如何用oligo设计基因敲除的引物

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。设计的引物，上游对应的是基因组的正向，下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补，就可以对应了。

DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁就是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。底下原始链是3"-5"，所以引物加上去相当于是前导链，是连续复制的；而上面的原始链是5"-3"，所以引物加上去相当于是后随链，是半不连续复制。

先说上游。DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。引物的概念我就不说了，看摆渡百科。然后DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5"端的引物。同DNA负链互补，同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看．

上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5"端的，下游引物是靠近3‘端的。

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

上游引物：Forward primer,F-引物,又称为正向引物； 下游引物：Reverse primer,R-引物,又称为反向引物.

因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补；另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。引物序列的 GC 含量一般为 40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC含量不能相差太大。引物设计的基本原则：①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。②引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。③引物内部不应出现互补序列。④两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。扩展资料引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力，即引物应该跨外显子，最好是引物能跨外显子的接头区，这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物，你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。关于BLAST的作用应该是通过比对，发现你所设计的这个引物，在已经发现并在GENEBANK中公开的全部物种基因序列当中，除了和你的目标基因之外，还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列，如和你的目标序列之外的序列相同的序列，则可能扩出其他序列的产物，那么这个引物的特异性就很差，从而不能用。反向引物（下游引物）是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。正向引物（上游引物）是沿着负链进行不间断延长的。　正链即有义链，也称编码链，一般位于双链DNA上端，方向从左到右为5‘——3"，碱基序列和该基因mRNA基本相同；与该链结合的引物为反向引物。参考资料来源：百度百科-引物

不相同。上游引物是PCR扩增反应中的一种引物，用于扩增目标DNA片段的起始端，通常与模板DNA序列不同。模板编码是指DNA序列中的编码信息，用于指导蛋白质的合成。在PCR扩增反应中，上游引物和下游引物的序列都需要与模板DNA序列互补配对，才能够进行扩增。因此，上游引物和模板编码是不同的概念。

PCR技术中，在上游引物的5"端可以加入限制性内切酶切割位点，以便后续对PCR产物进行克隆、测序等操作。此时限制性内切酶切割位点应该添加在引物的末端，靠近3"端的位置。由于PCR反应是从模板DNA的5"端向3"端延伸合成新链，因此，如果将限制性内切酶切割位点添加在引物的3"端，就可能使得引物在PCR过程中被切割，从而影响PCR扩增效率和结果。因此，一般建议将限制性内切酶切割位点添加在引物的末端，距离3"端适当距离的位置。

上游引物和下游引物分别靶向目的基因的5端和3端。在dna聚合酶的催化下会不断的扩增这一段dna。

翻译不出来。首先在转录水平上能转录出全场mRNA其次但是到翻译水平是，核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动，遇到第一个atg开始翻译，此后遇到终止子停止翻译。因此你的蛋白很难被翻译出来。但是，终止子的效率不是百分之百，可能会有极少量蛋白质翻译出来，但是量太少，没意义。

PCR就是聚合酶链式扩增反应，因为DNA是双链，扩增时就需要同时扩增两条链，需要设计上游和下游引物，同时扩增DNA双链因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补； 另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。　　 引物序列的 GC 含量一般为 40-60%，过高或过低都不利于引发反应。　　上下游引物的 GC含量不能相差太大。　　 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构Hairpin使引物本身复性。　　 这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。　　引物自身不能有连续4个碱基的互补。　　 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体Dimer与Cross dimer的形成。　　 引物之间不能有连续4个碱基的互补。　　 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高应小于4.5kcal/mol，?G 值是指 DNA 双链形成所需的自由能。　　 该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。　　 扩展资料： 反向引物下游引物是沿着正链进行延长的。　　体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。　　 正向引物上游引物是沿着负链进行不间断延长的。　　 正链即有义链，也称编码链，一般位于双链DNA上端，方向从左到右为5"——3"，碱基序列和该基因mRNA基本相同；与该链结合的引物为反向引物； 负链即无义链，也称非编码连，和正链互补，与该链结合的引物为正向引物。　　 PCR反应中有两条引物，即5′端引物和3′引物。　　 设计引物时以一条DNA单链为基准常以信息链为基准，5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。　　 引物设计的基本原则： ①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。　　 ②引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。　　ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。　　 ③引物内部不应出现互补序列。　　 ④两个引物之间不应存在互补序列，尤

DNA有终止子的，扩增到终止子的地方就停止了。具体终止子怎么把它终止的，看生化课本吧。不同物种的DNA也不一样。一般给你碱基序列的那条模板，假设为A链，它的互补链是B链。第一次延伸：上游引物是识别B链往下延伸的，它延伸出来的碱基序列跟A链一样。下游引物是识别A链往下延伸，它延伸出来的序列跟B链一样。 5"----------------3"A 3------5 上游引物 下游引物5------3 3"----------------5" 第二次延伸：新合成的链同原始的模板一样也可作为模板扩增。给你个视频网址 这里面讲的很清楚 还是动画的。http://v.youku.com/v_playlist/f1644182o1p8.html

不需要相同，只要退火温度相差不远就行

lz说的是下游引物吧，下游引物是针对反转录时的茎环引物设计的；lz首先要知道你的反转录引物的序列，然后设计与反转录引物的非茎环配对的下游定量引物，上游引物则是特异性结合mirna的引物

第一步：新建序列（或者通过Open直接打开序列）第二步：确定你要设计引物的起始位点,双击下面的序列可以选中一段（暂时先不要管引物长度）第三步：选择作为上游引物Select->Forward Primer,然后你会发现下面的序列上有相关引物第四步：编辑引物,Edit->Forward Primer,可以在文本框中对引物进行添加或删除（在此步骤中加入酶切位点或/和保护碱基）,最下面是发夹结构情况,没有发夹结构最好,参与配对形成发夹结构的碱基对越少越好（此窗口还有Tm等信息）第五步：分析引物Analyze->Duplex Formation->Forward Primer是上游引物形成二聚体情况,不形成最好,参与配对形成二聚体的碱基对越少越好；Analyze->****->Forward Primer（Analyze菜单中有很多可以对引物进行评估的功能,根据菜单名字便可知道）第六步：设计下游引物（同上游引物设计）第七步：将设计好的引物进行检查是否移码等等,然后从中Ctrl+C复制出来,

是5‘端。因为DNA的复制是从5‘到3"，引物的作用是与模板结合并引发后续DNA产物链条的延伸。

上游引物：GAATTCacgcgcaagattagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KODPLUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）下游引物：GCGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）

引物是一小段核苷酸。PCR中，两个引物分别与目地DNA的2条子链的两端互补，也就是如果从图的平面来看：一个引物与上一条链的左端互补，另一个引物与下一条子链的右端互补。所以两个引物的序列是不相同的，这样才不会乱。引物的作用：有了引物分别与子链互补，那些单个的脱氧核苷酸才能够开始连接上去。

是上游引物。正向引物=forwardprimer，反向引物=reverseprimer，只有中文说法里有上游下游，英文里没有。

1、进入Blast网页2、点击Search for short, nearly exact matches3、 在search栏中输入引物系列：注：文献报道ABCG2的引物为5"-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3"5"-TGCCCATCACAACATCATCT-3"（1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。（2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5"——3"。A、输入上游引物 空格 输入下游引物B、输入上游引物 回车 输入下游引物4、 在options for advanced blasting中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】Expect后面的数字改为105、在format中：select from 栏通过菜单选择Homo sapiens【ORGN】. Expect后面的数字填上0 106、 点击网页中最下面的“BLAST！”7、 出现新的网页，点击Format！8、 等待若干秒之后，出现results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。（1）图形格式：图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配通过点击相应的bar可以得到匹配情况的详细信息。 （2）结果信息概要：从左到右分别为：A、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息B、系列的简单描述C、高比值片段对（high-scoring segment pairs, HSP)的字符得分。按照得分的高低由大到小排列。得分的计算公式＝匹配的碱基×2＋0.1。举例：如果有20个碱基匹配，则其得分为40.1。D、E值：代表被比对的两个序列不相关的可能性。【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限，E值太高的就不显示了E、最后一栏有的有UEG的字样，其中：U代表：Unigene数据库 E代表：GEO profiles数据库G代表：Gene数据库（3）结果详细信息：①圈出来的部分代表序列的信息②第一个大括号代表上游引物与该序列的正链【Plus/Plus】的匹配情况：共有21个碱基匹配，得分42.1分【21×2＋0.1＝42.1】，E值为0.020上游引物与序列的2143～2163位点匹配③第二个大括号代表下游引物与该序列的负链【Plus/Minus】的匹配情况：共有20个碱基匹配，得分40.1分【20×2＋0.1＝40.1】，E值为0.077。下游引物与该序列的29360～29379位点互补注意点：①上游引物为20个碱基，为什么会变成21个碱基呢？这是因为下游引物的第一个碱基为T，刚好与系列的2163位点的T匹配，因此下游引物的开头的第一个碱基被当成了上游引物了。同理，上游引物的最后一个碱基为G，被当成了下游引物了。通过寻找有没有与1～20位点、20～40位点完全匹配的序列，就可以避免这个因素的干扰了。 ②为什么与上下游引物匹配的ABCG2序列有多种？A、 为同一个基因来源的不同的mRNA片段B、 为该基因的DNA系列C、 为同一个基因来源的不同的cDNA克隆片段。结果判断：①验证文献报道的引物是否正确：如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因，一般说明你的引物正确性没问题。如果你blast后没有发现你的目的基因，或者分值很低，该引物就可能不适合用②检测该对引物是否可与其它序列匹配，引起PCR的非特异性扩增。如果找到了你的目的基因名称，而且找到了一大批同物种的不同基因，（上下游引物分别搜索到相同的基因），而且分数也较高。这时表明你的引物设计的特异性不高，极有可能在你的扩增产物中出现非特异性产物。

都可以。最排除背景的方法是用交叉引物做菌P，也就是上游引物是载体引物，下游引物是目的基因下游引物，或者上游引物是目的基因上游引物，下游引物是载体下游引物，这样可以最大限度排除背景，只要能扩出来的基本上就可以肯定是重组子了

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

1、多杀性巴氏杆菌的Km t 及toxA 基因 T +Pm具有Km t 及toxA 基因 T Pm具有Km t基因 PCR引物：P1: 5′- A TC CGC TA T TTA CCC A GT GG-3′ P2: 5′-GCT GTA AAC GAA CTC GCC AC-3′ P3: 5′- CTT A GA TGA GCG ACA A GG-3′ P4: 5′- GAA TGC CAC ACC TCT A TA G-3′ 引物P1，P2检测Pm,扩增片段为457bp; 引物P3，P3检测T +Pm，扩增片段为864bp.退火温度56℃，时间30秒2、禽多杀性巴氏杆菌基因序列（U51470） 引物：上游引物：5"-TGC CAA AGT TGC CAA TAC TCC-3" 下游引物：5"-TCC CGT CCT CAT TTC TTG CG-3"退火温度45℃，时间1分钟3、猪巴氏杆菌参考GenBank中猪巴氏杆菌序列设计引物上游PAS1：5"-AgggCACgCAggCggACTTTTA-3" 上游PAS2：5"-ATCgACAgCgTTTACAgCgTggA-3"退火温度56.5℃，时间1分钟4、致病性嗜水气单胞菌（ 嗜水气单胞菌标准株Ah10501）究针对GenBank 中登录的致病性嗜水气单胞菌的溶血素基因( hlyA ) 、气溶素基因( aerA ) 以及为气单胞菌属所特有的内参照基因16S rRNA 保守区设计了3 对特异性引，非致病性分离株均未扩增出毒力基因hlyA 和aerA ,而致病性分离株则至少含有hlyA 基因

“扩增片段长度为542bp”是指：用上游引物（5′-CTCTTTGATGTCACGCACGATTTC-3′）和下游引物 （5′-ATCGTGGGCCGCTCTAGGCACC-3′）进行PCR扩增反应之后，得到上下游引物之间的某个基因特异片段的长度大小，具体是哪个基因的，那么应该是你在设计上下游引物之前就已经确定的。

克隆基因的编码框时，必须从ATG开始或UTR处开始。当你想表达这个基因时，PCR产物必须包括完整的读码框；当你需要该基因融合GFP时，不仅需要从ATG开始，终止密码子必须突变掉，而且目的基因与GFP必须在一个读码框中。而需要监测目的基因的表达水平时，如果使用RT-PCR，则最好是从基因的中上段开始设计引物，因为在RNA提取时，可能得到的部分RNA有小部分降解，或反转录时，只反转录了一部分，没有到ATG这端，因此，从中上有设计的引物更容易监测到目的基因的表达。望采纳！

上游引物：GAATTCacgcgcaaga_tagg（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER?5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同。我用TOYOBO的KOD_LUS的话，就一般引物设计18~22个碱基，一般都能扩增出来）_掠我铮?_CGGCCGCccttgggaagaaaaagc（后面可以继续加几个碱基，用PRIMER?5.0看一下，引物设计多少个碱基合适，每个基因序列不同）

分别加只是每个实验室操作习惯而已，上下游引物也可以混合后一起加入PCR体系中，我们实验室就是这样做的

没有关系的，不影响，只要PCR能p出ATG不影响基因表达就OK,多几个上游碱基没事。关键不在这里在于设计的引物要符合引物设计的基本原则，越符合越好。

你设计的引物，上游对应的是基因组的正向，下游对应的是基因组的反向。如果把下游引物转换成反向互补，就可以对应了。

引物有一条和模版的序列相同，而另一条和模版的序列反向互补，上游和下游是自己定的，分别位于模版的两端。上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。

方向不一致。第一，反向引物（又称下游引物）是沿着正链进行延长的。第二，正向引物（又称上游引物）是沿着负链进行不间断延长的。第三，上下游引物保证双链DNA两条链合成完毕。

翻译不出来. 首先在转录水平上能转录出全场mRNA 其次但是到翻译水平是,核糖体会沿着mRNA从3‘端向5"端滑动,遇到第一个atg开始翻译,此后遇到终止子停止翻译.因此你的蛋白很难被翻译出来. 但是,终止子的效率不是百分之百,可能会有极少量蛋白质翻译出来,但是量太少,没意义.

一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补。引物为人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功，但遵循某些原则，则有助于引物的设计。扩展资料：PCR扩增的作用机制：1、在标准反应中采用三温度点法，双链DNA在90～95℃变性，迅速冷却至40 ～60℃，引物退火并结合到靶序列上，快速升温至70～75℃，在Taq DNA聚合酶的作用下，使引物链沿模板延伸。2、93℃～94℃1min足以使模板DNA变性，若低于93℃则 需延长时间，但温度不能过高，因为高温环境对酶的活性有影响。若不能使靶基因模板或PCR产物完全变性，就会导致PCR失败。3、变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。参考资料来源：百度百科-引物

你要看看是不是你的上游引物能在你的模板的下游反向结合，然后两个上有引物拉出的中间的一段。也就是说，出现了错配。你在用PP5设计引物时，一定要注意是否出现了错配、错配可能会拉出的条带大小。有时候PP5会漏判出现错配的情况（这个我发现过很多次了）。如果大小类似，建议你测序验证。建议重新设计引物。

这对引物主要是扩增ITS区的,18s的的最后一部分及28s开头的一部分也会扩增,但只有几十个bp 5.8s倒是完全包括在内

为了形象，不写ATCG，换个比较容易看懂的形式模板是： abcd 123...........456efgh上游引物是：987ABCD123下游引物是：456EFGH789（这里为了方便观察下游印务给出了3"-5‘形式，通常下游引物是要写成这段序列“逆序互补”的： 9‘8"7‘H‘G"F‘E"6‘5"4‘ " 表示这个碱基互补碱基）那么PCR的结果就是：987ABCD123..........456EFGH789 以上例子中，789 987被称为保护碱基，ABCD EFGH通常是酶切位点，123.........456就是目的基因，而模板中的abcd efgh在设计模板时可有可无

可以，只要连接的质粒也是用这种酶进行单酶切，不过这种连接方式效率很低，通常才用的都是两种不同的酶进行的双酶切，然后做连接转化。

引物按大类来分可分为特异性引物和随机引物两大类。特异性引物就是根据所知序列的上下游序列设计的一对引物，一般用做扩增特定的DNA片段。一般为20~28nt。一般常用的都是特异性引物。随机引物就是一段随机的核苷酸序列，一般为20nt以下。用于扩增出多条条带进行多态性分析之用。包括RAPD引物、SSR引物等。

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法：是谁先复制谁是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言的。扩展资料引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：Forwardprimer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverseprimer，R-引物，又称为反向引物。参考资料:百度百科-反向引物参考资料:百度百科-上游引物

简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。判断是上游引物还是下游引物的方法：是谁先复制谁是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言的。扩展资料引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：Forward primer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverse primer，R-引物，又称为反向引物。参考资料: 百度百科-反向引物参考资料: 百度百科-上游引物

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始)，同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5"------------------------------------3"(无法控制输入格式啊)3"-----5"<----这个是下游引物5"----3"<--这个是上游引物3"------------------------------------5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应)，都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。 DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下：（上下两条长线代表DNA模板）5"------------------------------------ 3"(无法控制输入格式啊) 3"----- 5"<----这个是下游引物5"----3" <--这个是上游引物3"------------------------------------ 5"我不太明白你的补充问题哈，再解释下：普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5"端的，下游引物是靠近3‘端的。

先说上游。DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5"位有个磷酸，3"位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5"端到3"端，因为DNA聚合酶只能往3"端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言。引物的概念我就不说了，看摆渡百科。然后DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。所以上游引物就是位于整个扩增子（就是被扩增的目的序列）的5"端的引物。同DNA负链互补，同正链序列相同。 强烈建议找个教科书抱着看．

因为引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补；另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3端开始合成新的核酸链。引物序列的 GC 含量一般为 40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC含量不能相差太大。引物设计的基本原则：①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。②引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。③引物内部不应出现互补序列。④两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。扩展资料引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力，即引物应该跨外显子，最好是引物能跨外显子的接头区，这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物，你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。关于BLAST的作用应该是通过比对，发现你所设计的这个引物，在已经发现并在GENEBANK中公开的全部物种基因序列当中，除了和你的目标基因之外，还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列，如和你的目标序列之外的序列相同的序列，则可能扩出其他序列的产物，那么这个引物的特异性就很差，从而不能用。反向引物（下游引物）是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。正向引物（上游引物）是沿着负链进行不间断延长的。　正链即有义链，也称编码链，一般位于双链DNA上端，方向从左到右为5‘——3"，碱基序列和该基因mRNA基本相同；与该链结合的引物为反向引物。参考资料来源：百度百科-引物

上游引物:Forward primer,F-引物,又称为正向引物; 下游引物:Reverse primer,R-引物,又称为反向引物.

如何判断河流上游下游？ 如何判断河流上游下游？ 河流各段在河道比降、水流特性、水量和侵蚀与堆积作用等方面均不相同，故可分为上游、中游和下游。 具体依据： 1、上游河道比降大，水流湍急，以下切作用为主； 2、中游河道比降小，流速缓，水量增多，以侧蚀为主； 3、下游河道开阔，水量大而流速小，从上游搬运来的冲刷物一部分在这里沉积下来。 什么是上游引物和下游引物？ 上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。 河流上游下游哪个脏 你好，我们要有惜水节水保护水源的意识。 1、一般而言，下游水受到的污染较严重！因为下游地形平坦，人口众多，工厂也多，工业污水，生活污水。。。。。都多！因此，河流下游较脏！ 2、有一个环保口号：我们都生活在下游！其实是从水回圈的角度来看，不论在上游下游，最终的污染会使所有的人承受。 怎样判断河流上下游？ 所有的河流最后都是注入海洋的，所以入海的一端就是下游，另一头就是上游。也可以用支流的汇入方向来看，这个方法没图不好说。 如何判断河流的上中下游 看河流的河段啊 河流上游修水库对上游下游中游有什么影响 我拿起绳索很累没有动力怎么办？ 在平凡中感知不平凡，在简单中构筑自己的梦想，我想又有什么样的困难不能够克服呢？对 河流上游下游分别分布什么型别产业 河流上游水能资源丰富，一般布局水电工业和动力导向型的产业；河流下游航运条件好，县位于沿海地区，适合发展各种型别的产业。 河流上游，紧接着河源而大多奔流于山谷中的河流上段，称为上游。这段河流的水流特性多为落差大，水流急，冲蚀力强，常有急滩瀑布，两岸陡峭，河谷地形常呈”V“字形断面。 河流下游紧接中游下段。其特性是河床多在冲击平原之上，底坡小，水流缓慢，泥沙多淤积，沙洲众多，在平面上河道多蜿蜒曲折，断面复杂，多呈复式断面形状。 如何判断河流流域 先找出区域范围内最大的一条河流，如果周边地区受这条河流的补给或者是这条河流的补给源，那么这些地方基本都可以归为该河流的流域。 怎样判断河流的上下游 看水流方向就可以判断。水流方向是从上游流向下游的。 请采纳谢谢帅气又萌萌哒的网友 支流大多数位于上游吗？或者说判断河流上下游看有无支流？ 不是。所以也不能用此判断河流上下游。判断河流上下游要根据地势高低判断。 如何判断河流干支流 看地图，一般干流较长，且地图上名字会经过多个分岔口。