制，tasiARF触发来自ARF3和ARF4的额外二级siRNA的生成（参见补充图7在线）。 ARF siRNA可以顺式或反式起作用。 图5.源自Arogenate脱氢酶基因座的花药中高度富集的PhasiRNA。 （A）涉及雄激素脱氢酶的生化途径。 （B）来自雄激素脱氢酶相关基因座的phasiRNA产生的示意过程。在左侧，将形成发夹的基因片段加工成phasiRNA。 （C）来自不同组织中的两种arogenate dehydrogenase PHAS基因的miRNA触发物和phasiRNA的reads丰度水平（红色条）和基因表达水平（绿色条），其被标准化为RP5M和RP25M。 如何确定有没有匹配到tRNA，rRNA，snRNA和snoRNA？ 降解组测序： http://www.ebiotrade.com/custom/LC_BIO/100427/index.htm

我相信不少的人都听到了这样的一个消息，那就是在法国首次发现了番茄褐色皱纹果病毒，这引发了不少科学爱好者的热议，确时在这种病毒出现之后，我们就需要进行控制才行，因为它对种植的番茄影响很大，一旦这些种子被感染之后，它们都将会被清除掉，幸运的是，这次在法国发现的”番茄病毒“还好，根据科学报告指出，这已知病毒对人类无害，所以只需要将感染病毒的番茄清楚即可。而在这个问题出现之后，我们看到《植物学报》新发布了一个报告，是一个非常好的消息，那就是科学家创造出抗病毒的番茄植物，什么情况？这真的是太巧合了吧。当然科学报告没有明确的说明两者是否具有联系，是不是因为这次番茄病毒的出现，科学家们才来进行这方面的研究，但是说明一个问题，那就是针对的病毒不一样，那么我们来看看这个抗病毒的番茄植物又是什么样子，这是来自瓦伦西亚理工大学（UPV）和西班牙国家研究委员会（CSIC）的研究人员共同探究出来的结果。本次针对的病毒式”斑萎病毒（TSWV）“，也算似番茄之中的一种，科学家们是使用调节基因来进行研究的，这确时能够在农作物的种植上具有一定的帮助。根据IBMCP的研究人员Alberto Carbonell表示，这里面最为成功的改变是基于RNAi的抗病毒技术的研究，通过对RNAi进行处理，诱导旨在抑制植物中大多数病毒RNA复制的小型人工RNA来进行连接表达。在这项研究中，研究者们进行了两种类型的小型人工RNA实验，即人工microRNA或amiRNA，以及合成的反式作用小干扰RNA或syn-tasiRNA，然后进行了不同靶标的位置对比。通过IBMCP研究人员实验结果表明，单个抗病毒amiRNA的植物更容易受到TSWV的侵害，因为该病毒很容易在amiRNA的靶标位置积累突变，从而使其能够逃避其作用并继续感染，所以者就是确定出了它的一个无效的。而在另一方面，大多数同时表达四个抗病毒syn-tasiRNA的植物对TSWV却完全出现了耐药性，这可能是由于每个syn-tasiRNA的共同作用所致，不具有抵抗的作用。所以通过这个结果，就可以来进行基因的改变，做出能够生产出对TSWV具有抗性的番茄植物，并证明了该策略的使用和适用性”基于syn-tasiRNA产生抗病毒感染的农作物。所以，这就是科学们研究出来的一种抗病毒番茄植物，当然虽然研究的不适法国发现的番茄褐色皱纹果病毒抗体植物，但是未来也可能会进行针对性的研究，毕竟对于植物来说，并不是所有的植物都能够抵抗现有的病毒侵染，只能在已知的情况之下来进行新的研究才行。番茄作为人类的食物，确时在如今也非常的重要，并且在很多粮食紧缺的地区，减少病毒对番茄的侵染能够让很多的人得到一份“解决温饱”的美食。这就是大概的情况。当然如今不少的人听到关于病毒的消息都很心累，但是这个研究是解决病毒的问题，所以是值得高兴的，这样算似人类未粮食作物能够稳定的成长起来做出的一份贡献吧。

siRNA指的是小干扰RNA。小干扰RNA有时称为短干扰RNA或沉默RN，是一个长20到25个核苷酸的双股RNA，在生物学上有许多不同的用途。已知siRNA主要参与RNA干扰现象，以带有专一性的方式调节基因的表达。此外，也参与一些与RNAi相关的反应途径。扩展资料：siRNA具有明确定义的结构，具有磷酸化5"末端的短双链RNA和具有两个突出核苷酸的羟基化3"末端。该切酶酶催化生产的siRNA由长的dsRNA和小发夹RNA。由于原则上任何基因都可以被具有互补序列的合成siRNA敲低，因此siRNA是在后基因组时代验证基因功能和药物靶向的重要工具。参考资料来源：百度百科—siRNA

siRNA没有分类，siRNA就是一个小的分类。小干扰RNA（siRNA），有时称为短干扰RNA或沉默RNA，是一类双链RNA分子，长度为20-25个碱基对，类似于miRNA，并且在RNA干扰（RNAi）途径内操作。它干扰了表达与互补的核苷酸序列的特定基因的转录后降解的mRNA，从而防止翻译。siRNA由双链RNA (double strand RNA， dsRNA) 在细胞内被RNase III (如Dicer) 切割成21～25bp大小的双链RNA。dsRNA可以是外源的， 如病毒RNA复制中间体或人工导入的dsRNA;也可以是内源的， 如细胞中单链RNA在RNA依赖的RNA聚合酶的作用下形成的dsRNA 。转录后基因沉默siRNA诱导的转录后基因沉默始于RNA诱导的沉默复合物（RISC）的组装。该复合物通过切割编码靶基因的mRNA分子来沉默某些基因表达。为了开始该过程，两条siRNA链中的一条（引导链）将被装载到RISC中，而另一条链即过客链被降解。某些Dicer酶可能负责将引导链加载到RISC中。然后，siRNA扫描并指导RISC到mRNA分子上完全互补的序列。认为mRNA分子的切割由RISC的Argonaute蛋白的Piwi结构域催化。然后通过切割与siRNA残基10和11配对的靶核苷酸之间的磷酸二酯键精确切割mRNA分子，从5"端开始计数。这种切割导致mRNA片段被细胞核酸外切酶进一步降解。5"片段通过外来体从其3"末端降解，而3"片段从其5"末端通过5"-3"外切核糖核酸酶1（XRN1）降解。切割后靶mRNA链与RISC的解离允许更多的mRNA被沉默。这种解离过程很可能是由ATP水解驱动的外在因素促进的。有时不会发生靶mRNA分子的切割。在一些情况下，磷酸二酯骨架的核酸内切裂解可以通过切割位点附近的siRNA和靶mRNA的错配来抑制。其他时候，即使靶mRNA和siRNA完全配对，RISC的Argonaute蛋白也缺乏内切核酸酶活性。在这种情况下，基因表达将被miRNA诱导机制沉默。Ping-Pong方法的简化版本，涉及蛋白质Aubergine（Aub）和Argonaute-3（Ago3）切割piRNA的3"和5"末端。Piwi相互作用的RNA负责转座子的沉默，而不是siRNAs。以上内容参考：百度百科-小干扰RNA

siRNA转染后（entranster）在mRNA水平下降后，接下来才会有蛋白水平的下降，一般来说，转染后48-72小时进行蛋白检测通常会得到较好的结果。 更多关于RNA转染的内容，请咨询英格恩生物。

Small interfering RNA (siRNA)：种RNA（~21-25核苷酸）,由Dicer（RNAase Ⅲ家族双链RNA具特异性酶）加工.SiRNAsiRISC主要员,激发与互补目标mRNA沉默.RNA干涉(RNAinterference,RNAi)指内源性或外源性双链RNA(dsRNA)介导细胞内mRNA发特异性降解,导致靶基表达沉默,产相应功能表型缺失现象.RNA干涉（RNAi）实验室种强实验工具,利用具同源性双链RNA（dsRNA）诱导序列特异目标基沉寂,迅速阻断基性.siRNARNA沉默通路起作用,特定信使RNA（mRNA）进行降解指导要素.siRNARNAi途径间产物,RNAi发挥效应所必需.siRNA形主要由DicerRde-1调控完.由于RNA 病毒入侵、转座转录、基组反向重复序列转录等原,细胞现dsRNA,Rde-1(RNAi缺陷基-1)编码蛋白质识别外源dsRNA,dsRNA达定量候,Rde-1引导dsRNA与Rde-1编码Dicer（Dicer种RNaseIII 性核酸内切酶,具四结构域：Argonaute家族PAZ结构域,III型RNA酶性区域,dsRNA结合区域及DEAH/DEXHRNA解旋酶性区）结合,形酶-dsRNA复合体.Dicer 切割形siRNA,,ATP参与,细胞存种RNA诱导沉默复合体RNA-induced silencing complex RNAi干涉关键步骤组装RISC合介导特异性反应siRNA蛋白.siRNA并入RISC,与靶标基编码区或UTR区完全配,降解靶标基,说siRNA降解与其序列互补配mRNA.其调控机制通互补配沉默相应靶位基表达,所种典型负调控机制.siRNA识别靶序列高度特异性,降解首先相于siRNA说央位置发,所些央碱基位点显极重要,旦发错配严重抑制RNAi效应.RNAi基沉默(silent gene)面具高效性简单性,所基功能研究重要工具.数药物属于标靶基（或疾病基）抑制剂,RNAi 模拟药物作用,功能丢失（LOF)研究比传统功能获（GOF)更具优势., RNAi 今制药产业药物靶标确认重要工具.同,些靶标实验证明效siRNA/shRNA本身进步发RNAi药物.药物标靶发现确认面,RNAi技术已获广泛应用.物技术公司或制药公司通利用建立RNAi文库引入细胞,通观察细胞表型变化发现具功能基.通RNAi文库介导肿瘤细胞发现能抑制肿瘤基.旦所发现基属于用药靶标（表达蛋白细胞膜或泌细胞外）,针靶标进行规模药物筛选.外,发现靶标用RNAi技术细胞水平或物体内进步确认.疾病治疗面,双链RNA或siRNA已用于临床测试用于几种疾病治疗,视黄斑退化、肌肉萎缩性侧索硬化症、类风湿性关节炎、肥胖症等.抗病毒治疗面,帕金森病等神经系统疾病已经始初步采用RNA干扰疗.肿瘤治疗面已经取些.

In readily transfected cells treated with potent and effective siRNAs such as the new AmbionSilencer Select siRNAs, near-maximal silencing can be achieved for 5–7 days.赛默飞他们siRNA干扰持续大概一个星期左右。要看你的具体的干扰的细胞，干扰效果等情况。但是，肯定是很短的。建议;重新干扰。--汉恒生物

RNA转染试剂Entranster-R4000成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调，但未成功转染的细胞却不受影响，这时转染效率和总的细胞数量就很重要，一般细胞数量较少时转染效率高，一些试剂由于本身毒性的影响，太低的细胞数量时毒性明显，所以会要求较高的细胞密度（汇合度），顺便说一句，看一个转染试剂的毒性，看它要求转染时的细胞密度就知道了。siRNA的转染和DNA的转染不一样，DNA的转染是过量表达，死亡一些细胞对过量表达的蛋白本身来说影响不大，但siRNA的转染，死亡的细胞所有的基因表达（包括特定目标基因）都下降，将与siRNA造成的特定目标基因的表达下降现象是一致的，将大大影响实验结果。选用低细胞毒性的转染试剂其实很重要。由于siRNA沉默时效性的影响，转染后48小时才能进行进行qRT-pcr检测，转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高，细胞一方面转染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，48小时甚至更长时间后，沉默检测最佳点时，过于密集的细胞将影响细胞状态，从而影响实验结果。RNA转染试剂Entranster-R4000成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调，但未成功转染的细胞却不受影响，这时转染效率和总的细胞数量就很重要，一般细胞数量较少时转染效率高，一些试剂由于本身毒性的影响，太低的细胞数量时毒性明显，所以会要求较高的细胞密度（汇合度），顺便说一句，看一个转染试剂的毒性，看它要求转染时的细胞密度就知道了。siRNA的转染和DNA的转染不一样，DNA的转染是过量表达，死亡一些细胞对过量表达的蛋白本身来说影响不大，但siRNA的转染，死亡的细胞所有的基因表达（包括特定目标基因）都下降，将与siRNA造成的特定目标基因的表达下降现象是一致的，将大大影响实验结果。选用低细胞毒性的转染试剂其实很重要。 由于siRNA沉默时效性的影响，转染后48小时才能进行进行qRT-pcr检测，转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高，细胞一方面转染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，48小时甚至更长时间后，沉默检测最佳点时，过于密集的细胞将影响细胞状态，从而影响实验结果。

1. RNA与转染试剂比例不佳 由于RNA序列差异、合成条件不同以及是否带有荧光等标记，决定了RNA和转染试剂在不同情况下会有不同的最佳条件，建议先进行预实验优化。 2. 细胞密度不佳 调整细胞密度到转染时汇合度为20-40%。成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调，但未成功转染的细胞却不受影响，这时转染效率和总的细胞数量就很重要，一般细胞数量较少时转染效率高。由于siRNA沉默时效性的影响，转染后48小时才能进行进行qRT-PCR检测，转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高，细胞一方面转染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，48小时甚至更长时间后，沉默检测最佳点时，过于密集的细胞将影响细胞状态，从而影响实验结果。 更多关于RNA转染的内容，请咨询英格恩生物。

二者都是被Dicer降解后，用于抑制靶mRNA转录、翻译或者能够剪切靶mRNA并促进其降解，即转录后水平的基因沉默。区别有以下2点：1、结合位点不同。miRNA的结合位点通常位于3`UTR，而siRNA的结合位点不确定。siRNA（21~25碱基），较少干扰RNA，在利用宿主细胞进行转录时，常产生一些dsRNA，或者转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因产生dsRNA，然后dsRNA被Dicer降解为siRNA。2、来源不同。siRNA（21~25碱基），叫小干扰RNA，病毒基因、人工转入基因、等原因等外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内，利用宿主细胞进行转录时，常产生一些dsRNA。或者转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因产生dsRNA，然后dsRNA被Dicer降解为siRNA。扩展资料：miRNA和其target是不完全互补，一般只有2-8位的碱基是完全互补的，而siRNA是完全互补的。miRNA由高等真核生物基因组编码，是自己转录出来的序列，通常用于生物自身生长调控。siRNA的作用结果是使mRNA剪切，而miRNA有的是剪切，有的只是结合上去抑制翻译siRNA是一对一的，一条siRNA只针对一个基因，而miRNA是一对多的，一条可以抑制很多基因。mirna是低等和高等生物都存在的 作用在靶基因的mrna 3"utr区域，通过降解或者抑制翻译来抑制靶基因表达，一条mirna可以有多个靶基因。sirna主要存在于低等生物，可以作用在靶基因的mrna任何地方，通过降解来抑制表达。一般一条sirna只针对一个靶基因，可以通过人为的设计合成sirna来导入高等生物细胞中诱发抑制作用。参考资料：百度百科-siRNA参考资料：百度百科-miRNA

Q:如何选择转染方法和转染试剂？ A:我们的siRNA适用于各种转染方法。转染方法和转染试剂的选择，需要根据细胞来选择，对于容易转染的细胞，常用的转染方法是脂质体转染。 Q:对于难转染的细胞，应该如何提高其转染效率？转染效率又该如何确定？ A:1)对于贴壁细胞，推荐采用转染试剂转染即可；2)对于难转染的细胞的转染，如何提高转染效率的问题也是目前研究的技术难题。一般建议使用电转的方法，但是由于电转的方法对细胞损伤比较大，该方法也未必是最佳的。 转染效率的确定，常用的是使用荧光标记的siRNA，通过荧光显微镜，共聚焦显微镜，流式细胞仪检测的方法。具体可以参考我们的产品说明书。 Q:细胞的转染效率是否与siRNA序列相关？ A:转染效率的高低取决于与细胞自身及转染方法，而于siRNA的序列并没有直接关系。因此，siRNA在不同的细胞转染效率可能不一样。 Q:转染siRNA时候的细胞密度多少为宜？ A:依不同的转染方法或转染试剂而定。如使用lipofectamine 2000作为转染试剂，单独转染siRNA，30%～50%密度较佳；而siRNA与质粒共转染，密度可以到80%-90%。 Q:siRNA转染时的培养基要求，可否含血清？ A:不同的转染试剂可能有不同的要求，对于lipofectamine 2000，在配制siRNA和lipofectamine 2000混合物时不能含有血清，但细胞培养基可以含有血清，但不能含有抗生素。 Q:siRNA的储存液体浓度和工作浓度有何区别？ A:siRNA的贮存浓度就是保存的最佳浓度，锐博推荐的贮存液浓度为20 μM；而siRNA的工作浓度就是使siRNA能够达到最佳沉默效果的转染浓度，一般10～100 nM范围内，锐博生物推荐的转染浓度是50nM。 Q:转染时该如何分组？分组的目的是什么？ [图片上传失败...(image-67e513-1654668332888)] Q:为什么说阳性对照在RNA干扰实验中很重要？ A:阳性对照作为一个实验系统检查是很重要的。也就是说，当您看到siRNA阳性对照的预期实验结果时，您能确保在您的实验方法中您的转染、RNA提取物和检测方法是可靠的。 Q:阳性对照及其阴性对照在RNAi实验中的作用？如何选择？ A:阳性对照指的是已经验证的针对看家基因或报告基因有效的siRNA，用于监测实验体系和实验方法的可行性。我们可以提供的阳性对照siRNA有针对GAPDH，ACTB，GFP/EGFP有效的siRNA作为阳性对照，客户可以根据具体的实验需要选择。阴性对照往往是非特异的siRNA，主要用于说明siRNA作用的特异性。阴性对照的选择可以是通用的序列（universal）或是随机打乱的序列（scramble），客户可以根据实验要求选择。 Q:用荧光对照siRNA如何检测转染效率？是不是每次实验都必须做？ A:我们提供的转染对照siRNA带有Cy3或Cy5荧光标记，可以通过荧光显微镜，共聚焦显微镜，流式细胞仪等荧光检测仪器检测。 除此之外，还应该通过阳性对照实验进一步确定。转染效率的高低主要与细胞自身相关，同等实验条件下，每次转染细胞转染效率应该是相近的，因此可以不必每次都做。但如果每次实验都做一个荧光对照组，将会更加便于排除一些实验问题。 Q:siRNA荧光染料的最大吸收率和发射率各在哪个波段？ A:FAM在495nm处有最大吸收率，在520nm处有最大发射率。 Cy3在550nm处有最大吸收率，在565nm处有最大发射率。 Cy5在643nm处有最大吸收率，在667nm处有最大发射率。 Q:转染后出现细胞死亡是什么原因？如何优化转染条件？ [图片上传失败...(image-6ee094-1654668332888)] Q:到了转染时间发现细胞密度太低，该如时转染还是让细胞多长一天再转染？ A:细胞生长需要一定的密度，而转染试剂对细胞有一定的毒性，如果转染时细胞密度过低，细胞可能会因此生长异常甚至死亡。转染前要求良好的细胞状态和细胞活性，一般也不建议用生长几天的细胞做转染。 Q:siRNA的作用效果应该如何检测？ A:通常可以从三个方面来相互验证siRNA的作用效果 3）根据目的基因的功能，从细胞表型的水平检测。 Q:siRNA在细胞内可以作用多长时间？什么时候才是最好的检测时间？ A:siRNA介导的RNAi属于瞬时现象，不能稳定传代，一般其作用时间不可能维持很长时间，通常建议在转染后3 4天内完成检测。最佳检测时间，因细胞、目的基因而异，多在转染后24 48小时之间检测。 Q:为什么要强调mRNA水平检测？可以直接检测蛋白和功能吗？ A:siRNA直接作用于mRNA，因此mRNA水平检测是最直接在指标。 很多客户认为，mRNA的降解直接的结果应该是对应蛋白质含量的下降，因此蛋白水平的检测结果也应该可以作为有效性的检测指标。事实上，很多情况下往往出现，mRNA下降水平与蛋白下降水平不对应的现象。其可能原因有： Q:干扰效率多高才是好的靶点？ A:没有明确的界定，干扰效率高低因不同的细胞类型和不同的基因而异。不同细胞类型的转染效率也不尽相同，不同基因的表达水平也相差较大，主要看干扰效果而定。 Q:沉默效果不理想，应该如何处理？ A:最常见的影响沉默效果的两个原因是：转染效率低和siRNA序列设计的效果不理想。如果您初次使用siRNA或采用了新的细胞系，并发现沉默效果不佳，我们建议您对转染效率进行检测，并选择优化转染条件。如果您已经对实验转染条件进行优化但是问题依然存在，我们建议您换用另一种转染试剂或是采用其他技术，这也许能提高转染效率。如果已经提高了转染效率但是沉默效果仍然未达到要求，可能是因为siRNA序列设计的效果不理想。 Q:siRNA反而使得目的基因表达上调了，这是什么原因？该怎么解决？ [图片上传失败...(image-99552b-1654668332886)] Q:我从阴性对照实验中得到和特异性RNAi相同的结果，这说明了什么？ [图片上传失败...(image-d223f9-1654668332886)] Q:各组阴性对照的检测结果是否应该一样？如果偏差很大该怎么办？ A:正常情况下，各组阴性对照的检测结果应该是相近的。如果偏差过大，只需考虑实验结果的准确性。另外，对于一些特定的基因，比如与细胞难受压力相关的基因，又如参与细胞免疫的基因，可能会对外界压力比较敏感，使得各组对照的基因表达发生变化不一致。 Q:用100nM 的siRNA转染时只得到50%沉默效率，我可以把siRNA的浓度增加到200nM甚至400nM吗？ A:当干扰效率不佳时，可以在一定范围内适当优化转染浓度，通常优化的范围是10~150nM，但不宜过大，高浓度的siRNA将可能增加非特异性作用的可能性并对细胞产生毒性。 Q:同样的siRNA，为什么在细胞A很有效，在细胞B则没有效果？ A:不同细胞的转染效率不一样、基因表达水平也不一样，这些都与siRNA的作用效率有关 siRNA实验方法和设计常见问题解答- 答疑集锦- 非编码RNA研究策略-锐博技术专题专题—丁香园会议频道 (dxy.cn)

siRNA是RNAi途径的主要作用物,miRNA和siRNA很容易混淆，他们有许多共同点也有许多不同点。为了能够清楚地让读者弄清两者之间的差异之处，笔者特别将它们之间的差别划分入三个大的阶段：起源阶段、成熟阶段和功能阶段（即调节基因表达的作用阶段）。在描述两者的差异之前，有必要先说一说它们的共同点：1． MiRNA和siRNA都是由22个左右的核苷组成；2． 它们都是Dicer酶的产物；3． 它们在起干扰、调节作用时都会和RISC复合体结合；4． 它们都可以在转录后和翻译水平干扰以抑制靶标基因的翻译；两者之间的主要差异：起源阶段SiRNA：通常是外源的，如病毒感染和人工插入的dsRNA被剪切后产生外源基因进入细胞（注：病毒入侵，或者是自身合成RNA中出现错误，细胞内就会产生双链RNA，来阻止这些异常基因的表达）。MiRNA：是内源性的，是一种非编码的RNA；由miRNA基因表达出最初的pri-miRNA分子。成熟过程SiRNA：直接来源是长链的dsRNA（通常为外源）；经过Dicer酶*切割形成双链siRNA,而且每个前体daRNA能够被切割成不定数量的siRNA片段。MiRNA：在细胞核中转录的较大的pri-miRNA经由Drosha(一种RNAse Ⅲ酶)和Pasha（含有双链RNA结合区域）加工成为单链pre-miRNA；接着，发夹状、部分互补的pre-miRNA在细胞质中被Dicer*（一种RNAse Ⅲ酶）酶切割形成miRNA；在生物体中的表达具有时序性、保守性和组织特异性。功能阶段siRNA：它与RISC*（RNA诱导的沉默复合物，使用的AGO蛋白家族的成分为AGO2）结合，以RNAi途径行使功能，即通过与序列互补的靶标mRNA完全结合（与编码区结合），从而降解mRNA以达到抑制蛋白质翻译的目的；它通常用于沉默外源病毒、转座子活性。MiRNA:它和RISC形成复合体(利用的AGO蛋白家族成员为AGO1)后与靶标mRNA通常发生不完全结合，并且结合的位点是mRNA的非编码区的3"端；它不会降解靶标mRNA，而只是阻止mRNA的翻译； miRNA能够调节与生长发育有关的基因。注：RISC, RNA诱导的沉默复合物（RNA-induced silencing complex; RISC）的组装是在RNAi和miRNA通路中最为复杂的过程。新的研究表明，与siRNA和miRNA结合的RISC复合物并不完全相同其中的AGO蛋白质有AGO1和AGO2之分。刚产生的siRNAs和miRNAs都是双链结构，这种双链结构需要解螺旋才能被组装到RISC中发挥作用。组装后的复合物分别称为siRISC和miRISC。从dsRNA引发RNAi的发生大致划分为三个阶段，即启动、剪切和扩增。Dicer酶：新的研究表明siRNA成熟需要Dicer-2和R2D2蛋白，而miRNA则依赖Dicer1和它的伴侣loqs蛋白。在研究人员的不懈努力之下，近期miRNA的基础研究以及应用研究方面取得了许多的重大进展……谢谢！

如下：1、本质不同miRNA是内源的，是生物体的固有因素；而siRNA是人工体外合成的，通过转染进入人体内，是RNA干涉的中间产物。2、结构不同miRNA是单链RNA，而siRNA是双链RNA。3、加工过程不同miRNA是不对称加工，miRNA仅是剪切pre-miRNA的一个侧臂，其他部分降解；而siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。miRNA的特点1、长度大约是22nt，已经知道的miRNA中21-23nt的超过80%。2、具有能形成分子内茎环结构的前体。植物中前体大小的变化范围较大，可以从几十到数百个核苷酸，而在动物中前体大小的变化范围较小，一般在60-80nt。而且miRNA基因在基因组中有多种存在形式，有单拷贝，多拷贝或基因簇等形式。

1。 miRNA的生物发生的或活动的监管将是一个利益的重大领域。是 受规管？特定miRNA的加工是miRNA的调控具体的活动？ 2。其基本的miRNA的活动分子机制仍然很差不足 一。例如，当一个miRNAinhibits什么决定了它翻译starget mRNA的切割，而不是它是怎样做一个miRNAinhib作为其目标语言 基因？ 3。目前的战略目标来预测miRNA的基础上广泛依靠配对 他们之间的miRNA与靶mRNA，一个切片的要求。最近的一项研究 建议在hibition支配翻译可能有所不同（配对规则杜格斯 ＆巴泰尔2008）。在miRNA的目标可能是更广泛的曲目，如果基 配对的转译抑制要求宽松，如在动物miRNA的目标 相互作用。 4。对植物miRNA，包括绝大多数的生物功能，几乎所有 非守恒miRNA的拟南芥和几乎所有其他植物miRNA的，尚未 被发现的。即使是保守的miRNA的任何形式，其职能是推断 所赋予的miRNA的表型耐目标的表达。这些研究没有 报告充分ybecause的miRNA的功能（1）并非所有的目标也许是因为任何miRNA的（尤其是为抑制转译的碱基配对的要求是未知的已知）和（b）的突变可能会取消，但不是唯一的全文翻译卵裂 抑制，作为已被证明inonecase（杜格斯及Bartel2008）。因此，亏损 在theMIR的功能突变genesare要全面了解他们的garnera 功能。 5。难道miRNA的是，而大安的siRNAs动是移动？如果是这样，世界卫生大会森林脑炎stows 流动的差异？ 6。它仍然需要理解如何miR173，miR390和miR824是唯一能 触发大安siRNAs的生成。 7。许多奥秘在于siRNAs的生合成的异染色质。今后的调查 只有部分将讨论如何生成的siRNA位点，可能是一个问题，密切 相连的极化四酶活性和极化第四招聘的具体 位点。西港岛线lalso今后的调查处理如何siRNAs的海尔precruit的DNA methyltrans - H3K9的甲基转移酶1 dhistone转移到specificloci.The roleofhetero色 在蛋白基因表达调控的siRNAs应进一步研究。 8。机制的基本登继承和/或重置的siRNA - triggerede pigenetic 通过减数分裂的修改需要制定。

写在前面 本次分享一篇拟南芥表观遗传领域具有重要意义的paper， "Plant 22-nt siRNAs mediate translational repression and stress adaptation" ，通讯作者是南方科大郭红卫老师，题目即为文章主要结论，非常简洁，也是我比较欣赏的文章类型。之前表观遗传方面的文章接触的少，如有班门弄斧的地方还请指正。 植物会产生长度分别为21，22，24nt的siRNAs，其中21nt的siRNAs负责mRNA的切割，24nt的siRNAs负责DNA甲基化，而22nt的siRNAs目前功能未知。作者鉴定到22nt siRNAs受DCL2(Dicer Like 2)的调控产生,当胞质RNA破坏并且DCL4缺乏时，大量的22nt的siRNAs产生，造成了许多生长缺陷，如极度矮化，分生组织缺陷和色素沉着。两个编码硝酸盐还原酶的基因-NIA1或NIA2-产生了几乎一半的22nt的siRNAs。22nt的siRNAs的产生使得大量基因沉默，诱导了特异性或整体的翻译抑制。此外，22nt的siRNAs在受到环境压力时偏好性积累，特别是那些来自NIA1或NIA2的siRNAs，22nt的siRNAs在翻译抑制、抑制植物生长和增强防卫反应方面发挥作用。 双链siRNAs的前体由RDRP(RNA-dependent RNA polymerases)产生,miRNA前体被Dicer家族切割成20-24nt的sRNA。sRNA的一条链被装进AGO蛋白，形成RISC(RNA-induced silencing complex)来发挥功能。拟南芥包含4类Dicer蛋白，DCL1是主要的DCL蛋白，负责miRNA的合成，miRNA靶向同源RNAs行使切割或翻译抑制的功能；DCL3将双链RNA前体切割为24nt的siRNAs,24nt的siRNAs涉及到DNA甲基化过程；DCL4负责产生21nt的siRNA，介导mRNA切割；DCL2被认为是调控病毒21nt siRNAs的产生。 拟南芥中，EIN5/XRN4(ETHYLENE INSENSITIVE5/EXORIBONUCLE-ASE4)和SKI2(SUPER KILLER2)通过抑制siRNAs的积累来阻止基因的沉默。【所以这两种突变体中，siRNAs极度活跃】我们发现 ein5 dcl4 和 ski2 dcl4 双突中，出现了多种生长缺陷：分生组织，叶片扩展，色素沉着(F1 a,b)。而 ein5 dcl2和ski2 dcl2双突变体中生长正常。有意思的是，dcl2和rdr6(转录后基因沉默突变体)恢复了ein5 dcl4 和 ski2 dcl4 双突体的表型(F1 a,b)，这也就说明生长缺陷是由依赖DCL2和RDR6的22-nt siRNA产生所造成的。 通过实施sRNA测序，我们在ein5 dcl4 和ski2 dcl4突变体的TRANS-ACTING SiRNA (TAS) and non-TAS中，鉴定到丰富的 22nt siRNA，而非 21nt siRNA(F1 c)。在ein5 dcl4 和ski2 dcl4突变体中，我们分别鉴定到1182和182个基因产生22nt siRNA，其中111个基因是共有的。在这些基因中，我们注意到两个硝酸盐还原酶，NIA1 and NIA2，分别在ein5 dcl4 和ski2 dcl4突变体中贡献了总22nt siRNA的45%和48%。 转录组测序发现只有极少的产生22nt siRNA的基因在 ein5 dcl4(ed) 和 ski2 dcl4(sd) 突变体中表达量下降(F2 a,b)，包括SMXL4和SMXL5。NIA1 and NIA2在突变体中展示出更高或没有改变的表达水平(F2c)，NIA1 and NIA2在突变体中的蛋白水平表达量很低，即使添加MG132抑制了26S蛋白酶体降解途径也很难检测到，这就说明这两个蛋白的降解不依赖蛋白酶体途径(F2d)。同时，来自NIA1/2和GTE2/7(也产生22nt的siRNAs，GLOBAL TRANSCRIPTION FACTOR GROUP E2/7)多核糖体的mRNA的量（fractions 8-11）在ein5 dcl4双突变体中呈现出最低的水平{比较对象为 ein5 dcl4，WT，ein5 dcl4 dcl2} ，说明NIA1/2和GTE2/7的mRNA被22nt siRNAs所抑制(F2 ef)。总的核糖体RNA(fractions 6-11)在ed和sd水平也是减少的，并且能被dcl2突变所恢复，揭示了22nt的siRNAs具有全局的翻译抑制作用(F2f)。这也就说明 22nt siRNA，而不是21nt siRNA 抑制了其相应mRNA的翻译，整体水平也是一样。 当ago1-27{该突变体AGO还能行使dicer的作用，但是翻译是抑制的}分别和ein5 dcl4、ski2 dcl4杂交后，生长的表型被恢复，NIA1/2的蛋白水平也被恢复(F3ab)。HUA ENHANCER 1 (HEN1)参与sRNA的甲基化，hen1部分恢复了ein5 dcl4、ski2 dcl4的表型，说明甲基化的22nt siRNA是发挥作用的。 为了探明AGO1对22-nt siRNA的活性是否重要，我们将AGO1免疫沉淀下来，再进行sRNA测序。与AGO1联系的21nt 和22nt siRNA具有5‘尿嘧啶的偏好性，这与之前的报道是一致的。与AGO1相关的22nt siRNAs的丰度与ein5 dcl4中的siRNAs的丰度呈现正相关。并且来自NIA1/2的大量22nt siRNAs也与AGO1有关(F3c)，这也就说明带有5"尿嘧啶 22nt siRNAs能够被选择性地装入AGO1。 使用体外地cell-free系统验证22nt siRNAs的抑制作用。当将NIA2的mRNA和RISC孵育的时候，21nt siRNAs展示出比22nt siRNAs 更快的切割(F3 de)，可能是因为AGO1装载21nt siRNAs的效率更高。同时22nt和21nt siRNAs导致了NIA2蛋白水平的减少(F3 df)。通过计算NIA2蛋白水平到转录水平的比率，我们发现22nt siRNAs抑制NIA2蛋白水平减少的效率比21nt siRNAs要高(F3g)，这也就支持了潜在的翻译抑制机制。 22nt siRNAs 在ein5 dcl4和ski2 dcl4是多的，再突变AGO1以后，22nt siRNAs就变少(F3 h-j)。这些结果就说明AGO1的功能，特别是它抑制翻译的功能，与更有效的22nt siRNAs的合成有关。 ski2 dcl4突变体展示出明显的根生长抑制，这与nia1/2双突的表型很像(F4 ab),再突变dcl2后，表型又恢复(F4a)。GO富集分析发现在突变体中 stress相关的通路被激活，生长响应的通路被抑制，这也就说明22nt siRNAs精细的调控植物地生长和压力响应。 在培养基中缺乏氮地情况下，WT中有更多的22nt siRNAs被诱导产生，这在dcl4中更明显(F4 c)，包括来自NIA1/2的siRNAs(F4 d)。一个可能的解释是DCL2的诱导下调了SKI2、EIN5和DCL4的表达(F4f)。缺乏N以后导致几乎没有NIA1/2蛋白积累，并且RNA水平也是减少的(F4 gh)【这里比较迷，因为NIA1/2的表达是受N诱导的，缺氮一方面表达少，另一方面是22nt siRNAs的作用】。因此我们假设，缺氮条件下，NIA1/2的表达也减少，RNA decoy和DCL4的活性降低造成了22nt siRNAs的增加，22nt siRNAs抑制NIA1/2的翻译过程。supplement上说ABA处理和高盐处理也能增加22nt siRNAs的产生，这也就说明，22nt siRNAs的产生，特别是来自NIA1/2的，对于植物适应环境压力是有必要的。 模型解读： 在受到环境胁迫时，如氮饥饿，通过RNA损伤和抑制DCL4的活动，22nt siRNAs得到积累，进一步造成翻译抑制并激活sRNA的扩增。

两个在RNAi途径的基因沉默中具有实质利害关系的是双链小干扰RNA（siRNA）和基于载体的短发夹RNA（shRNA）。虽然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。不管是长的双链RNA还是短的约21bp碱基对的双链都能够直接被转运到组织培养的细胞中。虽然有一些报道提到siRNA在转染细胞时是被转运到细胞核中的，但更普遍的看法是它们在细胞质中聚集。长的双链RNA与Dicer一起形成复合物，双链特异性的核糖核酸酶III能够将它们处理成带有两个游离碱基的长度为21-23nt的siRNA。随后这些siRNA片段与RISC结合，RISC由Argonaute-2 （Ago-2）、Dicer和TAR-RNA-结合蛋白（TRBP）组成。然后RNA的两条链分开，其中一条链从复合物上分离。5"端双链稳定性最低的那条链被选择出来，稳定的并入沉默复合物中。扩展资料早在1984年人们就发现反义RNA能够抑制基因的表达。1993年，Nellen和Lichtenstein提出了一个模型来解释这个观察。然而，直到1998年，Fire等人发表了在线虫RNA干扰的结果，他们发现双链RNA在抑制基因表达方面实际上比单链RNA更有效。最终确定小RNA途径涉及的蛋白质组分有许多与RNA干扰途径一样。图中总结了RNA干扰机制的主要元件。它们包括锁定靶基因的双链RNA（siRNA或shRNA）、Dicer酶，Argonaute蛋白家族的蛋白质（具体来说是Ago-2）、Drosha、RISC、TRBP和PACT。

博凌科解答:我实验合siRNA使用说明:siRNA工作浓度般10-100nM我准备用50nM做转染相同孔板同量siRNA加转 染试剂量相同所我觉存质粒DNA转染与转染试剂比例同影响转染效率问题siRNA能效干扰目蛋白表达加 量越应该沉默效越.合siRNA比较贵加花费合siRNA体外瞬转染干扰效致能维持2-5左右

1.通常情况下悬浮细胞转染效率较低，贴壁细胞的转染效率因细胞不同，有些很高有些很低。HepG2的DNA转染效率大概有50%，siRNA暂时没做过。如 果你有GFP质粒和针对GFP的siRNA共转染，用只转染GFP质粒的孔做对照，可以看出转染效率。如果没有针对GFP的siRNA就只能转染GFP质 粒，一般情况下转染DNA好的话，转染siRNA也不会差的。个人觉得细胞本身的性质决定了转染效率。2.不是的。针对GFP的siRNA和我们通常用的化学合成的siRNA一样，只不过是针对GFP基因的。参考网址on http://www.bio1000.com/experiment/cell/225073.html

miRNA，siRNA，shRNA的区别在于：miRNA的主要功能是下调基因的表达；siRNA其主要在RNAi通路中起作用，干扰特异基因的表达；shRNA常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达。RNAishRNAsiRNA的区别如下：1、来源不同：miRNA是生物体的固有因素，是内源性的，而siRNA是人工体外合成后通过转染进入体内的，是RNAi的中间产物；2、结构不同：miRNA为单链RNA，而siRNA是双链RNA；3、Dicer酶对两者的加工过程不同，miRNA是由不对称加工形成的，仅是剪切前体miRNA的一个侧臂，其它部分降解，而siRNA对称地来源于双链RNA前体的两个侧臂；4、作用部位不同：miRNA主要作用于靶基因mRNA的3"UTR区域，而siRNA可作用于靶基因mRNA的任何部位；5、作用方式不同，miRNA既可抑制靶基因mRNA的翻译，也可以导致靶基因mRNA降解，即在转录后水平和翻译水平起作用，而siRNA只能导致靶基因mRNA的降解，为转录后水平调控；6、miRNA主要参与内源基因的调节和细胞发育过程，而siRNA的原始作用是抑制转座子活性和病毒感染。扩展资料：1、miRNA：在遗传学中，微RNA是长度在21－23个核苷酸之间的单链RNA片段，调节基因的表达。miRNA由基因编码，从DNA转录而来，但不翻译成蛋白。2、shRNA：小发卡或短发卡RNA是一段具有紧密发卡环的RNA序列，常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达。利用载体把shRNA导入细胞，载体中的U6启动子确保shRNA总是表达；这种装载了shRNA载体可被传递到子代细胞中去，从而使基因的沉默可被遗传。3、siRNA：小或短干扰RNA是一类20－25个核苷酸长度的双链RNA分子，其主要在RNAi通路中起作用，干扰特异基因的表达。此外siRNA在RNAi相关的通路中也起作用，如抗病毒机制，基因组染色体结构的塑造等。

四种核苷酸或脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3"，5"磷酸二酯键(phosphodiester linkage)相连形成的多聚核苷酸链或脱氧核苷酸(polydeoxynucleotides), 称为核苷酸序列(也称为碱基序列)。脱氧核苷酸或核苷酸的连接具有严格的方向性，是前一核苷酸的3"-OH与下一位核苷酸的5"-位磷酸间形成3"，5"磷酸二酯键，构成一个没有分支的线性大分子。DNA的书写应从5"到3" 大多数的真核mRNA转录后在5\"-端加一个7-甲基鸟苷,同时第一个核苷酸的C\"2也是甲基化的,这种m7G ppp N m帽子结构具有促进核蛋白体与mRNA的结合、加速翻译起始速度的作用,同时可以增强mRNA的稳定性。 在真核mRNA的3\"末端,有一多聚腺苷酸(poly A)结构,通常称为多聚A尾。一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而成。poly A是RNA生成后加上去的。poly A与mRNA从核内向胞质的转位及mRNA的稳定性有关。 DNA双链是反向的，复制时，两股链均作为模板，但新链的合成只能是5"→3" 引物提供3"-OH，与原料dNTP的5"-P形成磷酸二酯键，然后DNA聚合酶催化这一聚合反应的进行 sirna合成中，以U6启动子为模板，5′端引物与U6启动子5′端互补，3′端引物与U6启动子3′端互补并带siRNA正义链及9nt 的环状结构，二次循环带反义链。 引物5"端可设计修饰，3"端是延伸开始，一般不可修饰，也不能形成二级结构。

两个在RNAi途径的基因沉默中具有实质利害关系的是双链小干扰RNA（siRNA）和基于载体的短发夹RNA（shRNA）。虽然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。不管是长的双链RNA还是短的约21bp碱基对的双链都能够直接被转运到组织培养的细胞中。虽然有一些报道提到siRNA在转染细胞时是被转运到细胞核中的，但更普遍的看法是它们在细胞质中聚集。长的双链RNA与Dicer一起形成复合物，双链特异性的核糖核酸酶III能够将它们处理成带有两个游离碱基的长度为21-23nt的siRNA。随后这些siRNA片段与RISC结合，RISC由Argonaute-2 （Ago-2）、Dicer和TAR-RNA-结合蛋白（TRBP）组成。然后RNA的两条链分开，其中一条链从复合物上分离。5"端双链稳定性最低的那条链被选择出来，稳定的并入沉默复合物中。扩展资料早在1984年人们就发现反义RNA能够抑制基因的表达。1993年，Nellen和Lichtenstein提出了一个模型来解释这个观察。然而，直到1998年，Fire等人发表了在线虫RNA干扰的结果，他们发现双链RNA在抑制基因表达方面实际上比单链RNA更有效。最终确定小RNA途径涉及的蛋白质组分有许多与RNA干扰途径一样。图中总结了RNA干扰机制的主要元件。它们包括锁定靶基因的双链RNA（siRNA或shRNA）、Dicer酶，Argonaute蛋白家族的蛋白质（具体来说是Ago-2）、Drosha、RISC、TRBP和PACT。

pcDNA3.1(+)是哺乳动物细胞表达载体，siRNA是用于RNA干扰的一段长约21-25nt并且和靶基因mRNA的某段序列互补的序列，用于在转录后水平上沉默基因。所以这个“pcDNA3.1(+)-靶基因-siRNA”很可能是一个用于gene knockdown的质粒。

知不知道有哪些在线设计siRNA的网址发物种,基因名至design@即可On-linetoolsfordesigningRNAiprobesDesigntoolReference-->AmbionsiRNATargetFinderElbashirSM,HarborthJetal.-->DharmaconsiDesignReynoldsA,LeakeDetal.-->ClontechsiRNAdesignerElbashirSM,LendeckelWetal.-->DEQORHenschelA,BuchholzFetal.EMBOSSSIRNAElbashirSM,HarborthJetal.siRNAdesignYiuSM,WongPWetal.WangL,MuFY.-->IDTsiRNAdesignParrishS,FleenorJetal.ElbashirSM,HarborthJetal.-->InteragonSaetromP.-->siRNAatWhiteheadYuanB,LatekRetal.InvitrogenBLOCK-iT(tm)-->T7RNAiOligoDesignerDudekP,PicardD.siDirectNaitoY,YamadaTetal.siSearchChalkAM,WahlestedtCetal.如何快速设计shRNA在研究基因功能中,RNAi由于可以特异地使基因沉默或表达量降低而成为生物实验的强有力工具。其中shRNA慢病毒载体应用颇广,今天小编告诉大家2种方法可以快速设计构建到慢病毒载体中的shRNA。1.Sigma网站Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库,而且部分基因的shRNA序列经过验证,因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。首先打开网址:,以Fli1为例,直接输入基因名,点击search,出现以下界面:在Products中找到并点击shRNA选项,然后出现这个界面:点击“MISSIONshRNALentiviralTransductionParticles”这一行的PRICING,这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA:当出现时,恭喜你,这个基因有被sigma验证过,下拉可以找到验证过的shRNA,用来构建慢病毒,简单有效,敲减效率基本上是有保证的。如果没有验证过的shRNA,则根据需要多选择几条shRNA也是一样能筛选到有效的靶点。提示:小编倾向选择CDS区的shRNA,3UTR基本不选,而且选择的每一条shRNA都会在NCBI上做BLAST,确保靶点是特异性的。Blast比对后最终确认选择下面2条FLI1基因的shRNA:需要特别提醒,如果要构建到慢病毒载体上,合成出去的shRNA引物会根据载体有些不一样,sigma用的是pLKO.1载体,小编常用SBI的pGreenPuro(CMV)载体,两端的酶切位点是BamHI/EcoRI,设计出去的引物最终是这样的(不同shRNA替换中间红色部分):Sense:GATCCCCCTTCTGACATCTCCTACATCTCGAGATGTAGGAGATGTCAGAAGGGTTTTTGAnti-sense:AATTCAAAAACCCTTCTGACATCTCCTACATCTCGAGATGTAGGAGATGTCAGAAGGGG2.LifeTechnologies网站LifeTechnologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件,操作非常方便,而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast,直接可以用的。首先打开网站:,在TargetDesignOptions处选中shRNA,以Fli1为例,输入Accessionnumber或Nucleotidesequence,其他条件不变:下拉到底点击RNAiDesign,然后出现推荐的10条靶点序列:根据Rank评星,选择其中需要的(翠花一般选择4条,不同位置各一条),点击DesignshRNAOligos:然后在DefaultLoopSequence选择合适的序列(翠花用的载体是pGreenPuro,不需要这个序列,就默认了,后面合成引物的时候要去掉的),在CustomLoopSequence处输入CTCGAG,点击Design:得到shRNA提醒:合成出去的引物需要做微调,根据载体的要求,和sigma的设计一样,需要在前后加上酶切位点的,最后大功告成。怎么在NCBI上查到11-βHSD1的mRNA序列，怎么设计siRNA来做RNA干扰沉默该基因呢？很基础的问题啊,在NCBI上search:gene,下面的对话框输入你要找的基因的名称,会出来相关的基因序列,看你要找什么物种的,一般是人和鼠的,如人的后缀是Homosapiens,鼠的是Musmusculus。点击你要的序列号,会进入这个基因的基本信息,一直往下拉会看到mRNAandProtein(s),NM开头的序列号就是其CDNA的序列了。关于SiRNA,需要去网站搜索,如invitrogen,promega,等大型生物网站都有相关的tools给你设计,很方便!,你去试试吧

microRNAs（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链），但是和siRNA密切相关。据推测，这些非编码小分子RNA（miRNA）参与调控基因表达，但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin－4和let－7，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。 miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。 microRNAs的作用机制 miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。随后，pre- miRNA在Exprotin－5复合物[2]的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体， miRNA复合物（RNA－induced silencing comlex，RISC）[1]与该miRNA的3"翻译区（3"UTR）结合到位于胞浆的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5"端2-8个被称为种子序列（seed sequence）的核苷酸与靶mRNA匹配完好，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能够特异结合于某些基因3"UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。 此外，miRNA也可能抑制5"UTR含有内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶标分子[4]。 miRNA的表达调控机制 ①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒，并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。 ②表观遗传学 最近一些研究提示，表观遗传学变化会影响miRNA 基因，从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse（release 8.0）数据库的332个人miRNA基因序列时，发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG岛，并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化，这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表达，从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has－mir－135b基因的启动子区域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞，这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。 ③单核苷酸多态性 存在于pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时，于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。 ④RNA编辑 （RNA editing）是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程，从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用，不仅影响miRNA表达，而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外，At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。

很基础的问题啊，在NCBI上search：gene,下面的对话框输入你要找的基因的名称，会出来相关的基因序列，看你要找什么物种的，一般是人和鼠的，如人的后缀是Homo sapiens，鼠的是Mus musculus。点击你要的序列号，会进入这个基因的基本信息，一直往下拉会看到mRNA and Protein(s) ，NM开头的序列号就是其CDNA的序列了。关于SiRNA，需要去网站搜索，如invitrogen,promega,等大型生物网站都有相关的tools给你设计，很方便！http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNAext/siRNA_search.cgi?tasto=10925811，你去试试吧

当导入与目的基因编码区序列相同的双链RNA时，Dicer酶会将此双链RNA切割成21-23bp的短片段（称为siRNA），siRNA与多种蛋白质结合形成RNA诱导沉默复合体（RISC），此时其中的siRNA解旋形成单链RNA。RISC被活化后，活化型RISC受已成单链的siRNA引导，序列特异性地结合在胞内存在的目的mRNA上并将其切断成小片段，引发目的mRNA的特异性分解。这些断裂的小片段能够形成新的siRNA，进而形成RISC，这样就形成了一个级联放大反应，将细胞中的目的mRNA完全裂解。

rna是核糖核酸。核糖核酸（缩写为RNA，即Ribonucleic Acid），存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。RNA由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。一个核糖核苷酸分子由磷酸，核糖和碱基构成。RNA的碱基主要有4种，即A（腺嘌呤）、G（鸟嘌呤）、C（胞嘧啶)、U(尿嘧啶)，其中，U（尿嘧啶）取代了DNA中的T。核糖核酸在体内的作用主要是引导蛋白质的合成。分类：人体一个细胞含RNA约10pg（含DNA约7pg）。与DNA相比，RNA种类繁多，分子量较小，含量变化大。RNA可根据结构和功能的不同分为信使RNA和非编码RNA。非编码RNA分为非编码大RNA和非编码小RNA。非编码大RNA包括核糖体RNA、长链非编码RNA。非编码小RNA包括转移RNA、核酶、小分子RNA等。小分子RNA（20~300nt）包括 miRNA、 SiRNA、 piRNA、scRNA、 snRNA、 snoRNA等，细菌也有小分子RNA（50~500nt）。

发物种，基因名至design@ribobio.com即可On-line tools for designing RNAi probes Design tool Reference -->Ambion siRNA Target Finder Elbashir SM, Harborth J et al. -->Dharmacon siDesign Reynolds A, Leake D et al. -->Clontech siRNA designer Elbashir SM, Lendeckel W et al. -->DEQOR Henschel A, Buchholz F et al. EMBOSS SIRNA Elbashir SM, Harborth J et al. siRNA design Yiu SM, Wong PW et al. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai Wang L, Mu FY. -->IDT siRNA design Parrish S, Fleenor J et al. Elbashir SM, Harborth J et al. -->Interagon Saetrom P. -->siRNA at Whitehead Yuan B, Latek R et al. Invitrogen BLOCK-iT(tm) -->T7 RNAi Oligo Designer Dudek P, Picard D. siDirect Naito Y, Yamada T et al. siSearch Chalk AM, Wahlestedt C et al.

先对双链RNA的范围限定一下，把由两条链组成的dsRNA和一条链内部形成二级结构的dsRNA分开讨论（虽然一般特指后者）。由两条链组成的dsRNA确实是稳定的，但由于这样的双链RNA对于细胞而言往往是病毒信号，所以这样的dsRNA一般是不被允许的。一旦有不应出现的dsRNA，各种与病毒免疫相关的dsRNA结合蛋白、内切酶等等蜂拥而上，很快就把它们干掉了（by the way，一般提RNA出问题的是RNase A之类，RNase A能解链，所以和双链无关）。但是得排除一些情况，比如我们常见的miRNA、tRNA等等。这些RNA的确能跟互补序列形成稳定的二级结构，但是，这些RNA在行使功能的时候往往有蛋白的参与。这些蛋白最基本的作用是：防止RNA或者RNA与作用靶标被RNase识别并降解。最好的例子就是当你转siRNA的时候是必须要加修饰的，否则它们与Ago等形成复合体之前就没了。然后是一条RNA链内部的二级结构，也就是我们常说的dsRNA。虽然目前为止没有太好的in vivo测量RNA结构的方法，但RNA内部稳定二级结构（尤指mRNA）应该是广泛存在的。这里有几个证据：ADAR。ADAR全称是作用在RNA上的腺嘌呤脱氨酶，作用是将dsRNA上的某些A脱氨变成Inosine（I），在强调碱基匹配的时候Inosine可以表现为G。而且，A-to-I一般发生在A-U或A-C匹配上（与ADAR结构有关），而从数据上看被编辑后的RNA没有必然变得更松散或更紧密。

microRNAs（miRNA）种约21-23碱基单链RNA由具发夹结构约70-90碱基单链RNA前体经Dicer酶加工同于siRNA（双链）siRNA密切相关据推测些非编码RNA（miRNA）参与调控基表达其机制区别于siRNA接mRNA降解第确认miRNA线虫发现lin－4let－7随研究组包括类、蝇、植物等种物物种鉴别数百miRNA miRNA高等物基组编码,通靶基mRNA碱基配引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译其物种进化总相保守植物、物真菌发现miRNAs特定组织发育阶段表达miRNA组织特异性序性决定组织细胞功能特异性表明miRNA细胞发育程调节程其种作用 microRNAs作用机制 miRNA类细胞物或植物基组前体mRNA内含miRNA独立转录单位或miRNA基簇编码19-25核苷酸内源性单链RNA转录水平沉默特定基物体基表达起精细调节作用[1]绝数miRNA基RNA聚合酶Ⅱ作用形较茎环结构称初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）pri- miRNADrosha-DGCR8复合体作用形度约60-70核苷酸发夹状RNA前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)随pre- miRNAExprotin－5复合物[2]作用转运胞核胞浆由Dicer剪切miRNA复合体 miRNA复合物（RNA－induced silencing comlexRISC）[1]与该miRNA3"翻译区（3"UTR）结合位于胞浆P－body（processing bady）[3]：miRNA与靶mRNA匹配完全则该复合体降解mRNA；若两者序列部匹配尤其miRNA5"端2-8称种序列（seed sequence）核苷酸与靶mRNA匹配完则通抑制靶mRNA翻译沉默特定基外某些miRNAmiRNA－16能够特异结合于某些基3"UTA富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组RISC区蛋白与TTP结合改变相应mRNA半衰期加速靶mRNA降解 外miRNA能抑制5"UTR含内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）靶标[4] miRNA表达调控机制 ①顺调控元件 数miRNA基核启区域含TA盒并且含影响miRNA表达细胞特异转录调节元件miRNAs作转录重要靶细胞功能调控发挥核作用 ②表观遗传 近些研究提示表观遗传变化影响miRNA 基调节miRNA表达析基于miRNAse（release 8.0）数据库332miRNA基序列发现其155miRNA基序列游或游2000bp处含CG岛miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]miR－370[8]基均含CpG岛并且相应肿瘤组织呈现高度甲基化些miRNA肿瘤甲基化沉默导致靶基－原癌基（BCL6CDK6MAP3K8等）表达促进肿瘤发育转录PRDM5能参与调解miRNAs基表观遗传变化HEK293细胞PRDM5募集蛋白甲基化转移酶G9a类组蛋白乙酰基酶等组蛋白修饰has－mir－135b基启区域行使抑制功能[9],miRNA癌症细胞表达般低于组织细胞表明数miRNAs能作肿瘤抑制发挥作用原癌基低度甲基化肿瘤抑制基高度甲基化认癌症表观遗传主要决定素miRNAs基肿瘤异甲基化使表观遗传调控癌症机理更加复杂 ③单核苷酸态性 存于pri－mRNAspri－mRNA或熟miRNAs基序列单核苷酸态性（single nucleotide polymorphismSNP）能够潜影响miRNA调节细胞功能络miRNA基或靶结合位点及其临近靶位点区域态变化于miRNA物合及靶位点选择抑制效应据重要意义 ④RNA编辑 （RNA editing）基初级转录物增删或取代某些核苷酸改变遗传信息程调节基表达RNA编辑miRNA调控基默程其重要作用仅影响miRNA表达且影响特异miRNA靶向调控外At编辑能存于靶种互补区域

找公司弄，大概1000吧，给3条。还有对照

siRNA指的是小干扰RNA。小干扰RNA有时称为短干扰RNA或沉默RN，是一个长20到25个核苷酸的双股RNA，在生物学上有许多不同的用途。已知siRNA主要参与RNA干扰现象，以带有专一性的方式调节基因的表达。此外，也参与一些与RNAi相关的反应途径。扩展资料：siRNA具有明确定义的结构，具有磷酸化5"末端的短双链RNA和具有两个突出核苷酸的羟基化3"末端。该切酶酶催化生产的siRNA由长的dsRNA和小发夹RNA。由于原则上任何基因都可以被具有互补序列的合成siRNA敲低，因此siRNA是在后基因组时代验证基因功能和药物靶向的重要工具。参考资料来源：百度百科—siRNA

Small interfering RNA (siRNA)：是一种小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员，激发与之互补的目标mRNA的沉默。RNA干涉(RNAinterference，RNAi)是指内源性或外源性双链RNA(dsRNA)介导的细胞内mRNA发生特异性降解，从而导致靶基因的表达沉默，产生相应的功能表型缺失的现象.RNA干涉（RNAi）在实验室中是一种强大的实验工具，利用具有同源性的双链RNA（dsRNA）诱导序列特异的目标基因的沉寂，迅速阻断基因活性。siRNA在RNA沉默通路中起中心作用，是对特定信使RNA（mRNA）进行降解的指导要素。siRNA是RNAi途径中的中间产物，是RNAi发挥效应所必需的因子。siRNA的形成主要由Dicer和Rde-1调控完成。由于RNA 病毒入侵、转座子转录、基因组中反向重复序列转录等原因,细胞中出现了dsRNA，Rde-1(RNAi缺陷基因-1)编码的蛋白质识别外源dsRNA，当dsRNA达到一定量的时候，Rde-1引导dsRNA与Rde-1编码的Dicer（Dicer是一种RNaseIII 活性核酸内切酶，具有四个结构域：Argonaute家族的PAZ结构域，III型RNA酶活性区域，dsRNA结合区域以及DEAH/DEXHRNA解旋酶活性区）结合，形成酶-dsRNA复合体。Dicer 切割后形成siRNA，然后，在ATP的参与下，细胞中存在的一种RNA诱导的沉默复合体RNA-induced silencing complex RNAi干涉的关键步骤是组装RISC和合成介导特异性反应的siRNA蛋白。siRNA并入RISC中，然后与靶标基因编码区或UTR区完全配对，降解靶标基因，因此说siRNA只降解与其序列互补配对的mRNA。其调控的机制是通过互补配对而沉默相应靶位基因的表达，所以是一种典型的负调控机制。siRNA识别靶序列是有高度特异性的，因为降解首先在相对于siRNA来说的中央位置发生，所以这些中央的碱基位点就显得极为重要，一旦发生错配就会严重抑制RNAi的效应。RNAi在基因沉默(silent gene)方面具有高效性和简单性，所以是基因功能研究的重要工具。大多数药物属于标靶基因（或疾病基因）的抑制剂，因此RNAi 模拟了药物的作用，这功能丢失（LOF)的研究方法比传统的功能获得（GOF)方法更具优势。因此, RNAi 在今天的制药产业中是药物靶标确认的一个重要工具。同时，那些在靶标实验中证明有效的siRNA/shRNA本身还可以被进一步开发成为RNAi药物。在药物标靶发现和确认方面，RNAi技术已获得了广泛的应用。生物技术公司或制药公司通常利用建立好的RNAi文库来引入细胞，然后通过观察细胞的表型变化来发现具有功能的基因。如可通过RNAi文库介导的肿瘤细胞生长来发现能抑制肿瘤的基因。一旦所发现的基因属于可用药的靶标（如表达的蛋白在细胞膜上或被分泌出细胞外），就可以针对此靶标进行大规模的药物筛选。此外，被发现的靶标还可用RNAi技术在细胞水平或动物体内进一步确认。在疾病治疗方面，双链小分子RNA或siRNA已被用于临床测试用于几种疾病治疗，如老年视黄斑退化、肌肉萎缩性侧索硬化症、类风湿性关节炎、肥胖症等。在抗病毒治疗方面，帕金森病等神经系统疾病已经开始初步采用RNA干扰疗法。肿瘤治疗方面也已经取得了一些成果。

很明显不是siRNA是RNA干扰中的诱导形成RISC复合物，进而进行RNA干扰，抑制翻译的短dsRNA。而guideRNA是RNA编辑中，具有与mRNA互补序列的RNA.gRNA分子是能通过正常的碱基配对途径，或通过G—U配对方式与mRNA上的互补序列配对，编辑前的mRNA分子中删除A，由gRNA和mRNA形成了一个杂合分子，可以为插入U提供模板，这样被删除的A又重新插入杂合分子中的mRNA部分。完成后，guideRNA解离，mRNA用作翻译模板。

在低等生物中同时存在miRNA和siRNA，在高等生物中只有miRNA，但可以通过外源转入siRNA起作用miRNA的结合位点通常位于3`UTR，而siRNA不确定miRNA和其target是不完全互补，一般只有2-8位的碱基是完全互补的，而siRNA是完全互补配对siRNA的作用结果是使mRNA剪切，而miRNA有的是剪切，有的只是结合上去抑制翻译siRNA是一对一的，一条siRNA只针对一个基因，而miRNA是一对多的，一条可以抑制很多基因大概就这些吧有啥不明白再问吧

反义RNA是指能与靶RNA互补的RNA,包括内源性的miRNA和外源性的siRNA. miRNA：MicroRNA（miRNA,微RNA）为长度为22nt左右的5′端带磷酸基团、3′端带羟基的非蛋白编码的调控小RNA家族. siRNA：小或短干扰 RNA(small/short interfering RNA, siRNA)是一类 20-25 个核苷酸长度 的双链 RNA 分子,其主要在 RNAi 通路中起作用,干扰特异基因的表达. miRNA与siRNA的不同点： 1.根本区别是miRNA是内源的,是生物体的固有因素；而siRNA是人工体外合成的,通过转染进入人体内,是RNA干涉的中间产物. 2.结构上,miRNA是单链RNA,而siRNA是双链RNA. 3.Dicer酶对二者的加工过程不同,miRNA是不对称加工,miRNA仅是剪切pre-miRNA的一个侧臂,其他部分降解；而siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂. 4.在作用位置上,miRNA主要作用于靶标基因3′-UTR区,而siRNA可作用于mRNA的任何部位. 5.在作用方式上,miRNA可抑制靶标基因的翻译,也可以导致靶标基因降解,即在转录水平后和翻译水平起作用,而siRNA只能导致靶标基因的降解,即为转录水平后调控. 6.miRNA主要在发育过程中起作用,调节内源基因表达,而siRNA不参与生物生长,是RNAi的产物,原始作用是抑制转座子活性和病毒感染.

miRNA与siRNA的不同点表现在：本质不同、结构不同、加工过程不同。1、本质不同miRNA是内源的，是生物体的固有因素；而siRNA是人工体外合成的，通过转染进入人体内，是RNA干涉的中间产物。2、结构不同miRNA是单链RNA，而siRNA是双链RNA。3、加工过程不同miRNA是不对称加工，miRNA仅是剪切pre-miRNA的一个侧臂，其他部分降解；而siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。miRNA的特点1、长度大约是22nt，已经知道的miRNA中21-23nt的超过80%；2、具有能形成分子内茎环结构的前体。植物中前体大小的变化范围较大，可以从几十到数百个核苷酸，而在动物中前体大小的变化范围较小，一般在60-80nt。而且miRNA基因在基因组中有多种存在形式，有单拷贝，多拷贝或基因簇等形式。3、几乎所有的miRNA都是从前体一条臂上加工而来，只有极少数的miRNA是从前体的两条臂同时加工产生的。

反义RNA是指能与靶RNA互补的RNA，包括内源性的miRNA和外源性的siRNA.miRNA：MicroRNA（miRNA,微RNA）为长度为22nt左右的5′端带磷酸基团、3′端带羟基的非蛋白编码的调控小RNA家族。siRNA：小或短干扰RNA(small/shortinterferingRNA,siRNA)是一类20-25个核苷酸长度的双链RNA分子,其主要在RNAi通路中起作用,干扰特异基因的表达。miRNA与siRNA的不同点：1.根本区别是miRNA是内源的，是生物体的固有因素；而siRNA是人工体外合成的，通过转染进入人体内，是RNA干涉的中间产物。2.结构上，miRNA是单链RNA，而siRNA是双链RNA。3.Dicer酶对二者的加工过程不同，miRNA是不对称加工，miRNA仅是剪切pre-miRNA的一个侧臂，其他部分降解；而siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。4.在作用位置上，miRNA主要作用于靶标基因3′-UTR区，而siRNA可作用于mRNA的任何部位。5.在作用方式上，miRNA可抑制靶标基因的翻译，也可以导致靶标基因降解，即在转录水平后和翻译水平起作用，而siRNA只能导致靶标基因的降解，即为转录水平后调控。6.miRNA主要在发育过程中起作用，调节内源基因表达，而siRNA不参与生物生长，是RNAi的产物，原始作用是抑制转座子活性和病毒感染。

反义RNA是指能与靶RNA互补的RNA，包括内源性的miRNA和外源性的siRNA.miRNA：MicroRNA（miRNA,微RNA）为长度为22nt左右的5′端带磷酸基团、3′端带羟基的非蛋白编码的调控小RNA家族。siRNA：小或短干扰 RNA(small/short interfering RNA, siRNA)是一类 20-25 个核苷酸长度 的双链 RNA 分子,其主要在 RNAi 通路中起作用,干扰特异基因的表达。 miRNA与siRNA的不同点：1.根本区别是miRNA是内源的，是生物体的固有因素；而siRNA是人工体外合成的，通过转染进入人体内，是RNA干涉的中间产物。2.结构上，miRNA是单链RNA，而siRNA是双链RNA。3.Dicer酶对二者的加工过程不同，miRNA是不对称加工，miRNA仅是剪切pre-miRNA的一个侧臂，其他部分降解；而siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。4.在作用位置上，miRNA主要作用于靶标基因3′-UTR区，而siRNA可作用于mRNA的任何部位。5.在作用方式上，miRNA可抑制靶标基因的翻译，也可以导致靶标基因降解，即在转录水平后和翻译水平起作用，而siRNA只能导致靶标基因的降解，即为转录水平后调控。6.miRNA主要在发育过程中起作用，调节内源基因表达，而siRNA不参与生物生长，是RNAi的产物，原始作用是抑制转座子活性和病毒感染。

Small interfering RNA (siRNA)：是一种小RNA分子（~21-25核苷酸）,由Dicer（RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶）加工而成.SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默.与小分子siRNAs相比,尽管两者在分子特性、生物起源等方面是相似的,但也存在不少的差异.siRNAs是由dsDNA在Dicer酶切割下产生,而成熟miRNAs的产生要复杂一些,首先pri-miRNA在核内由一种称为Drosha酶处理后成为大约70nt的带有茎环结构的Precursor miRNAs (pre-miRNAs)(Denli et al.,2004; Gregory et al.,2004; Han et al.,2004)；这些pre-miRNAs在Exportin-5帮助下转运到细胞核外之后再由胞质Dicer酶进行处理,酶切后成为成熟的miRNAs(Lund et al.,2004; Yi et al.,2003).两者的作用机制上也存在差别,成熟的miRNAs则是通过与miRNP核蛋白体复合物结合,识别靶mRNA,并与之发生部分互补,从而阻遏靶mRNA的翻译.在动物中,成熟的单链miRNAs与蛋白质复合物miRNP结合,引导这种复合物通过部分互补结合到mRNA的3′UTR（非编码区域）,从而阻遏翻译.而在siRNA通路中,单链的siRNA结合到RISC复合物中,引导复合物与mRNA完全互补,通过其自身的解旋酶活性,解开siRNAs,通过反义siRNA链识别目的mRNA片段,通过内切酶活性切割目的片段,接着再通过细胞外切酶进一步降解目的片段.除此之外,miRNA也可以切割完全互补的mRNA,而siRNA也可以阻遏3′UTR具有短片断互补的mRNA的翻译.

两个在RNAi途径的基因沉默中具有实质利害关系的是双链小干扰RNA（siRNA）和基于载体的短发夹RNA（shRNA）。虽然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。不管是长的双链RNA还是短的约21bp碱基对的双链都能够直接被转运到组织培养的细胞中。虽然有一些报道提到siRNA在转染细胞时是被转运到细胞核中的，但更普遍的看法是它们在细胞质中聚集。长的双链RNA与Dicer一起形成复合物，双链特异性的核糖核酸酶III能够将它们处理成带有两个游离碱基的长度为21-23nt的siRNA。随后这些siRNA片段与RISC结合，RISC由Argonaute-2 （Ago-2）、Dicer和TAR-RNA-结合蛋白（TRBP）组成。然后RNA的两条链分开，其中一条链从复合物上分离。5"端双链稳定性最低的那条链被选择出来，稳定的并入沉默复合物中。扩展资料早在1984年人们就发现反义RNA能够抑制基因的表达。1993年，Nellen和Lichtenstein提出了一个模型来解释这个观察。然而，直到1998年，Fire等人发表了在线虫RNA干扰的结果，他们发现双链RNA在抑制基因表达方面实际上比单链RNA更有效。最终确定小RNA途径涉及的蛋白质组分有许多与RNA干扰途径一样。图中总结了RNA干扰机制的主要元件。它们包括锁定靶基因的双链RNA（siRNA或shRNA）、Dicer酶，Argonaute蛋白家族的蛋白质（具体来说是Ago-2）、Drosha、RISC、TRBP和PACT。

Small interfering RNA (siRNA)：是一种小RNA分子（~21-25核苷酸）,由Dicer（RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶）加工而成.SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默.与小分子siRNAs相比,尽管两者在分子特性、生物起源等方面是相似的,但也存在不少的差异.siRNAs是由dsDNA在Dicer酶切割下产生,而成熟miRNAs的产生要复杂一些,首先pri-miRNA在核内由一种称为Drosha酶处理后成为大约70nt的带有茎环结构的Precursor miRNAs (pre-miRNAs)(Denli et al.,2004; Gregory et al.,2004; Han et al.,2004)；这些pre-miRNAs在Exportin-5帮助下转运到细胞核外之后再由胞质Dicer酶进行处理,酶切后成为成熟的miRNAs(Lund et al.,2004; Yi et al.,2003).两者的作用机制上也存在差别,成熟的miRNAs则是通过与miRNP核蛋白体复合物结合,识别靶mRNA,并与之发生部分互补,从而阻遏靶mRNA的翻译.在动物中,成熟的单链miRNAs与蛋白质复合物miRNP结合,引导这种复合物通过部分互补结合到mRNA的3′UTR（非编码区域）,从而阻遏翻译.而在siRNA通路中,单链的siRNA结合到RISC复合物中,引导复合物与mRNA完全互补,通过其自身的解旋酶活性,解开siRNAs,通过反义siRNA链识别目的mRNA片段,通过内切酶活性切割目的片段,接着再通过细胞外切酶进一步降解目的片段.除此之外,miRNA也可以切割完全互补的mRNA,而siRNA也可以阻遏3′UTR具有短片断互补的mRNA的翻译.

同一microrna在不同细胞中对同一基因会不会起不同调控作用microRNAs（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链），但是和siRNA密切相关。据推测，这些非编码小分子RNA（miRNA）参与调控基因表达，但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin－4和let－7，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。microRNAs的作用机制miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。随后，pre- miRNA在Exprotin－5复合物[2]的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体， miRNA复合物（RNA－induced silencing comlex，RISC）[1]与该miRNA的3"翻译区（3"UTR）结合到位于胞浆的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5"端2-8个被称为种子序列（seed sequence）的核苷酸与靶mRNA匹配完好，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能够特异结合于某些基因3"UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。此外，miRNA也可能抑制5"UTR含有内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶标分子[4]。miRNA的表达调控机制①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒，并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。②表观遗传学 最近一些研究提示，表观遗传学变化会影响miRNA 基因，从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse（release 8.0）数据库的332个人miRNA基因序列时，发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG岛，并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化，这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表达，从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has－mir－135b基因的启动子区域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞，这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。③单核苷酸多态性 存在于pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时，于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。④RNA编辑 （RNA editing）是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程，从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用，不仅影响miRNA表达，而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外，At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。

microRNAs（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链），但是和siRNA密切相关。据推测，这些非编码小分子RNA（miRNA）参与调控基因表达，但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin－4和let－7，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。microRNAs的作用机制miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。随后，pre- miRNA在Exprotin－5复合物[2]的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体， miRNA复合物（RNA－induced silencing comlex，RISC）[1]与该miRNA的3"翻译区（3"UTR）结合到位于胞浆的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5"端2-8个被称为种子序列（seed sequence）的核苷酸与靶mRNA匹配完好，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能够特异结合于某些基因3"UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。此外，miRNA也可能抑制5"UTR含有内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶标分子[4]。miRNA的表达调控机制①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒，并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。②表观遗传学 最近一些研究提示，表观遗传学变化会影响miRNA 基因，从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse（release 8.0）数据库的332个人miRNA基因序列时，发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG岛，并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化，这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表达，从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has－mir－135b基因的启动子区域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞，这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。③单核苷酸多态性 存在于pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时，于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。④RNA编辑 （RNA editing）是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程，从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用，不仅影响miRNA表达，而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外，At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。

microRNAs（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链），但是和siRNA密切相关。据推测，这些非编码小分子RNA（miRNA）参与调控基因表达，但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin－4和let－7，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。microRNAs的作用机制miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。随后，pre- miRNA在Exprotin－5复合物[2]的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体， miRNA复合物（RNA－induced silencing comlex，RISC）[1]与该miRNA的3"翻译区（3"UTR）结合到位于胞浆的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5"端2-8个被称为种子序列（seed sequence）的核苷酸与靶mRNA匹配完好，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能够特异结合于某些基因3"UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。此外，miRNA也可能抑制5"UTR含有内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶标分子[4]。miRNA的表达调控机制①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒，并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。②表观遗传学 最近一些研究提示，表观遗传学变化会影响miRNA 基因，从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse（release 8.0）数据库的332个人miRNA基因序列时，发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG岛，并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化，这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表达，从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has－mir－135b基因的启动子区域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞，这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。③单核苷酸多态性 存在于pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时，于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。④RNA编辑 （RNA editing）是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程，从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用，不仅影响miRNA表达，而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外，At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。

microRNAs（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链），但是和siRNA密切相关。据推测，这些非编码小分子RNA（miRNA）参与调控基因表达，但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin－4和let－7，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。microRNAs的作用机制miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。随后，pre- miRNA在Exprotin－5复合物[2]的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体， miRNA复合物（RNA－induced silencing comlex，RISC）[1]与该miRNA的3"翻译区（3"UTR）结合到位于胞浆的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5"端2-8个被称为种子序列（seed sequence）的核苷酸与靶mRNA匹配完好，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能够特异结合于某些基因3"UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。此外，miRNA也可能抑制5"UTR含有内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶标分子[4]。miRNA的表达调控机制①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒，并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。②表观遗传学 最近一些研究提示，表观遗传学变化会影响miRNA 基因，从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse（release 8.0）数据库的332个人miRNA基因序列时，发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG岛，并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化，这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表达，从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has－mir－135b基因的启动子区域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞，这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。③单核苷酸多态性 存在于pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时，于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。④RNA编辑 （RNA editing）是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程，从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用，不仅影响miRNA表达，而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外，At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。

转染microrna mimics之后靶基因mrna会降低microRNAs（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小分子RNA，是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（双链），但是和siRNA密切相关。据推测，这些非编码小分子RNA（miRNA）参与调控基因表达，但其机制区别于siRNA接到的mRNA降解。第一个被确认的miRNA是在线虫中发现的lin－4和let－7，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百个miRNA。miRNA有高等生物基因组编码,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或阻碍其翻译。其在物种进化总相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNAs只在特定的组织和发育阶段表达，miRNA组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中其多种作用。microRNAs的作用机制miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用[1]。绝大多数miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成较长的茎环结构，称为初级miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8复合体的作用下形成长度约60-70个核苷酸的发夹状RNA，成为前体miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。随后，pre- miRNA在Exprotin－5复合物[2]的作用下被转运出胞核，在胞浆中由Dicer剪切成为miRNA复合体， miRNA复合物（RNA－induced silencing comlex，RISC）[1]与该miRNA的3"翻译区（3"UTR）结合到位于胞浆的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA与靶mRNA匹配完全，则该复合体降解mRNA；若两者序列部分匹配，尤其是miRNA的5"端2-8个被称为种子序列（seed sequence）的核苷酸与靶mRNA匹配完好，则通过抑制靶mRNA的翻译来沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能够特异结合于某些基因3"UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指导Ago等组成RISC区的蛋白与TTP结合，从而改变相应mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。此外，miRNA也可能抑制5"UTR含有内部核糖体进入位点（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶标分子[4]。miRNA的表达调控机制①顺时调控元件 大多数miRNA基因的核心启动子区域含有TA盒，并且含有影响miRNA表达的细胞特异转录调节元件。miRNAs作为转录因子重要的靶分子在细胞功能调控中发挥核心作用。②表观遗传学 最近一些研究提示，表观遗传学变化会影响miRNA 基因，从而调节miRNA表达。分析基于miRNAse（release 8.0）数据库的332个人miRNA基因序列时，发现其中155个miRNA的基因序列上游或下游2000bp处含有CG岛在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG岛，并且在相应地肿瘤组织中呈现高度甲基化，这些miRNA在肿瘤中的甲基化沉默将导致他们的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表达，从而促进肿瘤发育。转录因子PRDM5可能参与了调解miRNAs基因的表观遗传学变化。在HEK293细胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化转移酶G9a和一类组蛋白去乙酰基酶等组蛋白修饰到has－mir－135b基因的启动子区域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症细胞中的表达一般低于正常组织细胞，这表明多数miRNAs可能作为肿瘤抑制因子而发挥作用。原癌基因的低度甲基化和肿瘤抑制基因的高度甲基化被认为是癌症表观遗传学的主要决定因素。miRNAs基因在肿瘤中的异常甲基化使表观遗传学调控癌症机理更加复杂。③单核苷酸多态性 存在于pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）能够潜在地影响miRNA调节的细胞功能网络。miRNA基因或靶结合位点及其临近靶位点区域的多态变化时，于miRNA的生物合成及靶位点选择和抑制效应据重要的意义。④RNA编辑 （RNA editing）是基因在初级转录物上增删或取代某些核苷酸而改变遗传信息的过程，从而可调节基因的表达。RNA编辑在miRNA调控基因默过程中其重要作用，不仅影响miRNA表达，而且影响特异miRNA的靶向分子的调控。此外，At编辑也有可能存在于靶分子的种子互补区域。

Dicer-dependent意思是Dicer酶的依赖性。Dicer酶是一种核糖核酸内切酶，属于RNase III家族中特异识别双链RNA的一员，它能以一种ATP依赖的方式逐步切割由外源导入或者由转基因，病毒感染等各种方式引入的双链RNA，切割将RNA降解为19-21bp的双链RNAs(dsRNAs)，每个片段的3"端都有2个碱基突出。在研究RNA干扰机制的过程中，Bernstein等从已经发生RNA干扰的果蝇S2细胞中纯化了一种核酸酶Dicer，从中分离出21~23个碱基对的dsRNA片段。说明该核酸酶具有序列特异性，它能降解与dsRNA具有同源序列的mRNA。研究表明Dicer是来自果蝇RNA干扰必须的RNaseIII型蛋白，含有一个解旋酶、结构域、富含谷氨酸区、一个PAZ结构域、PiWi区、RNaseIII和dsRNA结合区。Dicer在催化过程中以二聚体的形式出现，其催化结构域在dsRNA上反平行排列，形成4个活性位点，但只有两侧的2个位点有内切核酸酶活性。Dicer的作用机制Bernstein认为分二步:第一步：Dicer结合到dsRNA，dsRNA被加工成许多短片段，每个片段约22nt。第二步：22nt的siRNA通过PAZ与含有PAZ的Argonaute蛋白结合，而RNase与后者形成多个亚单元的复合物，这样使得22ntsiRNA特异性的决定靶基因的降解反应。这个22ntsiRNA被称为引导RNA，它可以将多单元复合物引到靶基因mRNA处。因为有引导siRNA在起作用，所以只要有少量的dsRNA就可以引发大量的切割mRNA反应。

阎罗是印度教的死神、祖先之王、灵魂归宿的最终审判者。他也被称为“克制者”、Pretaraja 或“鬼王”、Dharmaraja 或“正义之王”，因为 Daksinasapati 被认为是南区的摄政王。Yama 也可以简称为“死亡”——Antaka、Kala 或 Mrtyu。由于他的好责任决策提供依据一个人的事迹记载，上帝特别与规则相关的法律。阎罗王也出现在伊朗神话、中国和日本传统神话以及佛教元素中。 Yama 的家庭关系 Yama是太阳神Vivasvat（或其他版本中的Visvavasu）的儿子，他的母亲是Saranyu-Samjna（良心）。他是 Manu 或 Vaivasvata 的兄弟，他还有一个双胞胎姐妹 Yami（或 Yamuna）。在某些神话中，Yama 和 Yami 是最早的人类和人类的创造者，但在其他版本中，Yama 是第一个死去的人类，因此是第一个进入下一个世界的人。Yama被认为是Yudhisthira的父亲，Yudhisthira是潘杜五王子之一。他的妻子是赫玛马拉、维贾亚和苏西拉。 阎魔作为灵魂审判者 与其他文化中的死神或冥界之神不同，阎摩并不总是被描述为恶人的惩罚者。不过，有些人害怕这位神明，尤其是因为他的两只大猎犬。这些可怕的生物有四只眼睛，它们守护着死者到达阎摩的必经之路。这些狗有时会被送到活人的世界，以向阎罗王招手。在其他版本中，一只鸟执行这项职责，将死者召唤到阴暗的冥界深处的神之城Yamapura。在另一个版本中，Agni（印度教火神，Yama 和 Yami 的儿子）将死者带到 Yama。 善良的人将享受永恒的幸福，并在天上像星星一样闪耀 当灵魂抵达阎罗王的卡利奇宫时，他们首先会遇到阎罗王的看门人 Vaidhyata，然后两名侍者 Kalapurusa 和 Chanda（或 Mahachanda）将他们带到大神面前。首先，他们的世俗行为由 Yama 的抄写员 Citragupta 宣读，他查阅了大量登记册，Agrasandhani。根据这个证据，阎罗王坐在他的审判宝座上（Vicarabhu），并考虑他可以使用的三个选项。第一种也是最好的方法是通过喝索玛来获得永生并被送去永远与智慧和圣洁的 pitrs 或 Manes 一起生活，Yama 是他们的国王。在这里，善良的人们将享受永恒的幸福，并像天上的星星一样闪耀。第二种选择是被送回这个世界并重生，以重新过上美好的生活，尽管不一定是作为一个人。第三个也是最糟糕的选择是被送入 21 级地狱；等级越低，惩罚越重。 阎魔的诅咒 阎摩出现在往世书的一个不讨人喜欢的情节中。试图踢他的母亲 Samjna（或另一个版本的 Chaya，他父亲的女仆之一），Yama 只成功地从他的潜在受害者那里得到了诅咒。他被判有一条严重受伤的腿，从未痊愈并被蛆虫侵扰。对 Yama 来说幸运的是，他的父亲给了他一只公鸡，它吃掉了他腿上的所有害虫，最终他康复了，即使他永久受损的腿此后为他赢得了 Sirnapada 或“干瘪脚”的名字。 艺术中的阎罗 在印度教艺术中，阎罗王经常被描绘成绿色或蓝色的皮肤，穿着红色的长袍。他的交通工具是一头水牛（或大象），他经常携带一个由太阳的一部分制成的狼牙棒或棍棒和一个绞索，后者象征着他作为灵魂捕手的角色。事实上，他有时被称为帕西，“套索携带者”。 在 *** ，Yama 被称为 Gsin-rje，神经常被描绘成一张恶魔般的面孔并恶毒地踩在某人身上。Yama 以类似姿势出现在柬埔寨吴哥窟的浮雕上。最后，他是许多中国寺庙中熟悉的雕像人物，在那里他被称为Yen-lo wang。

给你推荐pharminova公司的一种转染试剂Ifect RNA：下面的步骤以24孔板转染 siRNA到哺乳动物细胞为例贴壁细胞：转染前一天，接种 80,000 个细胞到每孔含 500μL不含抗生素的培养基的细胞培养板中，到转染时细胞融合度大致为 70－95％。准备转染复合物：转染的每孔体积和量1. siRNA准备：在 microfuge tube中添加5%葡萄糖溶液稀释 0.25?g（~19pmol）siRNA至12.5μL。2. ifectRNA试剂准备：在另一个 microfugetube中，加入 1 ?L的 ifectRNA试剂，添加11.5 μL 5%葡萄糖溶液至总体积 12.5μL。3. 配置转染复合物：将稀释的siRNA溶液加入配好的 ifectRNA试剂溶液中（总体积＝25μL）。混合均匀，在室温孵育 10分钟。添加转染复合物至每孔：4. 添加 25μL的转染复合物到含有细胞和培养基的培养板每孔中。5. 将添加转染复合物的培养板放入 37℃二氧化碳培养箱中孵化 24－48小时。6. 24-48小时后，检测基因转染效果。问题处理:1. 提高各种不同的细胞系的转染效率，可以通过提高或降低每孔转染复合物加入量。在改变质粒DNA浓度时候，请保持 DNA量和ifectDNA体积比例（e.g. 1 μg DNA : 4 μL ifectDNA）