热振活佛向当时的国民党中央政府呈报了辞去摄政王的请求,经国民党中央批准,于藏历金龙年(一九四○年)十二月正式下野。金蛇年(一九四一年)正月一日,达札.阿旺协饶图多旦巴杰增正式代理热振政权。达札在摄政期间,由于其层级地位太低,受到了各方面的鄙视和不满。他为了提高身价,于一九四六年六月的“国民大会”上,破例自行挂上了“杰布呼图克图”的头衔,自封摄政王。原约三年期限已到,达札应“奉还政权”,但因达札代理摄政后,就被亲英分子利用和支配,迟迟不交政权,因此热振和达札之间的矛盾日益激化。热振活佛曾给国民党政府写信要求给予军火、财物等方面的援助,国民政府指示驻拉萨办事处,暗地里支援热振组织力量,夺回摄政之职。当时西藏社会上要求热振活佛再次出任摄政的呼声甚高,引起了以达札为首的亲英势力的恐惧,于是他们精心策划了一个“炸弹事件”,给热振活佛加上莫须有的罪名,将他逮捕。热振活佛被捕的消息传到色拉寺后,引起该寺僧人的愤怒,于第二天占领了色拉寺乌考山头和山腰,对准扎溪兵营开火。于是噶厦调动了三千名地方兵与色拉寺六、七百武装僧人交战,对峙数日,色拉寺僧人终因弹尽及受炮击,色拉寺被攻陷。当时国民党蒙藏委员会得知热振活佛被捕,拉萨骚乱后,致电西藏地方政府:“色拉寺为佛教圣地,不容摧毁,立即和平解决,并将详情具报”。后西藏地方政府电覆中央政府:“因前任摄政热振,企图谋害现任摄政达札呼图克图,故将热振及关系重要的数人拘禁,色拉寺无知僧众,附和热振反对政府,经西藏僧侣民众大会一致同意,严加惩处。并无摧毁寺庙之事。所有中央在藏官员及旅藏汉商均当切实保护”。这些均为不实之词。国民政府又致电西藏地方政府:“对热振活佛,务必保护其安全”。但以达札为首的亲英分子,惧怕爱国力量大规模武装暴动,加之除掉热振活佛的心切,于是无视中央劝告,于一九四七年五月七日,将热振活佛秘密毒死在布达拉宫霞钦角的索达巴.细巴拉的一间牢房里,其他与热振有联系的人士亦受株连。热振活佛被害的噩耗传到热振寺后,引起热振寺僧众的悲愤,五百名僧人武装起来,将驻扎在热振寺拉章内的二十五名地方兵杀死二十四名,逃走一名。噶厦调集地方兵一千余人包围了热振寺,激战七天七夜,终因寺僧和地方兵力量的悬殊,僧人不支,才向地方政府投降。只有以热振活佛生前的亲随曲本.益西楚臣为首的四人(三名仆人)突围而出,逃往青海西宁,并向当时的西康省主席刘文辉报告了“热振事件”的原因和情况,请求援助。但刘文辉受了西藏地方政府的贿赂,对此事无动于衷。热振曲本.益西楚臣后跟人民解放军第十八军进藏。热振活佛被害之后,达札等亲英派,为了掩人耳目,在暗害热振活佛的同时,又在拉萨朗孜夏摆设了一个所谓“热振事件展览”,其中展出的大部分实物、档案都是伪造的,里面掺杂了许多不实之词。五世热振活佛虽然被亲英分子所杀害,但他亲近祖国、维护团结、反对帝国主义以及治理藏政的功德却载入了史册,他永远活在藏族人民心中。