核心启动子

RNA聚合酶I 合成45S的rRNA前体(35S在酵母)，成熟体的28S，18S和5.8S rRNAs，形成核糖体RNA的主要部分。RNA聚合酶II mRNA合成的前体和大多数snRNA的和小分子RNA。这是研究最多的类型，由于对启动子的转录和转录因子的范围所需的控制层次较高。RNA聚合酶Ⅲ合成的tRNA，5S rRNA基因和其他小分子RNA在细胞核和细胞质中。RNA聚合酶IV在植物体内合成的siRNA。RNA聚合酶V合成的siRNA在植物中的异染色质形成siRNA。启动子:DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域，在许多情况下，还包括促进这一过程的调节蛋白的结合位点。增强子:增强基因启动子工作效率的顺式作用序列，能够在相对于启动子的任何方向和任何位置(上游或下游)上都发挥作用。

因为只有真核生物才有内含子内含子（introns）在转录后的加工中,从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列，术语内含子也指编码相应RNA内含子的DNA中的区域，内含子可能含有“旧码”,就是在进化过程中丧失功能的基因部分，正因为内含子对翻译产物的结构无意义,它比外显子累积有更多的突变。