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低聚糖和低聚果糖的区别如下：
1、命名方式不同
低聚糖的名称通常采用系统命名法，即用规定的符号D或L和α或β分别表示单糖残基的构型和糖苷键的构型，
用阿拉伯数字和箭头（→）表示糖苷键连接的碳原子位置和连接方向，用O表示取代位置在羟基上。如：麦芽糖的系统名称为4-O-α-D-吡喃葡萄糖级-（1→4)-D-吡喃葡萄糖；乳糖的系统名称为β-D-吡喃半乳糖基-（1→4）-D-吡喃葡萄糖，
蔗糖系统名称为α-D-吡喃葡萄糖基-（1→2）-β-D-呋喃果糖苷。除系统命名外，因习惯名称使用简单方便，沿用已久，故目前仍然经常使用，如蔗糖、乳糖、海藻糖和棉子糖等。
而低聚果糖是指2～5个果糖基为链节，以一个葡萄糖基为链的端基，以果糖基→果糖连接键为主体骨架连结形成的碳水化合物。即是指1～4个果糖基以β-2，1键连接在蔗糖的D-果糖基上而形成的蔗果三糖（GF2）、蔗果四糖（GF3）、蔗果五糖（GF4）和蔗果六糖（GF5）的混合物。
商品低聚果糖一般还含有少量蔗糖、果糖、葡萄糖。
2、作用不同
低聚糖可以促进营养的吸收，尤其是钙的吸收。摄入低聚果糖能提高生物体对钙离子的吸收，这一现象受到了越来越多的关注，一些人体临床实验也得以陆续开展。对于青少年，含有丰富低聚果糖的菊粉证实可通过强化钙质吸收和增加骨密度对骨骼健康产生正面的效用。
对于停经后的妇女，富含低聚果糖的菊粉证实可提高矿物质吸收而改善骨骼健康。另有临床研究结果指出，补充含有丰富低聚果糖的菊粉可帮助改善更年期妇女的矿物质吸收并影响其骨更新标记
而低聚果糖对肠道益菌的增殖作用。低聚果糖对肠道中有益菌群如双岐杆菌、乳酸杆菌等有选择性增殖作用，使有益菌群在肠道中占有优势，抑制有害菌的生长，减少有毒物质(如内毒素、氨类等)的形成，
对肠粘膜细胞和肝具有保护作用，从而防止病变肠癌的发生，增强机体免疫力。
3、应用领域不同
低聚果糖在一25～5摄氏度的低温下贮存仍很稳定，可以应用在冰淇淋之类的冷食中。低聚果糖应用于奶粉，对排毒洁肠、双向调节微生态平衡很有作用。低聚果糖用于乳酸菌饮料，解决人们乳糖耐受性问题，增加水溶性可吸收钙的含量，
使乳制品更易消化吸收。低聚果糖作为益生素，用于动物饲料生产，只消灭有害菌，不杀死有益菌，对动物安全无毒性。
而低聚糖添加于化妆品，可以抑制脸部皮肤表面有害菌的生长，并能有效减缓色素沉淀，淡化并消除色斑，对皮肤保健有良好的作用，可与各地特产植物(如绞股蓝、芦荟等)搭配开发生产国际流行的第三代保健品，
具有抗肿瘤和增强免疫功能：许多报道显示，双歧杆菌具有抗癌作用。这可能是由于双歧杆菌细胞、细胞分泌物及细胞壁成分刺激免疫系统所致 。
4、分子质量不同
低聚糖分子量一般为5万，而低聚果糖分子量一般为10万以上
参考资料来源：百度百科-低聚果糖
百度百科-低聚糖
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低聚果糖是低聚糖大家族中的一种，低聚糖包括低聚半乳糖、低聚木糖、异麦芽低聚糖、大豆低聚糖、水苏糖等种类。
低聚糖也可以叫做益生元，或益生因子、双歧因子，其最主要的作用是能够大量增殖肠道内的有益菌，尤其是双歧杆菌，可在短时间内增殖达10-100倍以上，而不能被有害菌利用，能起到调节肠道菌群平衡，消除便秘、清除肠道垃圾、改善肠道功能的功效。低聚糖只能被人体肠道内有益菌利用，人体吸收不了，溶于水，也是优质的水溶性膳食纤维。
1、它具有双向调节体内菌群：人体摄入低聚果糖后，体内有益菌群双歧杆菌数量可增殖10～100倍，是双歧杆菌最有效的增殖因子之一，同时产生的有机酸如醋酸、乳酸、丙酸、丁酸等使肠内PH值降低，抑制外源致病菌和肠内固有腐败细菌如沙门氏菌等的生长繁殖，减少肠内腐败物质的生长和积累，促进肠道蠕动，防止便秘和腹泻。
2、可以降低血脂：低聚糖是一种优良的水溶性膳食纤维，能有效降低血清胆固醇、甘油三脂、游离脂肪酸的数量，对于因血脂高而引起的高血压、动脉硬化等一系列心血管疾病有较好的改善作用。
3、能促进维生素的合成：低聚糖可以促进维生素B1、B2、B3、B6、B12及叶酸的自然形成，从而提高人体新陈代谢水平，提高免疫力和抗病力。
4、保护肝脏：双歧杆菌吸收低聚糖后，迅速增殖，抑制大肠杆菌、沙门氏菌和梭状芽胞杆菌等腐败菌发生作用，减少毒性代谢物(如吲哚、亚硝基氨等)的生成，同时迅速将毒性代谢物排出体外，减轻肝脏负担，起到保护肝脏的作用，预防各种慢性病、癌症等作用明显。
5、促进Ca、Mg、Fe等矿物质吸收：低聚糖在大肠内被细菌发酵生成L-乳酸，可以溶解钙、镁、铁等矿物质，促进人体对矿物质的吸收。实验证实，低聚糖促进钙的吸收率达70.8%。因此，低聚糖可以促进生长发育和防止骨质疏松症。
6、防止肥胖：低聚糖极少会被消化道中的胃酸和酶分解，极难被人体吸收。据测定，低聚果糖的热值为1.5Kcal/g以下，而蔗糖热值为4.6Kcal/g，因此摄入低聚糖后，不会引起肥胖，是理想的、低热值的功能性甜味剂。
7、防止龋齿：低聚糖不能被突变链球菌利用生成不溶性葡聚糖而提供口腔微生物沉积、产酸和腐蚀的场所(牙垢)，因此可以防止龋齿。
8、甜度很低：高纯度(95%)低聚糖粉型甜度为蔗糖的0.3倍，由于它极难被人体直接吸收，只能在人体大肠内被双歧杆菌利用，所以糖尿病人也可以食用，可以开发出低甜度的糖尿病人食用的产品。
低聚糖是什么?其实就是人体肠道内益生菌双歧杆菌的爱吃的食物，吃了它之后，双歧杆菌长得就快了，这样人就变得更健康了。
广药集团生产的立健三清冲剂含有高纯度(高达90%)、高含量(每包净含量13.5克)的异麦芽低聚糖。每天喝1-2包立健，能够满足肠道益生菌每天所需。坚持用立健调养肠道，可以大幅增殖肠道益生菌(如双歧杆菌，乳酸菌)，改善胃肠道功能，恢复肠道原动力，从而有助于解决便秘、腹泻、腹痛、肠炎、肠道功能紊乱、肠易激综合征、肠道菌群失衡、消化不良等肠道问题。
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低聚果糖。英文缩写FOS，又称蔗果低聚糖、果寡糖或蔗果三糖族低聚糖。是存在于水果、蔬菜、蜂蜜等物质中的天然活性成份，优良的水溶性膳食纤维。采用现代生物工程技术果糖基转移酶转化、并精制、浓缩而成的低聚果糖，以其优越的生理功能成为近十年来国际食品市场上广泛流行的功能性食品基料，应用范围多达500余种食品、保健品和药品。FOS由于其独特的结构，不被消化道的胃酸和酶消化，能直达大肠，被人体有益的菌群双歧杆菌选择性的吸收，使人体的有益菌群双歧杆菌迅速增殖，并产生短链脂肪酸，使肠道PH值偏向酸性，拟制有害菌群的生长，同时降低某些有害还原酶的活性，减少肠道内致癌物质和有害代谢物的生成和积累，真正起到清除肠道垃圾的作用。由于FOS是一种可溶性膳食纤维，长期服用可降低血清胆固醇，改善脂质代谢。
健康作用
1、双向调节体内菌群：人体摄入低聚果糖后，体内有益菌群双歧杆菌数量可增殖10-100倍，是双歧杆菌最有效的增殖因子之一，同时产生的有机酸如醋酸、乳酸、丙酸、丁酸等使肠内PH值降低，抑制外源致病菌和肠内固有腐败细菌如沙门氏菌等的生长繁殖，减少肠内腐败物质的生长和积累，促进肠道蠕动，防止便秘和腹泻。
2、降低血脂：低聚果糖是一种优良的水溶性膳食纤维，能有效降低血清胆固醇、甘油三脂、游离脂肪酸的数量，对于因血脂高而引起的高血压、动脉硬化等一系列心血管疾病有较好的改善作用。
3、促进维生素的合成：低聚果糖可以促进维生素B1、B2、B3、B6、B12及叶酸的自然形成，从而提高人体新陈代谢水平，提高免疫力和抗病力。
4、保护肝脏：双歧杆菌吸收低聚果糖后，迅速增殖，抑制大肠杆菌、沙门氏菌和梭状芽胞杆菌等腐败菌发生作用，减少毒性代谢物（如吲哚、亚硝基氨等）的生成，同时迅速将毒性代谢物排出体外，减轻肝脏负担，起到保护肝脏的作用，预防各种慢性病、癌症等作用明显。
5、促进Ca、Mg、Fe等矿物质吸收：低聚果糖在大肠内被细菌发酵生成L-乳酸，可以溶解钙、镁、铁等矿物质，促进人体对矿物质的吸收。实验证实，低聚果糖促进钙的吸收率达70.8%。因此，低聚果糖可以促进生长发育和防止骨质疏松症。
6、防止肥胖：低聚果糖极少会被消化道中的胃酸和酶分解，极难被人体吸收。据测定，低聚果糖的热值为1.5Kcal/g以下，而蔗糖热值为4.6Kcal/g，因此摄入低聚果糖后，不会引起肥胖，是理想的、低热值的功能性甜味剂。
7、防止龋齿：低聚果糖不能被突变链球菌利用生成不溶性葡聚糖而提供口腔微生物沉积、产酸和腐蚀的场所（牙垢），因此可以防止龋齿。
8、美容的作用：服用低聚果糖后，可以防止面疮、黑斑、雀斑、青春痘、老人斑，使皮肤亮丽。
低聚糖（或称寡糖）。是由淀粉通过酶的催化作用生成的新型淀粉糖，它集营养、保健、食疗于一体，广泛应用于食品、保健品、饮料、医药、饲料添加剂等领域。它是替代蔗糖的新型功能性糖源，是面向二十一世纪“未来型”新一代功效食品。低聚糖主要有两类，一类是低聚麦芽糖，具有易消化、低甜度、低渗透特性，可延长供能时间，增强肌体耐力，抗疲劳等功能.另一类是被称之为“双歧因子”的异麦芽低聚糖。
低聚糖产品中有的以原料冠其首命名，如大豆低聚糖，其中主要含的是水苏糖，少量棉籽糖，还有蔗糖；有的则以单糖或二糖基命名，如低聚异麦芽糖、低聚果糖。纯度为55%-65%的低聚果糖，甜度约为蔗糖的60%；纯度为96%的低聚果糖甜度约为蔗糖的30%，且较糖甜味清爽。在0-70度范围内，低聚果糖的粘度同玉米果葡糖浆相似，随温度上升而降低。低聚果糖热值仅为6.28J/g。当环境pH为中性时，低聚果糖在120度条件下非常稳定，在pH3的酸性的条件下，温度达到70度以后，极易分解，稳定性明显降低。低聚果糖耐高温，抑制淀粉老化，保水性很好。低聚果糖可应用于饮料（发酵乳、乳饮料、咖啡、碳酸饮料等）、糕点、糖果、冷饮、冰淇淋、火腿等。
Chen -
低聚糖(或称寡糖)，是由淀粉通过酶的催化作用生成的新型淀粉糖，它集营养、保健、食疗于一体，广泛应用于食品、保健品、饮料、医药、饲料添加剂等领域。它是替代蔗糖的新型功能性糖源，是面向二十一世纪“未来型”新一代功效食品。低聚糖主要有两类，一类是低聚麦芽糖，具有易消化、低甜度、低渗透特性，可延长供能时间，增强肌体耐力，抗疲劳等功能.另一类是被称之为“双歧因子”的异麦芽低聚糖。
低聚果糖 又称蔗果低聚糖，是由1～3个果糖基通过β(2—1)糖苷键与蔗糖中的果糖基结合生成的蔗果三糖、蔗果四糖和蔗果五糖等的混合物。100克干重菊芋中约有60—70克菊粉，菊粉是通过线性的β—2，1—糖苷链连接的果聚糖，其末端为一蔗糖基。故以菊芋粉为原料用菊糖内切酶水解作用，经精制最终可得低聚果糖浆。
低聚果糖是一种天然活性物质。甜度为蔗糖的0.3-0.6倍。既保持了蔗糖的纯正甜味性质，又比蔗糖甜味清爽。是具有调节肠道菌群，增殖双歧杆菌，促进钙的吸收，调节血脂，免疫调节，抗龋齿等保健功能的新型甜味剂，被誉为继抗生素时代后最具潜力的新一代添加剂——促生物质；在法国被称为原生素（PPE），已在乳制品、乳酸菌饮料、固体饮料、糖果、饼干、面包、果冻、泠饮等多种食品中应用。