3月底以前,德军中央集团军群正面平静了一阵。由于他的判断,苏军的下一次攻击将在他的对面展开,4月6日,德军防守柏林的维斯瓦集团军群预备队中的快速兵团有一半转隶舍尔纳指挥。他还被希特勒授了钻石双剑银橡叶骑士十字勋章,并被晋升为陆军元帅,以表彰他卓越的作战指挥成绩。同时,希特勒任命他为“阿尔卑斯山要塞”总司令,但苏军的下一次攻势却是柏林。1945年4月29日,希特勒自杀前夕,任命他为德国陆军总司令。舍尔纳在希特勒自杀后,所有战线的战事都已逐渐平息的局势下,仍不可思议地希望继续作战。鉴于德军在各条战线均已溃败,又不想让各集团军无条件投降苏联人,他决心经过捷克向巴伐利亚作有秩序的撤退。5月3日,他派他的参谋长纳茨梅尔将军乘飞机到弗伦斯堡接受关于自己部队而后行动的指示,帝国新任元首邓尼茨表示希望他们能实施退却。大撤退直到5月7日德国新政府宣布休战时才结束。舍尔纳下令他手下的3个集团军向分界线“有组织地大逃亡”,逃往美军的占领区。但是,由于苏军坦克已越过埃尔茨山脉到达波希米亚,阻挡了部分德军的退路。而美国人也强迫德军纵队停止前进,并把他们赶回临时营地,随后把这些营地交给了苏军。舍尔纳的计划破产了。依照投降规定,舍尔纳自5月9日零时起就被解除了一切指挥权力。德军中央集团军群的作战指挥组分成若干小组越过了国境线。舍尔纳搭乘小飞机飞到蒂罗尔去寻找古德里安。但古德里安已被美国人逮捕。于是,他于5月中旬前往德军第一集团军司令部驻地向美军投降。5月底,他被引渡给了苏联人。舍尔纳在克拉斯诺雅尔斯克集中营经过短时期的停留后,就于1945年8月被关进了苏联监狱。1947年,他被送进莫斯科的卢比扬卡国家监狱。在那里,他一年只能得到20次放风的机会。1949年,他又被转移到列夫托夫斯克法院监狱,后来又转送到布吉尔斯克“欧洲地区”监狱。1952年他被判处25年徒刑。在弗拉基米尔“政治监狱”监禁了两年多。1955年元月18日,舍尔纳被送到东柏林。他受到了苏联占领区的红十字会长路德维奇,德国统一社会党工作人员格斯纳和前德军将领代表团的欢迎。稍后,苏联大使普什金的代表来通知他,已经为他办好了居留占领区的手续。在东柏林约翰大饭店的欢迎宴会上,前德军将领拉特曼劝诱舍尔纳留在东德。元月26日,乌布利希也派代表出面邀请舍尔纳留在苏占区。舍尔纳坚决地拒绝了邀请,并回到了慕尼黑。慕尼黑法院检察官发布公告,搜集舍尔纳的罪行材料。告发材料如雪片般飞来。舍尔纳被判处4年徒刑。他对此毫不抱怨,并在宣判之后说:“我对自己的所作所为负完全责任。我已尽了自己最大努力为祖国效劳,以抗拒布尔什维克党徒们的攻击 。”