几乎所有真核细胞染色体的组蛋白均可分成5种主要的组分,分别用字母或数字命名,命名方法也不统一,如H1或称F1,Ⅰ;H2A或称F2A2,Ⅱb1;H2B或称F2B,Ⅱb2;H3或称F3,Ⅲ;H4或称F2A1,Ⅳ。有核的红细胞或个别生物体中,还存在特别的组蛋白成分,红细胞中为H5或F2C,Ⅴ,鲑鱼组织中为H6或T。H2A、H2B、H3、H4组成核小体的核心,也称核心组蛋白。根据组蛋白的一级结构,又可将它们分为3种类型:赖氨酸含量特别丰富的组蛋白(H1);赖氨酸含量较丰富的组蛋白(H2A和H2B);精氨酸含量丰富的组蛋白(H3和H4)。从整体来说,组蛋白在进化过程中保守性很强。其中H1变化较大,H3和H4变化最小。如对小牛胸腺的5种组蛋白,豌豆苗组蛋白的H3、H4和兔胸腺组蛋白H1等的一级结构比较中发现,小牛胸腺和豌豆苗的组蛋白H4间只在60位和77位上的两个氨基酸残基不同。但已知的真菌和原生动物的组蛋白的部分一级结构和动、植物的组蛋白间的差异较大。