真核生物除动物、植物、真菌三界之外统称原生生物，为并系群。等辐骨虫纲（Acantharea），如等棘虫。放射虫纲（Polycystinea)双滴虫类（Diplomonadida），如曲滴虫、贾第虫。Parabasalidea毛滴虫纲（Trichomonada)超鞭毛纲（Hypermastigia)异叶足纲（Heterolobosea），如集胞菌。眼虫门（Euglenozoa) 动质体目（Kinetoplastida)眼虫纲（Euglenida)隐藻纲（Cryptophyta)定鞭藻纲（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。不等鞭毛类（Heterokonta），除下列分类还包括辐球虫、蛙片虫等。金藻纲（Chrysophyceae)硅鞭藻纲（Dictyochophyceae)针胞藻纲（Raphidophyceae)前毛壶菌纲（Hyphochytriomycetes)卵菌纲（Oomycetes)褐藻门（Phaeophyceae），如海带、巨藻、马尾藻、墨角藻。硅藻门（Bacillariophyta)黄藻门（Xanthophyceae)囊泡虫类（Alveolata)顶复门(Apicomplexa），如疟原虫。纤毛虫类（Ciliophora），如喇叭虫、中缢虫、榴弹虫、草履虫、四膜虫。甲藻门（Dinophyceae)单孢子虫门（Haplosporidia)丝足虫类（Cercozoa)根肿菌类（Plasmodiophorida)粒网足虫类（Granuloreticulosea），如有孔虫。叶足纲（Lobosea），如变形虫（阿米巴）。黏菌门（Mycetozoa)原始色素体生物 (Archaeplastida)灰胞藻门 Glaucophyte灰胞藻纲（Glaucocystophyceae)红藻门（Rhodophyta），如石花菜、紫菜。红藻注：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未归类原生生物。
