1989年，光华教育基金会在北京大学设立光华奖学金。除光华奖学金外，1994年北京大学与光华教育基金会签定合作办学协议，工商管理学院改名为光华管理学院。光华教育基金会长期支持北京大学光华管理学院的发展。 2006年9月25日，浙江大学校长杨卫院士与光华教育基金会董事长、台湾润泰集团总裁尹衍梁先生，签署了建设“浙江大学光华法学院”的协议书，向浙江大学投资一个亿。但是由于光华教育基金会在浙江大学光华法学院特立独行，设立了所谓的教授委员会并由台湾教授陈长文担任主席。2009年4月3日，台湾光华教育基金会捐资建设西安交通大学医学院签约仪式暨捐赠典礼在教学主楼报告厅举行，中国国民党荣誉主席连战及夫人连方瑀、副主席林丰正、中央评议会主席黄大洲，台湾光华教育基金会总干事、润泰集团总裁尹衍梁，润泰集团医疗体系执行长、中国工程院院士张心湜，台湾阳明大学校长吴妍华，中共陕西省委副秘书长杨志刚，西安交大党委书记王建华、校长郑南宁及省台办负责人等出席了捐赠典礼。全国人大常委、西安交大副校长蒋庄德主持典礼。由尹衍梁、郑南宁代表双方在协议书上庄严签字，尹衍梁代表台湾光华教育基金会将一亿元人民币支票交到郑南宁手中。西安交大向尹衍梁赠致谢牌匾，牌匾上刻着“光华捐赠，惠泽教学，富国益民，利在当代，功在千秋，全体师生，深表谢忱！” 2010年4月20日，台湾光华教育基金会与南京大学签署协议，双方决定在5年内共同出资6000万元设立“南京大学人文基金”，以促进与文化软实力相关的人文科学发展，提升中华文化在世界的影响力。台湾光华教育基金会（Kwang-Hua Education Foundation）董事长尹衍梁与南京大学校长陈骏20日在南京就合作设立“南京大学人文基金”签署协议。根据协议，光华教育基金会将在连续5年内每年投入人民币480万元，共计2400万元用以支持南京大学文史哲等人文科学的建设和发展。据介绍，基金将用于师资建设、专项研究、学术交流、科研支撑体系建设等4个方面。为此，南京大学人文基金将面向文科院系设立专项教席，聘请国内外一流大学知名学者来校任教；设立“中青年教师专项研究基金”，以工作坊（workshop）为主开展专项研究，鼓励文史哲学科交叉，鼓励海内外合作；并分配资金用于“南京大学博物馆建设”“文史哲研究数据库与网络建设”“专项研究成果出版”等项目。
