原位杂交

核酸杂交方法是一种分子生物学的标准技术,用于检测DNA或RNA分子的特定序列（靶序列）.经典的核酸杂交方法是将DNA或RNA先转移并固定到硝酸纤维素或尼龙膜上,与其互补的单链DNA或RNA探针用放射性或非放射性标记,在膜上杂交时,探针通过氢键与其互补的靶序列结合,洗去未结合的游离探针后,经放射自显影或显色反应检测特异结合的探针.经典的核算杂交方法主要包括：DNA印迹杂交（Southernblot）RNA印迹杂交(Northernblot)以及斑点杂交和原位杂交：1、DNA印迹杂交（DNAblothybridization）——有两种核酸印迹法：将DNA或RNA溶液直接点样于硝酸纤维素膜或尼龙膜上（斑点或狭线印迹）经琼脂糖凝胶电泳将片段的DNA或RNA转移到膜上（Southern和Northern印迹法）.DNA在电泳前先用限制性内切酶消化.2、RNA印迹杂交（RNAblothybridization）：RNA印迹杂交是一种检测已固定在滤膜上的总RNA或mRNA特定靶序列的技术.3、斑点杂交将少量核酸样品点样在硝酸纤维素滤膜上,80℃烘烤后可牢固地固定在膜上,再用探针进行杂交.尼龙膜,特别是聚偏氟乙烯（PVDF）与DNA结合力更高,坚韧、易操作.点样可手工,也可用手工点样品.检测可用放射性探针自显影或非放射性探针显色.可用于DNA或RNA分析.4、原位杂交在保持细胞形态条件下,进行细胞内杂交,显影或显色.可用于DNA或RNA分析.荧光原位杂交（FISH）进行染色体DNA分析可用于生物学研究的许多领域以及临床细胞遗传学研究.其主要优点是不仅可以在细胞分裂的中期,而且可在分裂间期核中诊断染色体的变化.广义的核酸杂交就是指非同源的核酸分子间的复性（氢键结合）过程.因此可以说,目前的基因检测技术,除了质普法外都或多或少的涉及了核酸杂交原理.如PCR的引物复性过程、基因芯片的杂交检测过程、基因测序的引物复性过程以及各种SNP检测方法等等.

呃，实验原理完全不同，但应用上有所交叉，都可以达到检测某段基因在样品中的表达的目的。楼主你要想彻底理解这个问题，真的必须分别理解这两个不同技术的内涵。老实阅读相关知识吧。这两个东西很少被相提并论，也不是互相可以替代的，单纯谈区别没有意义。原位杂交是在分子生物学领域应用极为广泛的实验技术之一，是在研究生物体发育过程中的一种极为重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization,其中in situ为拉丁文，原义是"in its natural position". 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的DNA或者RNA只要他们的序列是互补的，即符合AT，CG的碱基配对原则，那么这样的两条核酸链之间（DNA-DNA，DNA-RNA，RNA-RNA）就可以形成一个稳定的杂交复合体。这一原理对于检测一个特异的mRNA在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术最早应用于60年代末期，由于核酸分子杂交的特异性高，并可精确定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内RNA进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。核酸原位杂交可根据其检测物而分为细胞内原位杂交和组织切片内原位杂交；根据其所用探针及所要检测核酸的不同又可分为DNA-DNA, RNA-DNA, RNA-RNA杂交。但不论哪种杂交都必须经过组织细胞的固定，预杂交，杂交，冲等一系列洗步骤及放射自显影或免疫酶法显色以显示杂交结果。我们在这儿介绍的是整胚原位杂交，不同于一般的在载片上对细胞和组织切片进行探针杂交及检测的原位杂交，而是对完整的斑马鱼胚胎进行探针杂交及检测，从整体上把握探针的结合部位，然后对胚胎进行切片，以确定探针结合的具体位置。整胚原位杂交在斑马鱼分子生物学研究中是一种非常重要的实验方法，原位杂交的探针可以是同位素的探针，用放射自显影来检测；也可以是非同位素的探针，通过荧光或酶法予以检测。我们这儿所介绍的一种原位杂交的方法是通过后者，以地高辛标记探针，然后用酶联抗体的方法进行检测。

原位杂交是在分子生物学领域应用极为广泛的实验技术之一，是在研究生物体发育过程中的一种极为重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization,其中in situ为拉丁文，原义是"in its natural position". 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的DNA或者RNA只要他们的序列是互补的，即符合AT，CG的碱基配对原则，那么这样的两条核酸链之间（DNA-DNA，DNA-RNA，RNA-RNA）就可以形成一个稳定的杂交复合体。这一原理对于检测一个特异的mRNA在某一种生物体，或者某些组织切片、单个细胞里具体表达位置非常有用。该技术最早应用于60年代末期，由于核酸分子杂交的特异性高，并可精确定位，因此该技术已被广泛应用，例如与细胞内RNA进行杂交以观察该组织细胞中特定基因表达水平。原位杂交能在成分复杂的组织中进行单一细胞的研究而不受同一组织中其他成分的影响，因此对于那些细胞数量少且散在于其他组织中的细胞内DNA或RNA研究更为方便；同时由于原位杂交不需要从组织中提取核酸，对于组织中含量极低的靶序列有极高的敏感性，并可完整地保持组织与细胞的形态，更能准确地反映出组织细胞的相互关系及功能状态。核酸原位杂交可根据其检测物而分为细胞内原位杂交和组织切片内原位杂交；根据其所用探针及所要检测核酸的不同又可分为DNA-DNA, RNA-DNA, RNA-RNA杂交。但不论哪种杂交都必须经过组织细胞的固定，预杂交，杂交，冲等一系列洗步骤及放射自显影或免疫酶法显色以显示杂交结果。我们在这儿介绍的是整胚原位杂交，不同于一般的在载片上对细胞和组织切片进行探针杂交及检测的原位杂交，而是对完整的斑马鱼胚胎进行探针杂交及检测，从整体上把握探针的结合部位，然后对胚胎进行切片，以确定探针结合的具体位置。整胚原位杂交在斑马鱼分子生物学研究中是一种非常重要的实验方法，原位杂交的探针可以是同位素的探针，用放射自显影来检测；也可以是非同位素的探针，通过荧光或酶法予以检测。我们这儿所介绍的一种原位杂交的方法是通过后者，以地高辛标记探针，然后用酶联抗体的方法进行检测。原位杂交（In situ hybridazation）固定收集斑马鱼的胚胎，在Holfretor水中培养，到达所需要的发育时期时，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，在4℃保存，二十四小时后用50%甲醇2%多聚甲醛溶液洗，然后换成甲醇，在-20C 保存，待用(两天和两天以上的胚胎需要用双氧水处理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培养，可阻断色素的形成)

各类探针制备如下：①DNA探针。通过随机引物标记法掺入荧光素标记的dUTP制备DNA探针。荧光素标记的dUTP也可通过切口平移法和PCR反应掺入DNA探针。②寡聚核苷酸探针。于寡聚核苷酸3′端加上一段由荧光素标记的dUTP短尾便成探针。反应产生的短尾具有较高灵敏度而又不影响杂交的严格性。③RNA探针。通过使用RNA聚合酶和含有对RNA聚合酶专一性的启动子构建成的质粒（或其他合适的质粒）来制备RNA探针。这一质粒作模板，以双链的形式供应，聚合酶仅能对其中的一条链进行转录产生单链RNA。如果使用的质粒在克隆的模板序列的两条链上均带有启动子，由此产生的反义链探针可与mRNA杂交，而正义链探针不应显示杂交信号，故可作为对照，证明杂交近程的专一性。

这两个概念不一样。Oligo或者说是寡聚核苷酸不带有重复的意思。oligo的定义基于20个碱基以下，是说这个核苷酸分子就这么长，而对这个核苷酸的序列没有任何限定。而SSR，即简单重复序列，是说这个序列含有重复相邻排列的核苷酸，这个序列可以存在于一个更长的核苷酸长链之中,SSR不是描述一个单独的分子。如果举个例子，就好比“小布条”与“千鸟纹”都是布料方面的概念，但是它们描述的是完全不同的性质。一个小布条上的花纹可以是千鸟纹，而千鸟纹的布料也可以裁成小步条。呃，这样说不知道明白吗?原位杂交一般需要用到特定序列的oilgos作为探针，而SSR-FISH应是指这个探针识别的是具有SSR特征的序列。