整个事件并非没有争议。它发生的时间是共济会在葡萄牙不断获得势力,而1910年10月5日共和国革命后天主教会的势力不断受到限制。许多天主教徒觉得受到迫害,这使得整个葡萄牙社会极端化,一边是城市自由主义者,另一边是农村、保守的天主教徒。现世主义者认为这个事件是教会试图重获政治控制。牧童们被捕反映出了当时政府的这个顾虑。卡尔莫纳发动1926年5月28日兵变后新成立的政府,尤其是萨拉查执政期间信奉法蒂玛圣母不再被半禁止,相反地,它成为葡萄牙民间民族主义的三个元素之一:“法朵音乐、法蒂玛、足球”。有人指责教会内部有人掩盖法蒂玛的信息,包括禁止露希亚发言。但是作为一名加尔默罗会的修女露希亚不获得允许是不能公开发表言论和进行采访的。而且露希亚本人到她逝世为止一直在写日记以及私人书信,因此这个指责好像没有根据。2000年第三个秘密被发表前一年有许多小报发表文章说第三个秘密是世界末日的一个显圣,或者在不久的将来地球会像埃德加·凯西预言的那样变化。有人问露希亚这些报道时她否认第三个秘密与此有关。不过在一份天主教发表物中她提到《启示录》的第8至第13章。1992年到那时为止没有被发表的关于显现的文献被公开了。一名在显现时采访了牧童的牧师说牧童将圣母描写为穿着短衫、戴耳环和项链,项链上有一块牌。这个描述与官方的圣母谦逊的描述不一致,因此没有被纳入当时的官方报道。在一份当时的报告(Documenta??o Crítica de Fátima,第二份文献,11至12页)中一名参加听问的人(Cónego Formig?o)写道: “哈辛塔说圣母的衣服只到其膝盖。但是圣母显然只能显示谦逊的、体面的衣服。她的衣服应该到脚。任何其它的衣服对这个显现的超自然性提出了严重的障碍,使得我们不得不考虑它是黑暗的幽灵准备的一个神秘。但我们如何才能解释这么多上千人的信仰,他们的信奉和炙热的虔诚,他们通过他们的行为体现出来得谦逊和一致性,人群的静默和行为,事件导致的众多惊讶的皈依,上千人证实看到的天空和大地上出现的特殊的迹象?我重复,我们如何能够说所有这些事实均不适上帝的迹象,不是基督教的超自然世界的法则,而是魔鬼的作品呢?”(Documenta??o Crítica de Fátima,第七份文献,190页)后来官方的描述将圣母戴的耳环掩盖在她头周围的光环中去了,没有再提到任何首饰。在当时的官方描述中没有提到圣母的短裙,相反地,据说圣母说:“一些将会被引入的时装会很激怒我的儿子(耶稣)。”1940年代有人问教宗庇护十二世意大利学校里的女教师应该穿什么样的衣服来显示其谦逊时他回到说:“长于膝盖,半臂长,锁骨下两指。”据说这是法蒂玛圣母显现时的衣着。